1400年初，朱允炆因有人申诉直隶地区（直接隶属于京师南京的地区为直隶，范围大致包括今天江苏安徽上海两省一市）和浙江等地区赋税不公而采取了行动。他下令按每亩地收一石粮的统一标准在这些府里收土地税。洪武帝曾经禁止苏州或松江人氏被任命为户部尚书，借此防范出身于这些富庶州府的人们把持财政，偏私家乡，从而牺牲了国库的利益，现在朱允炆也解除了这种禁令。很可疑的是，这些新措施是否得到了贯彻；到了1400年，建文朝廷已经深深地卷入了和燕王对阵的军事行动之中。
另外一项财政改革是限制佛、道二教寺观所能拥有的免税土地的数量。这项政策是特别针对佛、道僧侣们在江南富庶州府的情况而发的，因为在洪武帝的庇护下僧道们都攫夺了大量的肥田沃土，从而变成了有权有势的地主。他们的财富激起了人们的不满，因为宗教界的僧侣职事们不仅享有免除土地赋税和徭役的权利，甚至还把不法负担强加给当地居民，即占用他们的土地，强迫他们给自己服劳役。朝中的官员上了两份奏疏，请求限制佛教和道教的土地占有数量，朱允炆在1401年8月发出的一道诏旨中批准了他们的建议。这一新命令只准每一名僧道拥有不超过五亩免除赋税的土地；多余土地应分给需要土地的人民。这个政策又使得燕王找到了另一口实，说他的侄子如何违犯了《祖训录》；它进一步为他提供了对皇帝进行“惩戒行动”的理由。
这些命令未必都曾经付诸实施，因为建文朝廷此后不久就夭折了。但是，由于它们攻击了佛教和道教僧侣们的既得利益，这些政策无疑地疏远了宗教界，特别是得罪了佛教徒。因此，许多佛教僧人都为燕王叛军效劳是不足为奇的：他们的领袖是这位僭主的顾问，即和尚道衍，此人自1382年以来即已为燕王服务（他后来名姚广孝，1335年—1418年）。
人物评价
史书评价
赞曰：惠帝天资仁厚。践阼之初，亲贤好学，召用方孝孺等。典章制度，锐意复古。尝因病晏朝，尹昌隆进谏，即深自引咎，宣其疏于中外。又除军卫单丁，减苏、松重赋，皆惠民之大者。乃革命而后，纪年复称洪武，嗣是子孙臣庶以纪载为嫌，草野传疑，不无讹谬。更越圣朝，得经论定，尊名壹惠，君德用彰，懿哉。
其它评价
永乐时期的官方历史掩盖了建文的年号而人为地把明太祖的统治时期延长了4年，即从洪武32年延长到洪武35年（1399年—1402年）：这个时期曾经被历史学家称之为”革除”时期。建文的年号迟至1595年10月才被万历皇帝恢复，那是作为编纂明王朝历史的流产的计划的一部分提出来的。可是，要到242年以后的1644年7月，南明君主福王朱由崧（1646年死）才定朱允炆的庙号为”惠宗”，谥号为”让皇帝”。这后一个尊号之所以被选用是为了适应民间传说，即朱允炆并未死于宫中大火，而是为了解除内战的普遍苦难而自愿逊位给他的叔父的。
到了1736年9月，清朝乾隆帝（1736年—1796年在位）封朱允炆为”恭愍惠帝”时，他的皇帝地位才完全恢复。由于这种种情况，他在明王朝的正史（《明史》，1736年）中被称为”恭愍惠帝”，但在由王鸿绪（1645年—1723年）在1723年完成的更早一些的《明史稿》中还是直截了当地被称为”朱允炆”。
建文皇帝和他的顾问们致力于提倡文官统治，他们放弃了明太祖的政策，并且与燕王发生了冲突。燕王的权力是建立在北方边境上，而且依靠的是军官们的支持；朱允炆及其左右与此不同，他们是以南京为基地，他们依靠的是长江下游的阶层。他们认为搞像洪武帝时期的统治，会大大地危及王朝，因此他们相信只有提高儒家价值观和文官的权威，去掉半自治的诸藩封王子，才能使之得到纠正。他们没有成功，因为他们没有多少实际经验，在战场上缺乏果断的领导、周密的计划和首尾一贯的战略方针。
这次内战对于明王朝所产生的结果已经超出了争夺帝位的阋墙之争。洪武帝封建半自治的藩王已经对王朝的稳定造成了严重的威胁，而且当永乐帝死后，他们再一次提倡儒家关于文官政府的原则，并在洪熙和宣德两朝取得了具体结果。
在通俗性的历史著作中，建文之治通过关于这位命途多舛的皇帝的大量传奇故事而受到人们的怀念——这些传奇之所以产生是由于人们同情他的苦难遭遇，以及被他的有神秘色彩的命运所吸引。这一传统最初之所以形成，是因为人们天真地相信，在南京陷落时皇帝并没有死于宫中之火，而是乔装成和尚设法逃离了京师；后来情节变得越来越复杂了。1440年末的一个稀奇古怪的事件表明了这个传说有多少人信以为真。有一个90岁的老和尚利用这个传说来到了正统皇帝的朝廷，自称他是从前的皇帝。这个骗子后来被揭露并处死了，但这个事件却助长了人们的幻想，也激发了其他相关传说的产生。
在16世纪以后关于这个题材的小说演义中，朱允炆和他的殉难的随从人士都逐渐变成了悲剧式的英雄人物。这些作品都把这位皇帝描写成为一位勤于政事的和仁慈的君主，对他的叔父慷慨大度，并自动地提出把皇位让给了后者。它们还渲染一个故事，说在京师失守之日他逃脱了叛变者的耳目，当了一位高寿的和尚，死后仍然留有后代。它们也同情地描述建文的殉节者，如齐泰、黄子澄和方孝孺，说他们是忠臣义士，声称他们的身后也仍有许多后嗣，尽管他们受到迫害。这些无奇不有的传奇故事不仅反映了人们对朱允炆及其所信奉的理想的同情。
说朱允炆自动地让位给燕王，这种故事越来越受到人们的欢迎；此说甚至被郑晓（1499年—1566年）认为有可信的历史真实性，并把它收于他的《建文逊国记》（约1566年）中。它因此助长了人们给朱允炆重新树立形象的心理，并导致在1595年正式恢复了他的年号的行动。关于建文朝代的幻想故事和传闻轶事在下一个世纪仍然不断地出现。这些传说变成了人们发泄压抑情绪的通风口，是它们在极权统治下对要求仁慈和正义的呼吁。它们不仅戏剧化了这位皇帝的事迹，使他成了悲剧式的人物；由于它们进而想纠正不公正，它们谴责永乐皇帝及其支持者们是一伙叛贼和恶棍。人民群众对这位先前的皇帝的同情是如此普遍，致使它被明末清初的许多叛乱领袖所利用，他们都伪称自己是他的合法后代。在学者精英阶层中，从明代中叶和末叶起，也一直增长着这种谴责永乐皇帝的倾向（虽然只是用掩盖的词句来写的）。清朝乾隆皇帝在1736年决定恢复朱允炆的合法地位，其大部分原因便是士大夫精英怀有这样的情绪。
个人作品
《逊国后赋诗》
《金竺长官司罗永庵题壁》
