光绪十三年（1887年）正月，载湉始亲政。 这与其说是光绪帝亲政的开始，倒不如说是慈禧太后通过训政的方式为其日后归政于光绪帝而铺平了一条能够长期对皇帝加以控制的通道。为了归政后更有效地控制载湉，慈禧太后把自己的内侄女都统桂祥女叶赫那拉氏给载湉做皇后，即后来的隆裕太后。
光绪十五年（1889年）正月二十六日册封皇后，二十七日
大婚。二月三日，慈禧太后归政。 此时，慈禧太后没有打破幼帝一经大婚便要亲理朝政的祖宗之法，只好搬出皇宫到颐和园去“颐养天年”。但这并不意味着她已甘心地去让光绪帝行使皇权，而是在归政前后搞了一连串的活动，以便对亲政后的光绪帝加以控制，继续操纵清廷大权。为加强对朝廷的控制，她在文武官员的安排任命上多用对其效忠之人，以至于光绪帝亲政之时所面对的几乎尽是太后听政与训政时期的重臣。为便于把握光绪帝的动向，她决定将光绪帝读书的书房由毓庆宫改在颐和园附近的西苑，要求光绪帝每日到颐和园向她请安，亲政后的光绪帝必须将朝中大事向她“禀白而后行”。显然，慈禧太后为光绪帝亲政设置了重重路障。光绪帝的亲政历程由酝酿到开始经过了两年半多时间，并且是一波多折。但是，已长大成人且渐渐成熟的光绪帝一经正式亲政，其所作所为则是慈禧太后始料不及的。尽管慈禧太后仍不断以各种方式箝制着他，然而作为一个年轻的皇帝，他总还要施展一下自己的政治抱负，他与慈禧太后之间的矛盾与冲突已经不可避免。
拒和主战
主词条：甲午战争、马关条约、公车上书
光绪十六年（1890年），驻美公使张荫桓自美国归国。载湉急切召见，询问国外情况。后来载湉又索取驻日公使参赞黄遵宪的《日本国志》，日本明治维新在载湉心中留下了很深的印象。载湉还读了冯桂芬《校邠庐抗议》，萌发改变中国积贫积弱状况。
光绪二十年（1894年），甲午农民战争爆发，日本借口保护侨民，增兵
朝鲜，蓄意挑起中日战争。光绪帝及帝党成员则从中华民族的利益出发，认识到日本进行战争挑衅的严重性，痛感“我中国从此无安枕之日”， 积极筹备抗战事宜，表示出主战的愿望。光绪帝多次下诏令直隶总督兼北洋大臣李鸿章筹备战守事宜，并命南洋各督抚大臣预为筹备，反对李鸿章恳求列强出面调停的做法。光绪帝于六月十三日下令派翁同龢和礼部尚书李鸿藻参与军机处事宜，与诸军机大臣会商中日朝鲜争端。在会上，翁、李二人提出备战御敌的方策，得到认可。会后第二天，与会诸臣联衔向光绪帝递上《复陈会议朝鲜事宜折》，折中采纳了翁、李的主战见解。对此，光绪帝于六月十六日再次下诏令李鸿章抓紧军事部署。但在此之前，日本早已做好了发动战争的准备，正当高升号轮船于六月二十三日在北洋海军“济远”、“广乙”舰护卫下运兵行至丰岛海面时，蓄谋已久的日本海军突然发动袭击，击沉“高升”号轮船，即高升号事件，悍然挑起丰岛海战，面对日本已发动侵略战争的事实，朝野上下要求主战御敌的呼声日趋高涨，光绪帝也毅然决定对日宣战。光绪二十年七月初一日，清廷发布对日宣战的“上谕”。 载湉认为：“日本首先挑起事端，侵略挟制朝鲜，如果导致事情很难收场，那我们自然应该出兵讨伐。”七月二十四日，他又谕示李鸿章不要贻误军机。他直接命令朝鲜牙山南路叶志超与进入朝鲜北部的清军夹击侵朝日军。他多次下令加兵筹饷，停止慈禧太后挪用海军军费修建颐和园，但是李鸿章没有听取载湉的谕旨。在后来的战役中，中国初于牙山战役失利，继于平壤之战中战败。鸭绿江江防之战失利，日本乘势发起辽东战役，连陷九连、凤凰诸城。大连、旅顺相继失守。复据威海卫、刘公岛。在威海卫战役中日军夺中国兵舰，中国海军覆丧殆尽。 本年，中国在天津小站编练新军。
光绪二十一年（1895年）三月二十三日，李鸿章在日本抱着“宗社为重，边徼为轻”的宗旨，与日方草签了《马关条约》。由于该约内容苛刻，光绪帝以割地太多为由，表示对该约“不允”，拒绝签字用宝。 此时，爱国官员的谏诤和举人的上书活动风起云涌，光绪帝怀着通过迁都而与日本周旋的想法到颐和园请求慈禧太后接受这唯一可行之策，结果遭到拒绝。四月初八日，军机大臣孙毓汶拿着李鸿章从天津送来的和约稿本与奕訢等人共同逼迫光绪帝签字，慈禧太后在这时也指令必须批准和约，光绪帝“绕殿急步约时许，乃顿足流涕”，被迫在《马关条约》上签了字，第二天“和约用宝”。 四月，康有为联合在北京参加会试的1300名举子，上书都察院要求拒和、迁都、变法，史称“公车上书”。接着，康有为又撰写了上清帝第三书，呈递都察院。五月十一日，这份上书送到了光绪帝的手中。此时，正在为甲午丧师痛感不安、为签约用宝深怀内疚的光绪帝，亟切需要的是怎样雪耻自强之方，康有为这份上书中所详细陈述的“富国”、“养民”、“教民”、“练兵”等实施变法的具体内容，所申明的必须“及时变法”，“求人材而慎左右，通下情而图自强，以雪国耻，而保疆圉”的剀切之言，引起了他的共鸣，对上书“览而喜之”，立即命令再抄录副本4件，以1件呈送慈禧太后，1件留存军机待日后发交各省督抚讨论，1件存放乾清宫南窗小箧，1件存勤政殿以备随时“览观”。 六月，康有为与梁启超在北京组织“强学会”。十月，俄、德、法三国干涉，迫使日本放弃对中国辽东半岛的主权要求。此为“三国干涉还辽”。
求变图强
主词条：瓜分中国狂潮、戊戌变法、戊戌政变
光绪二十二年（1896年）四月，沙俄诱订《中俄密约》，
攫取中东铁路权，将侵略势力伸入东北三省。五月，载湉多次和慈禧太后一起亲临醇王府邸探视醇王福晋（即载湉生母）的病。醇王福晋叶赫那拉氏病逝后，载湉十一日没有上朝。慈禧太后下懿旨说：醇亲王福晋病逝，应称为皇帝亲生之母亲。六月，载湉亲自去送醇亲王福晋的灵柩出殡。 光绪帝能够对康有为等维新志士进一步加深了解并逐步确立变法的信心，与帝党官员起到的纽带作用是分不开的。他第一次展读康有为的上书时，翁同龢在场向他介绍了康有为的才华。随后“备以康之言达皇上，又日以万国之故，西法之良”来辅导皇上，使光绪帝眼界大开。 光绪二十三年（1897年）十月，巨野教案发生，德国以此强占胶州湾，引发帝国主义瓜分中国狂潮。
光绪二十四年（1898年）正月初三日，康有为被请到总理衙门西花厅问话。参与问话的翁同龢把康有为在问话时所陈言的有关变法重要性、内容及步骤向光绪帝汇报后，光绪帝命令臣属今后对康有为递上的条陈，要即日进呈，不得阻拦或积压。于是，康有为在问话后的第五天，向光绪帝上第六书，提出了下诏定国是的要求，强调中国变法“莫如取鉴日本之维新”，要义有三点：“一曰大誓群臣以革旧维新”，“二曰开制度局于宫中”，“三曰设待诏所”。 光绪帝读了这份上书后颇以为然，坚定了变法的决心。二月二十日，康有为第七次向光绪帝上书，要求光绪帝以俄国彼得大帝为榜样，以君权厉行变法。三月二十七日，康有为等人组织了保国会，由御史李盛铎领首。守旧大臣攻击该会“名为保国，势必乱国”， 甚至要追究入会之人。光绪帝则指出：“会为保国，岂不甚善！” 有力打击了顽固势力的气焰，支持了维新派。
四月，选派宗室王公出洋游历；载湉亲选亲王、贝勒，公以下闲散人员由宗人府保荐。召见康有为，命充总理各国事务衙门章京。颁布“定国是诏”，开始百日维新。五月，载湉诏立京师大学堂；陆军改练洋操；自下科始，乡、会、岁科各试，改试策论；诏八旗两翼诸营，均以其半改习洋枪。六月，诏改定科举新章。七月，诏裁詹事府、通政司、大理、光禄、太仆、鸿胪诸寺，归并其事于内阁，礼、兵、刑部兼理之。赏内阁侍读杨锐、中书林旭、刑部主事刘光第、江苏知府谭嗣同并加四品卿衔，参预新政。诏袁世凯来京。维新派于上海创办《时务报》，以汪康年为总理，梁启超为总主笔。 …
