背孙反共
民国八年（1919年），五四运动爆发，工人革命运动日渐发展，章太炎却由反对军阀割据逐渐演变为赞成军阀割据。民国九年（1920年）11月，湖南通电湘省自治，章太炎随即在北京《益世报》发表《联省自治虚置政府议》，认为宜虚置中央政府，军政则分于各省督军。 接着，又主张使地方权重而中央权轻，各省自治为第一步，联省自治为第二步，联省政府为第三步，还必以本省人充军民长官。这种联省自治说，和孙中山的统一主张背道而驰。民国十年（1921年）5月，孙中山在广州就任非常大总统职，章太炎以为非法，并以“联合自治不可反对为献” 。
民国十二年（1923年）1月，孙中山在上海发表《和平统一宣言》，章太炎以为“统一利害，久处南方者自知，若谓借此以缓最高问题，则亦非计”。 次年1月，中国国民党第一次全国代表大会在广州召开，通过了《中国国民党第一次全国代表大会宣言》，接受了中国共产党所提出的反帝反封建的主张，分析和批判了当时社会上流行的各种错误的、反动的政治流派，包括“联省自治派”，宣告取消不平等条约；孙中山又系统讲述了三民主义。10日，决定应冯玉祥的电邀，“即日北上”。章太炎对改组后的中国国民党表示不满，在国民党右派冯玉祥自由等的怂恿下，发出《护党救国宣言》，“冀以同盟旧人，重行集合团体”。不久，冯玉祥自由组织中国国民党同志俱乐部，章太炎也组织了辛亥革命同志俱乐部，背离孙中山，反对共产党。
晚年抗日
民国十四年（1925年），“五卅运动”发生，章太炎发出《为上海英租界巡捕惨杀学生之通电》。“以为英捕而不治罪，固不足以肃刑章；英捕而果治罪，亦未必足以防后患。惟有责成外交当局，迅速收回租界市政，庶几一劳永逸，民庆再生” 。
民国十六年（1927年），章太炎赋诗自述：“见说兴亡事，拿舟望五湖”。 晚年在苏州讲学，组织国学会，欲“甄明学术，发扬国光”。民国二十二年（1933年），刻《章氏丛书续编》于北平，所收不多，而更纯谨，且不取旧作，当然也无斗争之作，先生遂身衣学术之华衮，粹然成为儒宗”。但是，当帝国主义蹂躏中国，中华民族灾难深重的时候，章太炎起来谴责国民党“怯于御乱而勇于内争”。民国二十一年（1932年），北上见张学良；次年，又与马相伯等联合发表“二老宣言”、“三老宣言”：“对于当前日本之侵略暴行，不仅作消极之抵抗，同时更应动员全民族积极收复失地、根本消灭伪国” ，呼吁抗日。民国二十四年（1935年），一二九运动发生，宋哲元进行压制。章太炎致电宋哲元：“学生请愿，事出公诚，纵有加入共党者，但问今之主张何如，何论其平素。”
12月24日，上海学生北上请愿，国民党加以阻挠，章太炎“对学生爱国运动深表同情。但认政府当局，应善为处理，不应贸然加以共产头衔，武力制止”。请愿学生经过苏州时，又“派代表慰劳，并嘱县长馈食”。他“瞻顾民族之前途，辄中心忉怛而未能自己”， 临终前，在《答友人书》中还说：“北平既急，纵令勉力支持，察省必难兼顾。盖非常之时，必以非常之事应之。令共党之在晋北者，其意不过欲北据河套，与苏俄通声势耳。此辈虽多狙诈，然其对于日军，必不肯俯首驯伏明甚”。 尽管章太炎不可能对共产党有真正认识，但他对共产党的坚持抗战、国民党的“不抵抗主义”还是觉察的。尽管章太炎晚年的行为也有使人失望之处，却仍保持了爱国主义晚节。民国二十五年（1936年）6月14日，章太炎病逝。
思想成果
学术思想
章氏的思想受到多方影响，因为变化的历程相当繁复，依
其《菿汉微言》中的自述，是以“始则转俗成真，终则回真向俗”十二字予以归结。大抵而言可以光绪二十四年（1908年）著成《齐物论释》为界。在此之前，章氏先习朴学、诸子学以及西方进化论和社会学，在因苏报案入狱之后，则改习法相宗，而后思想便以唯识学为尚，认为先秦诸子之学皆不足比拟，固可谓“转俗成真”。
自《齐物论释》著成之后，章太炎因齐物思想的启示，不再仅以唯识为唯一标准，转而认为凡“外能利物，内以遣忧”之学皆有价值，开始对古今中外的学术思想进行重估。即进入“回真向俗”的境界。形成章太炎思想的背景主要来自四个渊源：一为受乾嘉学派考证学的影响，讲求客观实证；二为跟随晚清诸子学兴起的潮流，对荀子、庄子、老子三家思想加以揄扬，尊子贬孔；三为受到严复的影响，在其早年的文章中尤其多以进化论作为理论架构；四为佛学，尤其是佛学中的唯识论，是章氏后期思想的支柱，使其思想体系中充满个体主义、相对主义的色彩。除了这四大渊源外，顾炎武、王夫之的民族思想，章学诚、戴震、孙诒让等人的思想也对章太炎具有相当的影响力。
革命思想
戊戌变法之后，章太炎既对清朝统治不满，又同情康、梁；既孕有民族思想，又没有转向革命。他提出了“客帝”和“分镇”的课题，认为满洲贵族，是客帝；中国的“共主”应为“仲尼之世胄”。只要清朝皇帝承认过去民族压迫的错误，拥护孔子后裔，做“虚君”，自己退居为齐桓公、晋文公般的霸主，发愤自强，那么反满情绪可以平息，可以防止“逐加于满人，而地割于白人”。“分镇”也是章太炎在外国侵略、清政腐朽的情况下提出的一种改良设想。认为政治危急之际，“犹赖有数镇稍自奋起，足以扶危而定倾”。因此，不能削弱藩镇，而“甘心于白种之陵籍”。藩镇和立宪政并不矛盾。“板荡之世，非得藩镇以尊攘，则宪政不立”。他举明治维新为例，“若皇德贞观，廓夷归章，示民版法，陶冶天下，而归之一宪，藩镇将奔走趋令，如日本之萨、长二藩，始于建功，而终于纳土，何惠自擅？” 此后，进而指出：“瓜分而授之外人，孰与瓜分而授之方镇。” 他反对满洲贵族统治的丧权辱国，而对汉族地主阶级还存幻想。他向往的还是明治维新式的“革政”。在旅台期间，他曾将所写论文汇成《訄书》。光绪二十五年5月，由基隆去日本，7月下旬，由日返国。
章太炎认为共和政体不如专制政体。章太炎阐述的，有三层意思：代议制的民主共和政体不能行之于中国；政党与议员勾结，这种共和政体还不如专制政体为宜。结论是建立共和政体只能是不得已之举。认为清朝推翻后，中国还是行专制政体为好。
章太炎早年在日本主编《民报》时，曾主张社会主义，与片山潜等日本社会主义者过从甚密，并由此反思西方的进化论及现代文明，撰写了《俱分进化论》、《五无论》等著作。
人物评价
总评
章太炎是近代中国国学大师，也是学者型的资产阶级革命家；但学术与政治毕竟不同，政治方面，章太炎确有他的局限，这些局限在辛亥革命及民国初年表现得很明显。章太炎的一些主张与孙中山不同，但他仍是一位有功于辛亥革命的民主革命宣传家。
名人评价
个人作品
丛书全集
尚未收入
年谱自述
著作注疏
外语译作
主笔书刊
章太炎的主笔有《时务报》、《昌言报》、《经世报》、《实学报》、《译书公会报》、《亚东时报》、《台湾日日新报》、《民报》、《国粹学报》、《教育今语杂志》、《大共和日报》、《华国》、《制言》等。
轶事典故
梦做阎王
民国四年（1915年），袁世凯想做皇帝，生怕章太炎反对，先期诱至北京，幽于龙泉寺；章太炎忧愤之余，梦做阎罗王。当时有报宗仰和尚书云：仰上人侍者：快接复曹，神气为开，所问幻梦事状，今试笔述，愿上人评之。去岁十二月初，夜梦有人持刺，请吃午餐，阅其主名，则王鏊也。（王鏊，苏州人，明武宗时贤相。）走及门外，已有马车；至其宅中，主人以大餐相饷；旁有陪客，印度人、欧洲人、汉人皆与。各出名刺，汉人有夏侯玄、梅尧臣。…
