噶尔丹死后，策妄阿拉布坦便成为准噶尔部的统治者。随着他的统治地位的巩固和地盘的不断扩大，又萌生向东扩张的野心。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤、哈密等军事重镇，并派兵侵入西藏。由于康熙及时派兵进藏协同藏军围剿，才将准噶尔势力赶出西藏。
九子夺嫡
康熙十四年（1675年），康熙立时年两岁的二阿哥胤礽为皇太子，日后皇太子变得骄纵与蛮横并结党营私。康熙四十二年（1703年）康熙杀索额图，父子关系趋于紧张。康熙四十七年（1708年），在木兰围场的布尔哈苏行宫，康熙皇帝以皇太子胤礽“不法祖德，不遵朕训，惟肆恶虐众，暴戾淫乱”的理由，宣布废除太子。之后众多阿哥开始了对于皇位的觊觎。
大阿哥胤褆是庶长子，一向不被康熙喜欢，自知无望，向康熙提议立八阿哥胤禩，理由是“术士张明德尝相允祀必大贵”，又说要替父杀掉胤礽，让康熙极为寒心，严加训斥，同时对胤禩严加提防。这时三阿哥胤祉揭发大阿哥搞魇镇加害胤礽之事，康熙将大阿哥囚禁。康熙厌恶胤禩勾结胤褆，也将其关押，后又释放。
康熙四十八年（1709年）三月，恢复胤礽太子地位。康熙五十年（1711年）末被告与刑部尚书齐世武、步军统领托合齐、兵部尚书耿额结党营私。康熙五十一年（1712年）九月再次下诏废太子。从此废太子一直被圈禁到死。三阿哥胤祉见此乱局，主动退出竞争。
胤礽再度被废后，八阿哥胤禩转而支持十四阿哥胤祯（四阿哥同母弟，后改名允禵），九阿哥胤禟、十阿哥胤俄附庸八阿哥。十三阿哥胤祥附庸四阿哥胤禛。胤禛在太子首次被废后，敢于为胤礽说好话，属太子党。胤礽二度被废之后，胤禛看到胤礽绝无复立之可能，开始结党营私，窥视储位。这时形成了以胤禛为首的四爷党和以胤禩为首的八爷党两大势力。
康熙六十一年十一月十三日（1722年12月20日），康熙帝玄烨崩于北京畅春园清溪书屋，终年69岁。在位61年零10月。当时八爷党支持的十四阿哥胤祯远在西北，四阿哥胤禛留京。康熙近臣步军统领隆科多宣布康熙遗嘱，命胤禛继承皇位，是为雍正皇帝，为康熙帝上庙号圣祖，谥号合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝，葬于景陵。
2013年8月29日，辽宁省档案馆新馆首度展出“康熙遗诏”，上面写着：“雍亲王皇四子胤禛，人品贵重，深肖朕躬，必能克承大统，著继朕登基即皇帝位，即遵典制持服。二十七日释服，布告中外，咸使闻知。”
为政举措
政治
康熙亲政后，着手强化皇权。他一方面勤于
政务，举行御门听政；另一方面，他在康熙十六年（1679年）设立南书房，“拣择词臣才品兼优者充之” ，并使之草拟圣旨，与闻机要，待遇非常优渥。大量汉族士大夫如高士奇、陈廷敬、李光地、张廷玉、朱彝尊、王士禛、徐乾学、王鸿绪、查慎行、胡渭、熊赐履、方苞等先后进入南书房任职。南书房的设立，一方面笼络了汉族知识分子，一方面使康熙受到更多汉文化的熏陶，最重要的是削弱了满洲议政王大臣会议以及外朝内阁的权力，强化了康熙的皇权。
康熙九年（1670年），亲政一年的康熙帝晓谕礼部，称“至治之世，不以法令为亟，而以教化为先。……盖法令禁于一时，而教化维于可久。若徒恃法令，而教化不先，是舍本而务末也。……朕今欲法古帝王尚德缓刑、化民成俗。”于是在顺治帝“六谕”的基础上颁布《圣谕十六条》，作为康熙的施政纲领，内容是“敦孝弟以重人伦、笃宗族以昭雍穆、和乡党以息争讼、重农桑以足衣食、尚节俭以惜财用、隆学校以端士习、黜异端以崇正学、讲法律以儆愚顽、明礼让以厚风俗、务本业以定民志、训子弟以禁非为、息诬告以全善良、诫匿逃以免株连、完钱粮以省催科、联保甲以弭盗贼、解雠忿以重身命” ，后来雍正帝将其扩充为圣谕广训，并命八旗及直省民人定期宣讲圣谕。
康熙亲政后，着手整顿吏治，恢复了京察、大计等考核制度。为了防止被臣下蒙蔽欺骗，康熙还亲自出京巡视，了解民情吏治。其中最著名的是六次南巡，此外还有三次东巡、一次西巡，以及数百次巡查京畿和蒙古，南怀仁记载他巡视时“亲切地接近老百姓，力图让所有人都能看见自己，就像在北京时的惯例一样，他谕令卫兵们不许阻止百姓靠近。所有的百姓，不管男女，都以为他们的皇帝是从天而降的，他们的目光中充满异常的喜悦。为一睹圣容，他们不惜远涉跑来此地，因为，对他们来讲，皇帝亲临此地是从不曾有过的事情。皇帝也非常高兴于臣民们赤诚的感情表露，他尽力撤去一切尊严的夸饰，让百姓们靠近，以此向臣民展示祖先传下来的朴质精神。” 此举极大的促进了康熙对民情的了解，他还亲自巡视黄河河道，督察河工，并下令整修永定河河道。
康熙晚年倦勤，导致官吏贪污，吏治败坏。康熙四十九年（1710年），御史参劾户部堂官希福纳等侵贪户部内仓银六十四万余两，牵连的官吏多达112人。康熙最后只把希福纳革职，其余官吏则勒限赔款。
军事
康熙十二年（1673年），康熙帝撤藩，吴三桂起兵反清，其他二藩相继响应，最终在康熙二十一年（1681年）平定三藩。
康熙朝由于平定三藩之乱以及抵御外来侵略的需要大量制造火器，
无论是造炮规模、数量、种类，还是火炮的性能和制造技术，都达到了前所未有的水平。康熙朝中央政府所造的大小铜、铁炮达905门之多，而其中半数以上由南怀仁负责设计监造，就质量而言，其“工艺之精湛，造型之美观，炮体之坚固，均为后朝所莫及”。
乌兰布通之战后，康熙更加重视在战争中发挥火器的战斗威力，使火器营成为清军新的战斗编成。
康熙采纳了大学士李光地的意见，授明郑降将施琅为福建水师提督，在康熙二十二年（1683年）出兵攻克台湾，郑克塽降清，康熙于翌年设置台湾府。后来雍正帝称述康熙的功绩说：“台湾地方，自古未属中国。皇考圣略神威，取入版图。”
经济
康熙亲政后，宣布停止圈地，放宽垦荒地的免税年限。康熙认为“家给人足，而后世济”，在继续采取轻徭薄赋，与民生息的政策的同时，又采取了一系列措施巩固和发展经济。
废止贵族圈近京州县田地的特权，将土地让与百姓耕种；康熙在诏书上说：“自后圈占民间房地，永行停止，其今年所已圈者，悉令给还民间。”
清初规定垦荒三年内免税，以后改为六年；康熙十二年重申新垦荒田十年后征税。这一政策刺激了农民垦荒的积极性，使耕地面积迅速增加。
对于农民耕种的原先属于明朝宗室的土地，康熙下诏农民可以不必支付田价，照常耕种。对于已交过“易价银两”的，可以从来年的常税中冲洗。
康熙秉持“藏富于民”的思想，在陕、云、贵、川、粤等省全国二十多个省区蠲免钱粮丁银、通赋，其中重大蠲免计32次。并从康熙五十一年（1711年）开始，在全国范围内普免天下钱粮。下令“凡遇蠲免之年，免业主七分佃，户三分。”使佃农也能得到好处。在康熙皇帝在位的61年间，清政府蠲免钱粮共计545次，免除天下钱粮计银1.5亿两。
康熙对按丁征收丁税的方法进行改革。康熙五十一年（1712年）清廷决定，以康熙五十年（1711年）的丁税额数作为定额，以后新增人丁，不收丁税。这就叫做“盛世滋生人丁，永不加赋”。这样丁税额数便固定下来了，实现了地丁合一。这种办法先在康熙末年开始行之于广东、四川等省，到雍正元年（1723年）以后，又相继在各省普遍推行起来。
清初，黄河多次泛滥成灾，在河南、安徽一带经常决口，后来竟改道与淮河合流，从今天的苏北地区入海，既影响了漕运，又使许多良田成了沙洲，严重威胁着国库收入和人民生活。对此，康熙帝曾把“三藩、河务、漕运”作为其时三件大事，并亲自书写成条幅，悬挂于宫中大柱上。他选派靳辅为河道总督，又对治河专家陈湟，委以重任。经过十年（1677年—1687年）的辛苦经营，终于使黄河、淮河各归故道。永定河原名浑河，又称“小黄河”，在流经北京附近时，常常淤塞成灾。康熙三十七年（1698年），清政府招募了十几万民夫，在芦沟桥附近的良乡到东安，开掘了一条200里长的新河道，使原来的斥卤之地，成为膏腴良田。康熙曾亲自视察，并将浑河改名为“永定河”，赋予永远安定之义。 …
