魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕死罪，崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产。
轶事典故
关宁铁骑
关宁铁骑据说是一支由孙承宗和袁崇焕组织并训练的一支可以与后金军八旗骑兵抗衡的队伍。但史料里却没有袁崇焕关于关宁铁骑的记载，即便是梁启超的《袁崇焕传》和金庸作的《袁崇焕评传》也对关宁铁骑只字未提。
而吴伟业在清顺治九年成书的《绥寇纪略》提到“关宁铁骑”却是祖大寿的家将祖宽和堂弟祖大乐入关所带的军队，这支部队的编制有夷人的成分。 据《明季北略》记载，祖大寿收降夹在辽东与中国之间的夷人，组成了一支能骑擅射的军队。
《明史》里提到的“关门铁骑”就是《绥寇纪略》说的“关宁铁骑”， 但这支部队当时是用来清剿河南流寇的，与袁崇焕击退后金军所用的骑兵部队是两码事。
历史评价
努尔哈赤：“朕用兵以来，未有抗颜行者。袁崇焕何人，乃能尔耶！”
杨惟和：“十余年奴氛孔炽，士卒畏敌，不畏将帅。袁崇焕一振起之，而将士始用其命，军民始安其生，天下壮之，真今之方叔也 ”
余大成：“力捍危疆，而身死门灭，其得罪大略相似。但武穆有子霖、孙珂，能白其冤。而督师竟允绝，圣世谁复为《金陀粹编》者？可叹也！”
王在晋：“毛文龙径袭辽阳，旋兵相应，宁锦之围解，文龙与有力焉。此出于崇焕之自陈，剧称其牵制之功，则文龙何可杀耶？文龙杀而虏直犯京城，明知而故悖之，崇焕之祸，其真自取耳！”
唐甄：“当是之时，非无贤才也，袁崇焕以间诛，孙传庭以迫败，卢象升以嫉丧其功。此三人者，皆良将，国之宝也，不得尽其才而枉陷于死，使当日者有一张居正为之相，则间必不行，师出有时，嫉无所施，各尽其才，而明之天下犹可不至于亡。”
谈迁：“初，虏势张甚。人心惶骇欲遁。自崇焕坚拒，气始振。”“藤县（袁崇焕）之于东陲，亦勋劳多矣！初，经略高第议弃宁前锦右。果如其说，则辽西将非国之有也。赖藤县力持，成宁远之功，士气少奋。”
计六奇：“自辽事者，所用人鲜有胜任者。当时所望成功者，惟熊廷弼、袁崇焕、孙承宗。”
朱舜水：“奴虏种类，原自不蕃。先年李宁远以奴隶儿子畜之，玩之掌股，使其长养内地，知我虚实情形；又加以龙虎将军名号，使得控崇别部，狡焉启疆，失于防御，遂灭北关、白羊骨诸种，益致彼猖。又贼臣杨镐、袁崇焕前后卖国，继丧辽阳、广宁，滋蔓难图；然犹二十年蹂躏，三韩、燕云屹然无恙。即曾两入朔易山东，未敢公然盘踞。祗因流寇攻陷京城，惨杀文武。吴三桂愚呆竖子，失于较计，欲报家仇，勾引入寇；逆虏遂令三桂为导，乘机掩袭北京。”
夏允彝：“自有辽事，所用人，鲜能有胜任者。当时所望成功，惟熊廷弼、袁崇焕、孙承宗为庶几；而武臣如刘綎、杜松、满桂、祖大寿、吴三桂，其最着也。”
张廷玉：“崇焕智虽疏，差有胆略，庄烈帝又以谗间诛之。”
乾隆帝：“袁崇焕督师蓟辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事，彼时主暗政昏，不能罄其忱悃，以致身罹重辟，深可悯恻。”
汪荣宝：“明自用兵以来，督师者如熊廷弼、袁崇焕、孙承宗辈，皆以盖世之才，能称其职；而诸将委身许国，效死不屈者亦前后相望。”
韩文举：“以叔季衰亡之国，撄犬羊暴起之众，自有历史以来，未有能取胜者，能取胜自督师始。且不徒取胜而已，实足制敌死命而无难，是中经营惨淡，殆非寻常英雄所能胜任。夫知敌所长而避之，侦敌所短而乘之，难矣；然犹非至难也。大败之后，人无固志，胡尘乍起，望风而逃，于此而欲振作士气，俾将卒去其畏敌之心，起其灭敌之望，宁非难中之至难者哉?以此而论督师，殆天人不可及欤！”
康有为：“夫袁督师之雄才大略，忠烈武棱，古今寡比。其遗文虽寥落，而奋扬蹈厉，鹤立虹布，犹想见鲁阳挥戈、崆峒倚剑之神采焉。”“若吾粤袁督师之丧于谗间也，天下震动，鬼神号泣，明社遂屋，余祸烈烈，波荡至今。呜呼，天下才臣名将多矣，谗死亦至伙，而恻恻于人心，震惕于敌国，非止以一身之生死系一姓之存亡，实以一身之生命关中国之全局，则岂惟杜邮、钟室、凉风、金牌之凄感也。……假若间不行而能尽其才，明或不亡。”
梁启超：“使督师以前而有督师其人者，则满洲军将不能越辽河一步，使督师以后而能有督师其人者，则满洲军犹不能越榆关一步，故袁督师一日不去，则满洲万不能得志于中国，后金军之处心积虑，以谋督师宜也。而独怪乎明之朝廷自坏长城，为敌复仇，以快群小一日之意见，而与之俱尽，古今冤狱虽多，语其关系之重大，殆未有袁督师若者也。”“若夫以一身之言动、进退、生死，关系国家之安危、民族之隆替者，于古未始有之。有之，则袁督师其人也。”
萧一山：“熊廷弼、袁崇焕、孙承宗，皆以盖世之才，治辽事而有余，然或内毁于阉党，外罹于反间，不终其位。”
李济深：“论明清间事者，佥以为督师不死，满清不能入主中原。”
孟森：“庶知三百年公论不定，一翻明末人当时之记载，愈坠云雾中。论史者将谓今日之人不应妄断古人之狱，惟有求之故纸，凭耳目所及者之言以为信。岂知明季之事，惟耳目相及之人，恩怨是非尤为纠葛。”
金庸：“袁崇焕真像是一个古希腊的悲剧英雄，他有巨大的勇气，和敌人作战的勇气，道德上的勇气。他冲天的干劲，执拗的蛮劲，刚烈的狠劲，在当时猥琐萎靡的明末朝廷中，加倍的显得突出。”
迟浩田：“袁崇焕是我们中华民族的一个伟大英雄，我们岳飞、袁崇焕都是在中华民族历史上有褒有贬，经历坎坷，但是最终一条，人民的眼睛是雪亮的，历史是公正的。”
相关争议
袁崇焕的事迹、评论几百年来一直争论不休，正如孟森在《明本兵梁廷栋请斩袁崇焕原疏附跋》中提及，明末时期历史记载十分混乱，即使是与其耳目相关的人，其恩怨纠葛也尤其复杂。其中，主要争议的集中点是袁崇焕杀死毛文龙、是否背叛明朝政府等。
被称为明末清初五大学者之一的朱舜水参加过“反清复明”的活动，在他的著作《朱舜水集》里，将袁崇焕称为“卖国贼”， 明末将领徐石麒也认为，袁崇焕表面上主战，而实际上是想主和，甚至以擒杀毛文龙的方式取信于清廷。 清朝学士张廷玉在撰写《明史》时认为袁崇焕杀毛文龙是“妄杀”，计六奇在《明季北略》里认为袁崇焕虽然死的冤，但是他列十二条罪状杀毛文龙，如同秦桧以十二道金牌杀岳飞一样。
清乾隆皇帝觉得袁崇焕的死值得怜悯，民国初年，梁启超在《袁崇焕传》中对袁崇焕大加赞赏，认为他是能影响国家安危、民族兴亡的人。1952年，北京市进行大规模的改造城市建设时，叶恭绰等联名上毛泽东，请求保护袁墓，毛泽东在回复中称袁崇焕为“明末爱国领袖”。
袁崇焕因为行事作风的问题，曾经让器重他的孙承宗大为震怒， 擒杀毛文龙也是袁崇焕擅自主张。他的同事王在晋认为袁崇焕虽然死于国法，但是他的功劳不可淹没， 但同时，他也认为袁崇焕的死是自取灭亡。
《剑桥中国明代史》称：“他（崇祯皇帝）相信了谣言，于1630年9月22日在北京杀了他最有才能的将领袁崇焕。”
后世纪念
崇焕故园
武侠小说家金庸将袁崇焕纪念园称之为“崇焕故园”，位于东莞石碣镇，水南村为纪念袁崇焕，在袁崇焕故居遗址上投资建设了袁崇焕纪念园。崇焕故园地处东江河畔，崇焕路东，东邻石龙古镇，该园仿明代建筑建造，现已成为集历史文化与娱乐休闲于一体的园林景区。2007年4月25日，原中央军委副主席、国防部长迟浩田将军到袁崇焕纪念园参观时亲手写下了“护国爱民、英名永辉”的题字。 …
