敌对行动爆发于1399年7月末；那时有个忠于建文朝的军官抓到了属于燕王藩国的两名下级官员，并把他们送往南京以煽惑罪处死。燕王抓到了把柄，利用这个机会在8月5日向邻近几个州县发动军事进攻，借口要清除朝廷里的奸佞官员。这标志着在朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对抗；后来这场战争被掩饰而说成是“靖难”之役。
为了给他的叛乱设词辩解，燕王在后来几个月内精心策划了几篇文告：它们包括在1399年8月和12月致朝廷的两封信，以及后来给官民一体知照的宣言。这位藩王坚持说，他正在进行的是终止内乱的正义行动，而且无论衡之以儒家的孝道，还是衡之以规定诸藩王义务的《祖训录》中的条款，他的行为都是对的。 他指责皇帝，特别是指责他没有把他父皇的病情告知他，没有让他奔临丧葬；另外，还指责他毁坏先皇所居之宫室，从而背弃了洪武帝的祖训。
他还指责皇帝受齐泰、黄子澄等宵小之臣的诱惑，对诸皇子进行了迫害，并且错误地指控他在做军事准备来反对皇帝。他争辩说，他所采取的行动是正当的自卫，同时他要求皇帝去掉左右的奸诈顾问们，恢复太祖皇帝的法律和制度。除此之外他还声称，他有义务来执行这次惩戒使命，因为他是马皇后所生的最年长的健在儿子，就责无旁贷；他指天誓日地否认他对帝位感兴趣，只是说他是本诸《祖训录》中的规定而开始清除朝廷中的小人官员的。
根据现代历史学家所提供的材料，他的任何指责是否有充分的事实根据，或者他是否真正能够在当时就把这些论点公诸于世，是值得怀疑的。可是，这些指责对燕王来说却是关系成败的问题；最终地它们要使他对抗朝廷的行动站得住脚，并且还可帮助他纠集能够抗命的人马。这就是为什么这位藩王在篡夺皇位以后要窜改历史记述，把那些和他的言论相矛盾的记载统统去掉，换上支持他的合法继承权利的一些历史说词。
被迫下位
1399年8月，燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”。史称“靖难之役”。朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对峙。在叛乱开始的时期，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人；除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有全国的经济，并且已经废除了几个藩国。但燕王的领导能力、高素质的军队却非朱允炆可比。随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。直至节节败退，许多将领投降了燕王。
建文朝廷曾从朝鲜输入许多战马，想以此增强它的战斗力，因为朝鲜国王李芳远公开表示支持朱允炆打燕王。但是这些办法未能影响一败涂地的战争结局。
建文四年六月，燕军渡江直逼南京城下，谷王朱橞(huì)与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕兵进京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。朱棣登位后，将忠于建文的诸臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营中去，一个女子每一日一夜要受二十余男子的凌辱，情况还要经常报告朱棣，有被摧残至死的，朱棣就下圣谕将尸体喂狗吃了。
但朱允炆的下落终成为一件悬案。谁也不能肯定他是否真的被烧死了；后来对他的帝业抱同情心的历史学家们都说他乔装成和尚逃离南京。当时官方的记载当然只能说皇帝及其长子已死于难中；否则，燕王就不可能名正言顺地称帝了。朱允炆最后的真正命运仍然是一个谜。
为政举措
政治
朱允炆改进了明太祖所实行的严厉的法律制度。洪武帝曾经颁行了一整套法典，使之成为全帝国的法律准则。他有时用“诰”的形式来给法典做补充，有时又用“榜文”的形式来发布典型的案例。榜文第一次出现在《大诰》中；这种《大诰》在1385年和1387年之间曾经编纂、修订和扩充。它们出现在1397年版的《大明律》中；《大明律》把这些诰和榜文都收在它的附录中。朱允炆认为他祖父的律令法典的某些部分过于苛严，特别是那些在诰和榜文中所定下的惩罚条款更是如此。据说，他在他祖父生前即已敦促洪武帝从他的法典中取消73条这样的条款。在他即位以后，他禁止以诰文为根据来进行审理和判案，同时停止张贴榜文，这就使他用正式遵守律令的手法，巧妙地掩盖了他事实上对他祖父的指令的否定。这些变革后来被永乐帝一扫而光；他恢复了太祖的所有严厉的诰文和榜文中的法律效力。
朱允炆对诸藩王封地里的行政也进行了一些改革：设置了宾辅和伴读，并让翰林学士以儒家的为政传统教育和辅导诸幼年王子。王子们还进一步不准参与文、武政事；这个命令显然与《祖训录》中的规定大相径庭。这些加强了皇帝对藩王控制的新条令是意在取消半自治性质的封国的总战略的一部分。
削夺世袭封藩的政策的产生是由于担心几个有野心的皇叔可能要发难，特别是担心燕王朱棣。1370年以后，明太祖陆续分封了他年长的九个儿子（其中包括朱棣），把他们封在西北边境和长江中部，王位世袭；这些藩王都是用来作为抗击蒙古侵略和镇压叛乱的支柱。王子们都享有巨额年俸和广泛的特权；虽然他们在法律上对境内平民百姓不享有直接的行政权力，但他们每人都节制三支辅助部队，其人数在3000到15000之间。
为了确保他对分封诸王的控制，开国皇帝在他的《祖训录》中曾定下了一系列条令规章来管束诸藩王的行为；《祖训录》首次发布于1381年，后来又在1395年做了修改。其中有一条规定：在新皇帝登基以后的三年时间内藩王们不许来朝廷，只能留守藩封。可是，如果有“奸臣”在朝廷当道，诸王得准备他们的兵力，听候新皇帝召他们来“拨乱反正”，而在完成了他们的任务和驱逐了奸佞以后，他们仍应返回封地。
对于合法的继承原则定下了一条重要的规矩；它既适用于藩封王子的继承，也适用皇位的继承。其中主要的一条原则是继承人应该是长子，并为嫡妻所生。如果这一点已不可能，嫡妻所生的第二个儿子将成为合法继承人。为了使这些家法垂诸久远，明太祖对后嗣下了严厉的警告，禁止他们对他的训示有一丝一毫的改动；而且他告诫诸王，对任何违犯者，甚至皇帝本人，他们可以群起而攻之。这位开国皇帝的想法是很不现实的；制度上的调整总是不可避免的。新皇帝现在企图削夺诸王的权力，这就使他与他的叔父们——特别是燕王朱棣——发生了公开的冲突。然而可以理解的是，在这些藩王看来，他想削夺分封诸王一向享有的权利和特权的行动严重地违反了《祖训录》。人们向来认为削藩的政策是黄子澄和齐泰所出的主意，但是，它也可以说是出自皇帝的圣裁。黄子澄是这一政策最积极的拥护者，据说他使皇帝对采取这项政策的重要性获得了很深的印象，因为他向皇帝讲述了公元前154年汉代的七国之乱反对汉景帝（公元前157年—141年在位）的故事，而且也一般地提示了这些强大而又拥有半自治权力的藩封所特有的潜在危险性。他们曾经考虑了两种行动路线：一是彻底废除藩封诸王；一是减少他们的政治和军事大权。主要的目标是燕王；在这个时候，洪武帝的二子和三子均先已故去，只剩下燕王是现在健在的最年长而又权势最大的藩王，同时他也是皇家礼仪上的尊长。几经斟酌之后，朱允炆决定走完全废藩的道路。这样便激起燕王举兵反对皇帝，他表面上是要恢复王朝原来的制度，实际上却是要保持他自己的权力和影响。
经济
在财政方面，建文朝廷也制定了一些新措施，以减轻前朝某些过重的税收。其中最重要的是减少了江南的过度的土地税，尤其是减少了富庶的苏州和松江这两个府的土地重税。这些减税措施是继续了洪武朝即已开始的减免政策，但是它们大大超过了以前的办法。富庶而人口稠密的江南地区自王朝开国以来就被课以重税，从而使这里提供了主要的财源。原来的税款意在实行惩戒。1380年4月洪武帝曾下令减税20%，但是即令如此，这里的土地税仍然过于沉重。例如在1393年，仅苏州一地就得全年交纳281万石粮米，这就是帝国2940万石全部土地赋税的9.5%。这样是太不平等了：苏州仅占帝国登记在册的耕地的1/88。由于这样过重的苛索，当地人民往往不能交足规定的税额，特别在凶荒年代更是如此；他们抛荒了土地，变成了游民，从而更加加重了纳税居民的负担，同时也减少了每年的税收。 …
