秦良玉就只好叹息而归。当时摇天动、黄龙等十三家贼兵在四川横行。有一个叫秦缵勋的人，是秦良玉的族人，给贼兵当了耳目，被捉拿后杀死狱卒逃跑了。良玉抓获了他，把他交给了官府，他的手下也没有一个逃脱。
遗憾终老
崇祯十六年（1643年），张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯四川，秦良玉上呈全四川形势给巡抚陈士奇，建议派兵守十三个关隘，但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。
崇祯十七年（1644年），张献忠领大军长驱直入，再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说：“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立！”于是秦良玉分兵守卫石砫境，张献忠到处招降四川土司，却不敢来石砫。
隆武二年（清顺治三年，1646 年），远在福建的隆武帝朱聿键派使节专程赴石柱，加封秦良玉太子太保衔，封忠贞侯。同时近在西南的永历帝朱由榔加封秦良玉太子太傅，任以四川招讨使，仍以镇东将军督兵平定川中诸贼。永历二年五月二十日（清顺治五年，1648年7月10日）寿终而死，享年 75 岁。
历史评价
张廷玉：马世龙等值边陲多事，奋其勇略，著绩戎行，或捐躯力战，身膏原野，可谓无忝爪牙之任矣。夫摧锋陷敌，宿将犹难，而秦良玉一土舍妇人，提兵裹粮，崎岖转斗，其急公赴义有足多者。彼仗钺临戎，缩朒观望者，视此能无愧乎！
钱海岳：良玉以巾帼效命疆场，古所未有也，迹其忠忱武略，足愧须眉已。
康有为：“以敬姜之德、班昭之学、秦良玉之勇毅、辛宪英之清识、李易安之词章、宋若宪之经术，列于须眉男子中，亦属凤毛鳞角。”
蔡东藩：“独如良玉者实难多得，特笔加褒，为女界吐气，即为男子示愧，有心人下笔，固自不苟也。”
秦良玉进京勤王时，崇祯帝曾作诗四首表彰秦良玉，秦良玉去世以后，后世很多人都对秦良玉大加赞赏。清代词人钱枚作《金缕曲》赞颂秦良玉， 清末志士秋瑾也作诗歌颂秦良玉。 此外又有秦怀渊、董说、蒋士铨等大量文人作诗歌颂秦良玉，不一一列举。到了近现代，作家冰心，郭沫若以及冯玉祥等也都用自己的方式纪念秦良玉。
纪念诗词
崇祯帝御制诗四首
其一
学就西川八阵图，鸳鸯袖里握兵符。
由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫。
其二
蜀锦征袍自翦成，桃花马上请长缨。
世间多少奇男子，谁肯沙场万里行！
其三
露宿风餐誓不辞，饮将鲜血代胭脂。
凯歌马上清平曲，不是昭君出塞时。
其四
凭将箕帚扫匈奴，一派欢声动地呼。
试看他年麟阁上，丹青先画美人图。
钱枚《金缕曲》
明季西川祸，自秦中飞来天狗，毒流兵火。石柱天生奇女子，贼胆闻风先堕，早料理夔巫平妥。应念军门无将略，念家山只怕荆襄破。妄男耳，妾之可。
蛮中遗像谁传播？想沙场弓刀列队，指挥高座。一领锦袍殷战血，衬得云鬟婀娜。更飞马桃花一朵，展卷英姿添飒爽，论题名愧杀宁南左。军国恨，尚眉锁。
轶事典故
崇祯十七年，张献忠攻陷四川，于成都称帝后派人招降四川各土司，秦良玉军事力量弱小，有建议投降的，有建议转移的，但秦良玉不肯投降反王张献忠，作《固守石砫檄文》，誓与石砫共存亡。于是秦良玉分兵守卫各处险要，张献忠之前与秦良玉多次交战被击败，虽然现在势力庞大，却不敢靠近秦良玉守卫的石砫。
人物成就
明朝末年，清军的入侵和农民的暴动使得社会形式动荡不安。督师孙承宗因受到朝中大臣的弹劾，被迫精兵简将， 而用于防备清军入侵所修筑的关锦防线也被新上任的督师高第破坏。孙承宗用解了京都之围后被再次启用，于是到辽东准备修复大凌河， 边关重地可能随时会遭到清军的袭击，但因为之前精兵简将，兵力的调配明显出现了不足的状况，秦良玉于是领石砫兵共计一万一千八百一十八人去驻守大凌河，保证大凌河的修复如期竣工。 对辽东抵御清军做出了极大的贡献。
四川土司奢崇明极农民义军领袖张献忠先后在四川境内作乱，明朝官军在与乱军交战过程中大都怯懦不前，甚至有贪图敌人贿赂原地逗留的，秦良玉率领“白杆兵”一马当先，不但取得了胜利， 也对官军起到了鼓舞的作用，让各路官军相互配合，最终将奢崇明击败。 张献忠虽然是农民义军领袖，但也在四川做了许多坏事，四川百姓因为奢崇明、张献忠等人叛乱屡遭磨难。秦良玉是石砫土司，将自己境内治理的井井有条，逃难百姓多去石砫等得以安居乐业。
