12月15日，他向派斯表示不再接受共和国总统职务，如果议会推选派斯当哥伦比亚总统的话，他以自己的名誉发誓将十分乐意为他效劳。
而在这时，大哥伦比亚出现了一股要求建立君主制的势力。玻利瓦尔表示坚决反对，12月18日，他断然拒绝在哥伦比亚实行君主政体的草案。
正当君主制问题在圣菲波哥大闹得不可开交之时。委内瑞拉首领何塞·安东尼奥·派斯·埃雷拉又在委内瑞拉向玻利瓦尔发难。他违背向玻利瓦尔许下的诺言，策划把委内瑞拉从大哥伦比亚分离出去的活动。玻利瓦尔受到来自几方面的攻击，再加上肺病日趋严重，此时他已心力交瘁，几乎不能支撑下去。
辞职下台
1830年1月15日，玻利瓦尔重新前往圣菲波哥大。1月20日，玻利瓦尔致函提出辞去总统职务。1月27日，玻利瓦尔要求议会准许他去委内瑞拉。大哥伦比亚议会拒绝了他的请求。3月1日，玻利瓦尔将权力移交国务委员会主席多明戈·卡伊塞多，而后退居富查。4月27日
，玻利瓦尔在致特别议会的信中重申他不再继续担任总统的决心。5月8日，玻利瓦尔离开圣菲波哥大去他的最后归宿之地卡塔赫纳。6月4日，苏克雷遇刺身亡。玻利瓦尔在卡塔赫纳附近波帕山下获悉这一消息，深感震惊，犹如晴天霹雳，精神受到巨大打击。9月5日，乌达内塔在显然缺乏公众威信的情况下主持大哥伦比亚政府工作。在新格拉纳达的波哥大、卡塔赫纳和其他城市发生游行示威和暴动要求“解放者”重新执政．与此同时，乌达内塔等待他归来。
1830年9月18日，当获悉安排乌达内塔领导政府工作后，玻利瓦尔表示甘愿做一个公民和战士来保卫共和国的完整，并宣布将率2000人去波哥大支持现存政府。他拒绝了部分人要他重新执政的要求，理由是，如他重新上台会有篡权之嫌，但同时他也明确表示，在以后的选举中，“合法的阴影将会笼罩着他，或者产生一位新的总统。”最后，他要求同胞们团结在乌达内塔政府周围。
阖然长逝
1830年12月1日，玻利瓦尔拖着病体疲惫不堪地乘船抵达圣玛尔塔，此时，玻利瓦尔已经病入膏肓，卧床不起了。12月10日，玻利瓦尔向圣玛尔塔大主教口授遗嘱，要求把他的遗体安葬在他的故乡加拉加斯。同时玻利瓦尔做了最后一次公告，在医生的一再坚持下，玻利瓦尔作了忏悔和接受了圣礼。
玻利瓦尔说：“这是怎么回事？……难道我的身体已经到让你们给我谈遗嘱和作忏悔的地步了吗？……我怎样才能从这个迷宫中走出去啊！”玻利瓦尔的病情极度恶化。
玻利瓦尔在临终前仍不忘大哥伦比亚的巩固，在他的遗嘱中说：“在我同你们诀别的时候，我对你们的亲密感情驱使我倾吐最后的愿望。我唯一渴望的荣誉，就是大哥伦比亚的巩固。保持联盟会带来无可估量的裨益，你们大家都应为此贡献力量：人民当服从现政府的领导，摆脱无政府的状态；神职人员应向上天祈祷；军人应仗剑保护社会福利。大哥伦比亚的同胞们，我的最后愿望是祝福祖国。如果我的死有助于结束派系之争，巩固联盟，我将瞑目进入坟墓。” 12月17日，一代伟人在圣佩德罗·亚历杭德罗乡间别墅阖然长逝。
1842年，根据玻利瓦尔的遗嘱，一代伟人的遗体被移葬至加拉加斯伟人祠。
轶事典故
遭受侮辱
玻利瓦尔在西班牙学习期间，一天早晨，玻利瓦尔穿着华丽的南美洲贵族的衣服骑着马在马德里的大街上闲逛，“小子，下来！”突然一个街头警察对他大声吼道。“为什么？”玻利瓦尔非常困惑。
在家乡，他是贵族，非常受人尊敬。可在西班牙，一个普普通通的警察竟然对他这么无礼。“这是西班牙，不是南美洲殖民地，你少在这里耀武扬威！下来！”警察一下子就把玻利瓦尔从马上拽了下来。一个在自己的家乡有着极大优越感的人却在马德里的街头遭到了一个普通西班牙警察的侮辱。
这件事让玻利瓦尔深受刺激，他深深地感觉到殖民地的人民在西班牙人的眼中是多么的没有尊严，像一个普通的西班牙警察都可以随随便便地侮辱他这样一个贵族，那更不要提普通的殖民地人民了。从那时起，玻利瓦尔就立志一定要推翻西班牙的殖民统治。
解放奴隶
秘鲁取得独立之后，便敦请玻利瓦尔参与商讨草拟宪法的会议。会议之后，秘鲁当局请求玻利瓦尔出任第一任总统，但被玻利瓦尔坚决拒绝。当局便送了一百万比索给他，玻利瓦尔默默接受这份赠礼，然后询问秘鲁境内目前共有多少奴隶？回答为大约有三千人。他又问，每个奴隶售价为多少？答曰：“身体健壮者大约三百五十比索一个。”于是玻利瓦尔便说，“除了你们给我的这一百万比索外，我还愿意倾尽我全部，买下秘鲁所有的奴隶，然后放他们自由。如果一个国家无法让每一个国民都享有自由的话，那么我帮助这个国家争取独立，也就没有什么意义了。”
重视教育
玻利瓦尔对委内瑞拉的教育极为关注。早在1819年2月，他便在安戈斯图拉国民议会上指出：“道德和教育是一个共和国的基础。”5年之后他又说“如果一个民族的教育原则是聪明的、有道德的和勇武的，那么这个民族就会是聪明的、有道德的和勇武的。”他还说“我们的医生和律师很多，但优秀的机械师和农艺师却不足，而这些人对于国家今后的繁荣和幸福是很需要的。”
1827年，玻利瓦尔应一批教育工作者之邀来到加拉加斯，他颁布了新的大学章程，目的是使大学实现现代化并面向未来。玻利瓦尔的教育思想对委内瑞拉教育的发展发挥了重要作用，他的影响一直持续到现在。
个人生活
据史料记载，革命期间的玻利瓦尔精力过人，常和部下比赛游泳和骑马，总以他获胜告终。在和战友们打一通宵牌或彻夜饮酒唱歌后，他次日仍能斗志昂扬地投入工作。
和众多英雄豪杰一样，春风得意的他同样留下了不少“爱江山，也爱美人”的传说——据信，早年在欧洲读书时，玻利瓦尔就对贵族俱乐部十分熟悉，对欧洲诸国首都的风月场亦不陌生。
按照厄瓜多尔学者克里斯托弗·米尼斯特的说法，玻利瓦尔在私生活方面堪称花花公子，年复一年，与其过从甚密的女性倘若没有数百，至少也有数十。他甚至会花数小时梳妆打扮，和欧洲贵族一样痴迷于高级香水，有时，一天内就可以用掉一整瓶。
一次，在加拉加斯，荣归故里的玻利瓦尔犹如凯撒大帝般，坐在双轮敞篷车上，这辆车是由出身于当地最有名望的家庭的姑娘们牵引。被他“征服”的女子中，包括时年18岁的曼纽丽塔·马德罗诺。玻利瓦尔去世后，她竟为他“守寡”数十年，每当村里有人问，“玻利瓦尔的那个老妇人怎么样了？”马德罗诺的回应都是，“像小姑娘一样玉洁冰清。”
玻利瓦尔和另一名情妇曼努埃尔·桑斯，同样传出过令人津津乐道的风流韵事。
桑斯出生于厄瓜多尔基多，第一任丈夫是位英国商人。邂逅风流倜傥的玻利瓦尔之后，为了更方便地接近后者，她整日以男子装束示人，还经常在一群黑人女仆当中出没。桑斯的乖张之举惹恼了保守人士，由于怀疑她参与政治，玻利瓦尔的政敌更是怒火中烧。
1828年9月，有人行刺玻利瓦尔。情急之下，桑斯力劝心上人不要和叛乱军官对抗，而是跳窗逃走，挽救了他的性命。事后，玻利瓦尔非常感谢她，称她是“解放者的解放者”。
人物贡献
继承传统
玻利瓦尔主义产生于19世纪初，稍早于同时期的门罗主义，都是在拉丁美洲独立战争的背景下提出的。
玻利瓦尔主义首先继承了拉丁美洲人民追求一体化的传统。早在19世纪初，拉丁美洲人民反对资本主义的扩张，提出了拉美一体化的思想。拉美独立运动的“先驱者”弗朗西斯科·德·米兰达早在1781年参加北美独立战争期间就初步形成“西班牙美洲”的理想，并于1797年制定了一个范围很广的大美洲联盟计划，从此为之进行了长期的奋斗。独立运动的杰出领袖圣马丁也提出过整个南美国家形成紧密的联盟，来实现独立自由的理想。真正系统地提出美洲一体化理论，并有计划有步骤地采取行动的当首推西蒙·玻利瓦尔。…
