孝文帝驾崩后，彭城王元勰与任城王元澄秘密商议，恐凶讯外露，陈显达返兵追逼，故秘不发丧；行抵宛城遣中书舍人张儒奉诏征太子元恪，将凶讯密告留守于烈。太子至鲁阳，乃发丧，即皇帝位，是为宣武帝。五月，葬孝文帝于长陵（洛阳湹水以西），庙号高祖。
为政举措
政治
太和十年（486年），以三长制取代宗主督护制，采用邻、里、党 的乡官组织，抑制地方豪强荫庇大量户口。关于三长制的设立，《魏书》提到：“旧无三长，惟立宗主督护，所以民多隐冒，五十、三十家方为一户。冲以三正治民，所由来远，于是创三长之制而上之。” 北魏政府与地方豪强的矛盾，究其根本是经济上的矛盾，焦点是豪强所包藏的众多人口。孝文帝定三长制，既是对地方行政制度的发展，更是国家同地方豪强争夺户口的一次变革。太和十年（486年）“五家立一邻长，五邻立一里长，五里立一党长，长取乡人强谨者” ，“初立党、里、邻三长，定民户籍” 。
延兴二年（472年），政以久任，满一年升迁一级；治绩不好的即使就任不久，也要受到处罚，甚至降级。实行俸禄制之前，北魏律对贪污罪分为“枉法”与“义赃”，胡三省注《资治通鉴》云：“枉法，谓受赇枉法而出入人罪者。义赃，谓人私情相馈遗，虽非乞取，亦计所受论赃。 ”为严惩贪污，班禄之后孝文帝与文明太后亲自办理一件典型大案，即汝阴王南安王贪污案。 汝阴王、南安王“黩货聚敛”，按惩贪法令应当处以死刑。但他们贵为皇亲，身份特殊，故而孝文帝与文明太后召集大臣讨论“为存亲以毁令，为欲灭亲以明法”。文明太后并不支持大臣们提出的特赦建议。最终两王免于死刑，“削除封爵，以庶人归第，禁锢终身”， 受到比较重的处罚。
太和八年（484年），颁
俸禄制，申明俸禄以外贪赃满一匹绢布的处死。次年颁行的均田令中，又规定地方守宰可以按官职高低给一定数量的俸田。所授公田不准买，离职时移交下任。官俸制颁行不久，孝文帝开始推行爵禄制。官、爵是统治阶级两大系统，与北魏官制相比，北魏的授爵更加宽松，战乱时期多向部落贵族、军功贵族授爵。当时爵位仅为一种荣誉，又称为“假爵”，与经济利益无关，因此有滥授现象。 至孝文帝时，要为有爵者班俸，势必清理这些虚封。
俸禄制的推行，初衷是为了解决官吏的收入问题、打击腐败，但在推行过程中并未实现这两个目标。清廉的官员依旧生活清苦，地方官吏收入差距拉大，有爵者与无爵者不仅存在荣誉上的差别，还出现了收入上的差别。贪污问题没有得到根除，反而刺激一些巨贪出现，而镇将的贪污聚敛更是诱发了边疆不安定因素。
孝文帝改革后，官吏来源的主渠道是门阀以及与门阀制度相应的选举制度，这种选官方式必然造成一部分官员依靠门资占据官位却缺乏相应的能力。考课制度是对任官制度的调整和补充，本意是通过考绩监督官员的行政行为，并为官员升黜提出参考标准。北魏考课法分为外考法令与内考法令，外考法令是针对地方官的考课法令，内考法令或称内令，是针对中央官的考课法令。
“孝文帝，励精求理，内官通班以上，皆自考覈，以为黜陟。 ”内考令的对象是内官“通班以上”。孝文帝改革之后，考课制度不可避免地与选举制度相衔接，但在实施中也保留了任人取贤的精神。与重视门第的选举制度相比，北朝对官员的评估不是一味地只看门第。孝文帝对官吏的考察十分重视，并且要求严格。“三载考绩，自古通经，三考黜陟，以彰能否。朕今三载一考，考即黜陟。 ”
太和年间，议定百官秩品，分九品，每品又分正、从。从品为北魏之首创。太和十九年（495年），孝文帝又按照家世、官爵等标准，将代北以来的鲜卑贵族定为姓、族，姓为高，族次之，其中穆、陆、贺、刘、楼、于、嵇、尉八姓，“皆太祖已降，勋著当世，位尽王公，灼然可知者，且下司州、吏部，勿充猥言，一同四姓。”所谓四姓，一说为中原汉族高门崔、卢、李、郑，一说为汉族甲、乙、丙、丁四种郡姓，前者似为确。班定姓族，使鲜卑贵族与汉士族得以进一步结合 。
为了便于学习和接受汉族先进文化，进一步加强对黄河流域的统治，拓跋宏决心把国都从平城（今山西大同市）迁到中原地区。太和十七年（493年），魏孝文帝亲自率领步兵骑兵三十多万南下，从平城出发，到了洛阳。正好碰到秋雨连绵，行军发生困难。于是决定迁都洛阳。
孝文帝改革后，北魏选举重视门资，高门子弟以此入仕，占据相当数量的职位，他们的子弟又不断以同样的方式起家、升迁，逐渐造成一个庞大的官僚集团。与此同时，军功贵族和寒门出身的官吏也占有一定比例。如果考课法正常运作，官吏各有升迁与淘汰，那么官僚集团内部尚可以健康循环。但如上文所提到的，考课法的实施逐渐流于形式，官吏无论才能如何大多被评定为不升不降的等级。官僚集团失去活动力，渐渐膨胀，到北魏后期出现官少人多的现象。
经济
太和九年（485年），颁布了均田令，对不同性别的成年百姓和奴婢、耕牛都作了详尽的受田规定。授田有露田、桑田之别。露田种植谷物，不得买卖，七十岁时交还国家。桑田种植桑、榆、枣树，不须交还国家，可以出卖多余的部分，买进不足的部分。还授土地时对老少残疾鳏寡都给予适当的照顾。
延兴五年（475年），为改变过去州、郡、县争收租调的混乱局面，政府确定只能由县一级征收，征收时禁止使用大斗、长尺、重秤。
太和十年（486年），孝文帝对租调制度也进行了相应的改革。新租调规定以一夫一妇为征收单位，每年交纳帛一匹，粟二石。十五岁以上的未婚男女，从事耕织的奴婢每八人，耕牛每二十头的租调，分别相当于一夫一妇的数量。
军事
太和二十年（496年）八月，孝文帝巡幸嵩岳，太子元恂留守金墉城。孝文帝出巡给了他可乘之机，遂与左右合谋，秘密选取宫中御马三千匹，阴谋出奔平城，并亲手杀死高道悦于宫禁之中。事发后，领军元俨派兵严密防遏各宫门，阻止了事态的发展。孝文帝闻讯大惊，中途急急折返洛阳，怒不可遏，列举其罪，亲加杖责。后议废太子恂，并逼令元恂自尽，时年十五岁。
元恂被废的当月，恒州刺史穆泰、定州刺史陆睿相
互合谋，暗中勾结镇北大将军元思誉、安乐侯元隆、抚冥镇将鲁郡侯元业、骁骑将军元超及阳平侯贺头、射声校尉元乐平、前彭城镇将元拔、代郡太守元珍等人，阴谋推举朔州刺史阳平王元颐为首领，起兵叛乱。
元澄受命，倍道兼行，经雁门往北直趋平城（恒州治所）。先遣侍御史李焕单骑入城，出其不意，晓谕穆泰同党，示以祸福，叛党顷刻瓦解。穆泰无计可施，仓促率麾下数百人攻焕，不克，败走城西，束手就擒。元澄穷治穆泰同党，收陆睿等百余人下狱，民间帖然；并将平叛始末写成奏章上报朝廷。
太和二十二年（498年）六月，孝文帝下令征发冀、定、瀛、相、济五州兵卒二十万，准备大举南伐。孝文帝引兵直趋襄阳，彭城王勰等三十六军前后相继，众号百万，吹唇拂地。兵至赭阳，留诸将攻取，自率兵南下奔袭宛城，当晚攻克外城。房伯玉于是率众坚守，魏军不能攻克。
孝文帝留咸阳王禧等人攻南阳，自引兵至新野，又遭到齐新野太守刘思忌的顽强抵抗，直到十月，仍然不能攻下。齐明帝急派大将崔慧景率步骑二万余人增援襄阳。十一月，南齐韩秀芳等十五将投降北魏，魏兵才在沔水以北取得一次胜利。战争相持到第二年三月，北魏终于攻占了雍州的南阳、新野、南乡等郡，刘思忌被杀，房伯玉被迫出降。继而大败崔慧景、萧衍于邓城，斩首、俘获二万余人。孝文帝乘胜率众十万围攻樊城，齐雍州刺史曹虎闭门自守。但涡阳一战，魏军失败，一万多人被杀，三千多人被俘，军资器械财物损失上千万。北魏急调步骑十余万往援涡阳，才迫使齐军撤退。九月，孝文帝得知齐明帝死讯，乃下诏称说“礼不伐丧”，引兵而还。归途中，身患重病，十多天不能引见侍臣，经过急救，方才转危为安。…
