其次，托马斯从思辨科学的分类入手，指出神学乃是“第一哲学”。托马斯说：“思辨科学的对象，本来就是对于物质和运动的抽象，或对此二者的理解活动。因此，思辨科学按照远离物质和运动的程度划分为不同的学科。”具体说来，就是物理学、数学和神学。其中，物理学又名自然学，它以“在存在和概念上依靠物质”的对象为研究对象，而数学则以“在存在上依靠物质，在概念上并不依靠物质”的对象（例如线和数）为研究对象。神学所研究的主要对象是上帝，上帝在存在上并不依靠物质，相反它能够离开物质而存在。研究上帝的神学是“第一哲学”，其他科学都从它取得自己的原则，都跟从它。
最后，托马斯进一步论证了“神学高于哲学，哲学是神学的奴仆”的结论。托马斯指出，神学分为思辨的神学和实践的神学，因而，“神学高于哲学”说的就是神学在思辨和实践两方面都超过了其他科学（包括哲学）。就思辨而言，神学之所以超过其他思辨科学，一是因为神学具有较高的确实性。神学的确实性来源于上帝的光照，而其他科学的确实性则来源于人的理性的本性之光，而后者是会犯错误的；二是因为神学的题材更为高贵，“神学所探究的，主要是超于人类理性的优美至上的东西，而其他科学则只注意人的理性所能把握的东西”。就实践来说，神学高于其他科学的原因在于：神学的目的在于永恒的幸福，而这种永恒的幸福则是一切实践科学作为最后目的而趋向的目的。
既然神学高于哲学，因而，神学就可能凭借哲学来发挥，但并不是非要它不可，而是借它来把自己的义理讲得更清楚些。“因为神学的原理不是从其他科学来的，而是凭启示直接从上帝来的。所以，它不是把其他科学作为它的上级长官而依赖，而是把它们看成它的下级和奴仆来使用：有如主要科学使用附属科学、政治学使用军事学一样”。哲学和其他科学都是神学的婢女。
值得注意的是，托马斯关于哲学与神学关系的说明蕴含着两个重要的思想前提。一是“对事物，从不同的方面去认识，就可得出不同的学问”。因此，我们也不应该禁止用上帝启示的学问去讨论哲学家用理智去认识的理论。二是“虽然超出人类理智的事物，用理智不能求得，但若有上帝的启示，凭信仰就可取得”。显然，这一思想渊源于大阿尔伯特，它标识着知识与信仰的区分。
温和唯实论
在共相与殊相的关系问题上，托马斯遵循伊本西拿和老师大阿尔伯特的思想路线，指出“共相既在先又不在先”，并结合自己的认识论思想，从认识和事物的发展过程出发具体考察了这一结论。
首先，托马斯指出，一方面由于理智的知识在某一阶段上来源于感性的知识，所以，以殊相（单个的和个体的事物）为对象的感性认识先于以共相（普遍的事物）为对象的理智认识，故共相在后；但另一方面，人的认识（包括感性和理智）又是从潜能到现实、从“种”到“属差”的发展过程。例如，就理智而言，我们先确认一个对象是“动物”，然后才确认它是人还是狮子，所以，我们的理智认识动物总是先于认识人。同样，我们应用感性在判断较不普遍的东西之前来判断较普遍的东西，比如我们总是先看到一个人，然后才能看到是苏格拉底或柏拉图。“因此，我们得出结论：单独的、个体的知识，就我们来讲，它是先于普遍的知识，正如感性知识是先于理智知识一样。但就感性和理智二者而言，对较普遍的东西的认识则先于对较不普遍的东西的认识。”这就是说，从认识发生史来说，共相在后；就一个具体的认识过程来说，共相在先。
其次，托马斯指出“共相的性质可看作是和普遍性的概念在一起的”。这时，一方面由于普遍性的概念来自理智的抽象，所以这样的共相是在我们的已有知识之后获得的，故共相在后；但另一方面共相是潜在的东西，殊相只是由于分沾了潜在的共相而存在，故共相在先。
最后，托马斯还指出，“共相也可从它存在于个体中的性质本身（如动物性或人性）来看”。这时，如果我们经由发生先后和时间的次序来看，则较普遍的东西在自然次序内居先，例如，动物先于人产生。相反，如果我们从完善或自然意向的次序来看，则较不普遍的东西自然比较普遍的东西在先，例如，人比动物占先。总之，从现实发展过程来说，共相在先；从目的来说，共相在后。
托马斯结合自己的认识论思想来考察共相问题，显然比早期经院哲学大大进步了，在哲学史上具有重要的意义。但是，由于他坚持认为理念是事物的本质，理念决定具体事物的存在，因而，哲学史上称托马斯的这种唯实论为“温和的唯实论”。
上帝存在的证明
上帝存在是经院哲学理论关注的中心，同时亦是托马斯神学哲学体系的基石。关于上帝存在，托马斯一方面指出上帝的存在与本质是绝对同一的，上帝的本质就已经包含了存在，所以上帝自身的存在是无需证明的。但另一方面托马斯又承认上帝存在对人类的理智来说并不是直接自明的真理，因而需要对此加以证明。具体到证明方法，托马斯又不赞同安瑟尔谟从纯粹概念推出上帝存在的本体论证明方法，而主张通过熟知的结果来加以证明，即采取后天的证明方法来证明上帝的存在。由此出发，托马斯在《神学大全》中提出了关于上帝存在的五种证明：
托马斯关于上帝存在的五种证明，由于援引和改造了亚里士多德关于运动与变化、原因与结果、潜能与现实以及自然目的的学说，因而在形式上有不同于安瑟尔谟关于上帝存在的本体论证明的特点。但从本质上看，它仍遵循着中世纪唯实论所特有的思想路线——上帝是最好、最真实、最高贵的东西，所以，上帝存在。
托马斯作为经院哲学的集大成者，一方面清楚上帝存在是整个经院哲学理论的中心和基石，一方面也清楚关于上帝存在的证明有无法摆脱的难题，那就是“基督教信仰的上帝是无法验证的，上帝存在的基础在于信仰者的想象或思维之中，并没有客观的实在性”。
对于此难题，托马斯从知识与信仰的区分出发，一方面认为上帝的存在、三位一体，是不能凭借人类的自然的理性能力可以认识的，它只能是信仰的真理。另一方面，他又认为上帝的存在对于人类理智来说并不是直接自明的，因而需要加以证明。但是，“人的自然理性只能通过受造物去认识上帝。从受造物认识上帝是从结果推溯至原因。因此，人的自然理性所能认识的上帝，只是就其必然是世界万事万物的根源这一特点。前面论上帝，也只以此为根据”。借此，托马斯既运用人的自然理性能力证明了上帝的存在，同时又在表面上规避了人们对此种种证明的批评。因为在托马斯看来，人的自然的理性能力所证明的只是上帝一体性方面的事（指上帝必然是世界万事万物的根源这一特点），而不是三位一体，三位一体只属于信仰的领域。
这样一来，既然人的自然理性能力并不能完全证明上帝的存在，那么上帝的存在便只能由信仰的真理来加以担保了，而“信仰是对未见的事物的确断”。因此，托马斯企图证明上帝的存在，但这种论证不仅本身不成功，而且削弱了它的神学地位。
伦理学
在托马斯看来，伦理学是研究人生的意义、理想和目的的。它的基本思想是：人类的幸福，决不在于身体上的快乐（主要指食、色两方面的快乐）。这种快乐是感性的、动物性的，它阻碍人接近上帝，使人脱离理性的事物，所以，“人类最高的完善决不在于和低于自身的事物相结合，而在于和高于自身的某种事物相结合”。人生的最高目的就在于追求最高的真善美。这种最高的真善美、万事万物的最终目的就是上帝。因此，我们必须把那些特别使人接近上帝的东西作为人的最后目的。由此出发，托马斯进一步认为，道德行为受人赞美，是由于它导向幸福，幸福才是德行的报酬。传统的四枢德（智慧、勇敢、节制、正义）是值得称赞的，但它们只能导向自然的、世俗的幸福，因此人们必须培育“信、望、爱”三种德性，只有这三种德性才能使人达到超乎本性的幸福。总之，道德评价是以信仰为轴心的。…