受诏入朝
初平二年（191年），董卓进入关中后，留朱儁守洛阳，朱儁便和山东诸将通谋，想作内应。后来，朱儁害怕董卓袭击自己，弃官逃往荆州。董卓任命弘农人杨懿为河南尹，驻守洛阳。朱儁闻讯，率兵还洛阳，杨懿退走。朱儁见河南残破，无法作为屏障依靠，于是引军向东面，屯驻在中牟县。并传信给各个州郡，召请部队讨伐董卓。徐州刺史陶谦派来精兵三千。其他州郡也派了一些兵来，陶谦便上表奏任朱儁代理车骑将军。董卓闻知后，让他的将领李傕、郭汜率领数万人屯驻河内抵挡朱儁。朱儁出击，被击败。朱儁自知众寡不敌，于是停留关下，不再前进。
初平三年（192年），李傕、郭汜掌权。朱儁当时还在中牟，陶谦认为朱儁是名臣宿将，屡立战功，可以委以大任，于是和诸豪杰共同推举他为太师，并传檄给各州牧伯，相邀一同讨伐李傕，奉迎天子。
正好李傕听从太尉周忠、尚书贾诩的计策，派人用天子诏书征召朱儁入朝。两条道路，摆在面前，何去何从，亟待选择。军吏将士都不愿入关，想与陶谦等联合。朱儁却不慌不忙，说出了一番道理。他说：“用天子的命令召臣子，应当不等征召就要去，何况是天子的诏命呢？而且李傕、郭汜是奸乱小人，樊稠是平庸无用的人，没有别的什么远大的谋略，又势力相等，变乱必定发生。我乘他们的不备，突然行动，那大事就可以成功了。”当下辞谢陶谦等人，奉诏入京任太仆。陶谦也只好作罢。
愤懑离世
同年，朱儁接替周忠为太尉，录尚书事。
兴平元年（194年）秋天，朱儁因日食而免职，又奉命代理骠骑将军职务，持节镇抚关东，但未出行。
兴平二年（195年）二月，李傕杀死樊稠，郭汜自疑，又与李傕相互攻杀，长安大乱。朱儁留京没有出行，任大司农。李傕劫持汉献帝到自己的营中，献帝命朱儁和太尉杨彪等十多人去说服郭汜，让他与李傕和解。郭汜不肯，扣留朱儁、杨彪等为人质。朱儁的性格刚猛，当日便过于愤怒发病而死。
人物评价
总评
朱儁镇压黄巾，手段过于血腥。但他不附董卓，明显其节，讽刺迁都，曲表其愤，欲乘傕、汜，更见其深谋远虑。对此，则应一分为二地给予评价。
历史评价
陶谦等：将军君侯，既文且武，应运而出，凡百君子，靡不颙颙。’故相率厉，简选精悍，堪能深入，直旨咸阳，多持资粮，足支半岁，谨同心腹，委之元帅。
虞翻：近故太尉上虞朱公，天姿聪亮，钦明神武，策无失谟，征无遗虑，是以天下义兵，思以为首。
范晔《后汉书》：①皇甫嵩、朱儁并以上将之略，受脤仓卒之时。及其功成师克，威声满天下。值弱主蒙尘，犷贼放命，斯诚叶公投袂之几，翟义鞠旅之日，故梁衍献规，山东连盟，而舍格天之大业，蹈匹夫之小谅，卒狼狈虎口。为智士笑。岂天之长斯乱也？何智勇之不终乎！前史晋平原华峤，称其父光禄大夫表，每言其祖魏太尉歆称“时人说皇甫嵩之不伐，汝豫之战，归功朱儁，张角之捷，本之于卢植，收名敛策，而己不有焉。盖功名者，世之所甚重也。诚能不争天下之所甚重，则怨祸不深矣”。如皇甫公之赴履危乱，而能终以归全者，其致不亦贵乎！故颜子愿不伐善为先，斯亦行身之要与！ ②黄妖冲发，嵩乃奋钺。孰是振旅，不居不伐。俊捷陈、颍，亦弭於越。
张预：孙子曰：“将能而君不御者，胜。”隽得假日月而破赵洪。又曰：“善攻者，敌不知其所守。”隽攻西南而掩东北。又曰：“围师必阙。”隽解围而降韩忠是也。
郝经：嵩儁有大将之略，昧匡时之几，遂为桀逆所制，不能以功名终。
李贽：呜呼，皇甫义真之不死于辈卓之手者，幸也；若朱隽者，不赴陶谦等倡议之招，而赴傕、汜，卒为汜所留，而死于郭汜之手。噫，何以异哉！
黄道周：郡贼梁龙，反于交趾。命隽往征，拜为刺史。调兵五千，不轻直抵。威德先扬，使其惊靡。七郡齐攻，自斩而死。再讨黄巾，赵洪正起。三月攻围，犹然对垒。有司召还，张温疏止。隽急进兵，洪方斩矣。韩忠据宛，复为虎兕。战败欲降，众以为喜。隽独不从，细陈底里。利则横行，钝则权已。长寇纵奸，最不可倚。解围斩之，功方足记。
王夫之：①朱儁曰：“秦项之际，民无定主，赏附以劝来者。”此后世之权术，不可与三代并论。……以黄巾之徧天下也，不数年而定，汉虽亡，不亡于黄巾之手，则朱儁之所持者定矣。 ②若燮者，托以六尺之孤，正色从容而镇危乱，植也、儁也、允也，智勇形而中藏浅，固不足以测燮之涯量矣。 ③但言才，则与志浮沈，与情张弛，一匹夫而已矣。……乃至朱儁、皇甫嵩之荡除黄巾而束缚于董卓。乱国之朝廷所倚赖，乱世之人心所属望，皆其不可与有为者也。 ④绍、术、瓒、表虽怀异志，而朱儁、曹操、刘虞、孙策，夫岂不可激厉入援以解天子之困厄。
蔡东藩：黄巾之平，皇甫嵩为首功，朱儁其次焉者也。朱儁与皇甫嵩齐名，而谋略不及皇甫嵩，颍川之役，微皇甫嵩，儁且一蹶不振矣；若汝南陈国之平贼，亦赖嵩为主帅，而儁得分功，至移讨宛城，两月不下，必待朝廷之督促，方苦心焦思，用谋破贼，然亦幸遇赵弘韩忠之犷悍无谋，乃得为儁所算耳。
后世地位
在北宋年间成书的《十七史百将传》中，朱儁位列其中。
个人作品
《全后汉文》有一篇《奏上灵怀皇后尊号》。
家庭成员
儿子：朱晧，有才行，官至豫章太守。
一说交州刺史朱符亦是朱儁之子，但因其为盗所杀、名声不佳，故《后汉书》等未有记载。
史料记载
《后汉书·卷七十一·皇甫嵩朱俊列传第六十一》
《十七史百将传·卷五》 、《资治通鉴》、《续后汉书》也有记载。
文学形象
在小说《三国演义》中，朱儁形象与正史相似。是汉车骑将军。黄巾造反时，为中郎将，引军讨伐。屡立功绩，迁车骑将军，河南尹。
后董卓余党李傕、郭汜乱政，掠夺公卿，朱隽对汉室衰微的状况感到悲哀，归家后即病逝。
