老的沙投奔孛罗帖木儿以后，爱猷识理达腊多次派人索要老的沙等人，孛罗帖木儿拒绝交出 ；至正二十四年（1364年）三月，爱猷识理达腊以孛罗帖木儿握兵跋扈以及藏匿老的沙等“逆臣”为由，削去其兵权。 孛罗帖木儿亦以“清君侧”为名发兵大都，爱猷识理达腊遂命扩廓帖木儿征讨孛罗帖木儿。惠宗为缓和矛盾，下诏逐斥朴不花、搠思监，但实际上二人仍留在大都。 于是孛罗帖木儿派
秃坚帖木儿进攻大都，爱猷识理达腊见战况不利，偷偷从光熙门溜出了古北口；惠宗则派蒙古国师进行调解，恢复孛罗帖木儿、老的沙等人的官爵，并将朴不花、搠思监交到孛罗帖木儿营中，二人均被杀死。 孛罗帖木儿遂撤军，爱猷识理达腊也被召回宫中。 但爱猷识理达腊仍不解气，继续召扩廓帖木儿讨伐孛罗帖木儿 ，因此孛罗帖木儿第二次兴兵，“谋易太子” ，爱猷识理达腊领兵战败，于至正二十四年（1364年）七月从顺承门连夜逃往冀宁（今山西太原）的扩廓帖木儿营中。 孛罗帖木儿因而带兵入京，被惠宗任命为右丞相，软禁奇皇后，并试图追击爱猷识理达腊，被老的沙劝止。
爱猷识理达腊本欲效唐肃宗即位灵武故事，在冀宁称帝，但被扩廓帖木儿劝阻。 但他在冀宁的一年间发号施令，设立机构，俨然一个独立的朝廷，并号召李思齐等各省军阀反攻孛罗帖木儿，与大都形成对峙。孛罗帖木儿出兵讨伐爱猷识理达腊与扩廓帖木儿，皆失利，惠宗也逐渐对孛罗帖木儿的专权产生不满，于至正二十五年（1365年）七月派人暗杀孛罗帖木儿，将其人头送到冀宁，并且处死了老的沙等人。 同年九月，扩廓帖木儿扈从爱猷识理达腊还京，奇皇后趁机要求扩廓帖木儿拥兵威胁惠宗让位于皇太子，扩廓帖木儿知道后，行至大都三十里外时就将他的军队遣散回营，因此爱猷识理达腊与扩廓帖木儿也反目了。
失国北逃
爱猷识理达腊回京后，多次请求南下督师，剿灭江淮一带的朱元璋、张士诚等势力，元惠宗不信任他，因而在两个月后改由扩廓帖木儿代皇太子南征，封其为河南王，统领天下兵马。 但扩廓帖木儿却在彰德按兵不动，所以惠宗怀疑扩廓帖木儿有异志，并迁怒于奇皇后与爱猷识理达腊，说：“向者孛罗举兵犯阙，今日扩廓总兵，天下不太平，尔母子误我天下！今天下土疆分裂，坐受危困，皆汝母子所为也！”爱猷识理达腊挨了打。 然而胳膊肘终究是向里拐的，在各路军阀混战、不听调遣的情况下，爱猷识理达腊接受伯元臣、李国凤等人的建议而向惠宗请缨，惠宗也于至正二十七年（1367年）八月命爱猷识理达腊总天下兵马，设大抚军院，坐镇指挥。 爱猷识理达腊领兵后，又调诸军攻打扩廓帖木儿。 就在元朝内乱之际，在元末农民起义中崛起的朱元璋自称皇帝，改国号为大明，出兵北伐元朝。眼看江山丢失在即，惠宗又归罪于爱猷识理达腊，杀了当初提出太子统兵建议的伯元臣、李国凤等人，于至正二十八年（1368年，洪武元年）闰七月撤销大抚军院，恢复了扩廓帖木儿河南王、太傅、中书左丞相等官爵，令其出兵勤王，不过为时已晚。 至正二十八年（1368年，洪武元年）闰七月二十八日，明军逼近大都，惠宗与奇皇后、爱猷识理达腊等人及百官从大都健德门仓皇逃往上都，元朝在中原的统治结束，北元开始。
面临大敌当前，惠宗与爱猷识理达腊重归于好，一致对外。在逃往上都的路上，奇皇后再次要求爱猷识理达腊派兵问罪高丽，为她的家族报仇，但爱猷识理达腊没有听从。 十一月二十四日，爱猷识理达腊领兵屯于红罗山，伺机收复大都。 至正二十九年（1369年，洪武二年）三月二日，爱猷识理达腊请率精骑直搏大都，惠宗不许。 至正二十九年（1369年，洪武二年）六月十三日，明军逼近上都，惠宗与爱猷识理达腊等人连夜出奔应昌（今内蒙古克什克腾旗），四天后，上都失守。至正三十年（1370年，洪武三年）正月初二，惠宗病重，诏皇太子总军国诸事。 同年四月二十八日，元惠宗驾崩，皇太子爱猷识理答腊在应昌继承了皇位，是为元昭宗。五月十六日，明将李文忠奇袭应昌，元宫后妃以及昭宗的儿子买的里八剌被明军俘虏，只有昭宗率十余骑突围，出奔和林（今蒙古国哈尔和林）。
矢志中兴
昭宗北奔后，痛定思痛，力图恢复中原，中兴元朝。他改年号为“宣光”，取杜甫《北征》诗中“周汉获再兴，宣光果明哲”之意，希望成为周宣王、汉光武帝那样中兴国家的君主。 昭宗“延揽四方忠义，以为恢复之计” ，特别是不计前嫌，重用在定西沈儿峪新败的扩廓帖木儿，拜他为都总兵、河南王、中书右丞相，并起用哈剌章、蛮子等人，大有振作之势。其时北元的领土除了漠北以外，还保有河西走廊、辽东、云南等地，势力还是相当强大的，于是明太祖朱元璋在宣光二年（1372年，洪武五年）正月派徐达、李文忠、冯胜三道出师，讨伐北元，欲“永清沙漠”。 扩廓帖木儿先是佯败，诱敌深入，大破明军，中路徐达部阵亡万余人（一说数万人），东路李文忠部在漠北虽未像徐达那样完败，但也损失惨重，撤兵而还，只有西路冯胜、傅友德部连战连捷，占领北元的甘肃全境。这次战争挫败了明军进攻的锐气，保住了元王朝的一线命脉，是昭宗领导下的一个重大成就。
此后数年间，明朝对北元改为守势，元昭宗整合云南、辽东各方势力，以求进军中原，高丽的新王辛禑也弃明投元，并派谢恩使李子松入漠北朝贺，上表称颂昭宗“敷虞文德，两阶之舞雍容；复汉官仪，十行之诏密勿”。昭宗君臣看见穿着朝服行礼的高丽使臣后老泪纵横，说：“自我播迁，困于行间，不图今日复见礼仪！” 当时，元昭宗过着“流离无宁、衣食艰辛” 的日子，他徙帐金山（今阿尔泰山，一说在纳哈出屯兵的内蒙古东部地区）之
北，继续筹划反攻中原事宜，但仍然不能越雷池一步。扩廓帖木儿、纳哈出多次骚扰明朝，均被击退。北元与明之间也不总是冲突，明太祖曾在宣光四年（1374年，洪武七年）九月放回了在应昌被俘虏的昭宗之子买的里八剌，以示善意。 明朝与北元南北对峙，当时的高丽诗人李穑的诗句“宣光洪武二龙飞，外国孤臣双泪挥” ，就反映了这种局面。
宣光五年（1375年，洪武八年）八月，元昭宗的股肱之臣——扩廓帖木儿死于金山之哈剌那海衙庭 （一说死于1376年），匡复大元的希望愈发渺茫。此后昭宗任用阔阔帖木儿为中书省太师。 宣光八年（1378年，洪武十一年）四月，爱猷识理达腊去世 ，庙号昭宗 （一说哲宗 ），汗号必里克图汗（Biligtü，蒙古语意为“聪明的”）。元昭宗死后由其弟益王脱古思帖木儿（一说为其子）继位，年号为“天元”，又称天元帝。十年后，明军大破北元于捕鱼儿海，北元彻底崩溃。
轶事典故
崇尚佛教
至正中叶以后，元惠宗受佞臣哈麻蛊惑，迷恋藏传佛教密宗，与西番僧人修炼房中术，爱猷识理达腊为儒学教育出身，起初也对此深恶痛绝。 但惠宗坚持要爱猷识理达腊学习密宗，他说：“太子苦不晓秘密佛法，秘密佛法可以益寿。”于是命秃鲁帖木儿等人向爱猷识理达腊传授密宗之法，久而久之，爱猷识理达腊亦沉湎此道。 爱猷识理达腊初学密宗时，喇嘛帝师来禀告奇皇后说：“向者太子学佛法，顿觉开悟。今乃使习孔子之教，恐坏太子真性。”奇皇后说道：“我虽居于深宫，不明道德，尝闻自古及今，治天下者，须用孔子之道，舍此他求，即为异端。佛法虽好，乃余事耳，不可以治天下，安可使太子不读书？”帝师听罢，满面羞色地退出了。
尽管如此，仍无法扭转爱猷识理达腊对佛教的酷爱，他在清宁宫中置龙床，打坐其中，东西铺长席，吐蕃喇嘛、高丽和尚列坐满长席。他还说：“李先生（李好文）教我读儒书许多年，我不省书中何意。西番僧教我佛经，我一夕便晓。” 足见他对佛教（尤其是密宗法术）的痴迷。…
