王先谦虽然反对民权学说和政治改革，但他并不反对教育改革。戊戌政变后，他又对恢复八股取士制度，并继续主张开设学堂。1901年，他致函湖南巡抚俞廉三，论述了为振兴工业而创办工艺学堂的重要性，并呈上他所拟定的《工艺学堂章程》共12条，提出了与生产劳动相结合的职业教育设想，对湖南近代职业技术教育事业的兴起产生了一定的影响。1903年，他又参与创办湖南最早的师范学校——湖南师范馆，并兼任第一任馆长。该馆开设了伦理、经学、算学、中外史学、中外舆地、文学
、理化学、英文、图画、体操等10多门课程。当时没有统一的教科书，王先谦建议，请在外国留学的中国留学生将白天听课的笔记在晚上整理并翻译成中文寄回来，由政府印发学校充作教材，或刊登在地方性报纸杂志上。留学生的翻译报酬由省财政专项开支。这一建议被抚院所采纳，为解决教材问题起了一定作用。
王先谦主讲岳麓书院一直到1903年。这时，资产阶级民主革命蓬勃兴起。王先谦以“人心不靖”，“邪说朋兴，排满革命之谈充塞庠序”而不复至馆。同年，岳麓书院改为湖南高等学堂。
岳麓书院改为学堂后，王先谦居家著述。但他仍关注教育。在此前，他就认为中国的小学教育不发达。他曾指出日本的初小是“尽人必入”，而中国由于小学不发达，很多人未经小学就直接考入中学和高等学堂，造成中学和高等学堂“程度之低昂无别”。针对这种情况，他主
张大力发展小学教育，尤其是贫民小学。光绪末年，他写信给湖南学使吴自修，并向巡抚上《拟设简易小学呈稿》，认为各省官立和民立学堂很多，但贫民小学却没有考虑，这是“务其大而遗其小，似未尽国民要义也”。因此，他主张大办贫民小学，使所有适龄儿童都能方便入学，“照章五年毕业，即已知书习算，文义粗通”。他还身体力行，将自己多年担任省学务公所议长和省自治筹办处会办的马夫银共12250两全部捐给省学务公所，在长沙兴办简易小学堂18所，为长沙初等教育的发展作出了很大贡献。
在其教育生涯中，王先谦将教学与学术研究紧密结合起来，取得了巨大的学术成就。被人称为“清末全面研治经史子集的一代宗师”。同时，他还注意了解国外情况，被人称为“通过博览群书走向世界的极为罕见的朴学大师”。他不仅是岳麓书院最后一任山长，同时，他还以他丰富的研究成果为岳麓书院留下了一座巨大的学术丰碑。
人物评价
“长沙阁老，季清巨儒，著书满家，门庭广大”，这是长沙近代著名学者和教育家李肖聃先生对王先谦的评价。
王先谦能在学术上取得这么大的成就并不是偶然的。他自幼苦读，锲而不舍，数十年来废寝忘食
，孜孜于典籍之中，而且具有博采众长，严谨平实的作风。王先谦治学侧重古文经学，但不拘泥门户，兼采今文学源的观点，认为今古文经之争，“展转纷纭，徒形词费”。他辑印的《南著书院丛书》就被人称作“无乾嘉诸子标汉宋之帜，分门别户致辨之习气”。而《续皇清经解》、《尚书孔传参正》就又包含了许多今文经学的观点和材料。
他在政治上与维新派势若水火，但却能称道梁启超的《新大陆游记》 “颇有长进”，并在撰写《五洲地理志略》时多处述引。王先谦在撰述过程中继承了湖湘务实的传统学风，重求实，反臆断，凡遇暂时不明白的问题，并不武断曲解，总是以“存疑”的态度对待，或注明“无考”，'或注时“未知孰是”，“所当厥疑”。而对自己著述中的错误，一经发现就立即纠正。他曾刻印袁本《世说》，当经叶德辉提醒知道袁本“讹谬百出”时，便毅然毁版，请叶详加校勘后重镌。
他还深刻地揭示中国学人普遍务虚图名的弊病说：“窃谓中国学人大病
，在一空字。理学兴，则舍程、朱而趋陆、王，以程、朱务实也。汉学兴，则低汉而尊宋，以汉学若人也。新学兴，又斥西而守中，以西学尤繁重也。至如究心新学，能人所难，宜无病矣。然日本维新,从制造入，中国求新，从议论入。所务在名，所图在私。言满天下，而无实以继之，则亦仍然一空，终古罔济而已。”
正由于王先谦痛恨空谈，因而自己坚持实事求是，严谦治学。他的这种学术态度不仅使自己成为一代宗师，而且启迪了众多岳麓书院士生，使他们深涉经史，旁及诸子，趋重实务，接受新学，使这千年学府再度焕发生气，因而无论是撰述，还是教育，王先谦都堪称大家。因此可见，当代学者李肖聃在《湘学略·葵园学略》中赞他“上笺辟经，下征国史，旁论文章，用逮谱子。四十余年，楚学生光。”这并非是过誉之辞，堪当确评。
藏书故实
阮元在广州刊《皇清经解》，他留心阮刻以外的
文献，大为搜访，得书209种，1430卷，仿阮元《皇清经解》体例，名为《皇清经解续编》，刻于江阴南菁书院。收藏图书颇多，但不追求古版宋椠，多为著述实用之书。晚居家致力撰述，并经营刻书。晚年迁翰林院侍讲、国史馆总纂、实录馆修纂、总纂等职。著有《虚受堂文集》、《庄子集解》、《荀子集解》、《汉书补注》、《盐铁论校勘小识》、《水经注集校》、《诗三家义集疏》等数种；编有《十朝东华录》、《续古文续类纂》等。
