三公：丞相（帮助皇帝处理全国的政事）、太尉（负责管理军事）、御史大夫（执掌群臣奏章，下达皇帝召令，兼理国家监察事务）。
九卿：卫尉（掌管皇宫保卫）、郎中令（掌管警卫事务）、太仆（掌管宫廷车马）、廷尉（掌管司法诉讼）、典客（掌管外交事宜）、奉常（掌管宗庙礼仪）、宗正（掌管皇室内部事务）、少府（掌管山河湖海税收和制造业）、治粟内史（掌管财政税收）。
法律制度
秦始皇采用战国时期法家韩非的建议，以法治国，秦帝国制定的法律十分细密、严苛，是秦始皇加强皇权、巩固中央集权政治体制的工具。秦法对于秦王朝雷厉风行的推行各种巩固中央集权的措施发挥过重要作用，但同时也给人民带来了极大的苦难。
秦朝沿袭了商周时代的很多酷刑。据文献记载，刑罚有膑（剜去膝盖），刖（锯脚），宫，榜掠，腰斩，枭首，弃市，戳尸，坑死，凿颠，抽胁，镬烹，车裂，夷三族等。当时的中原地区古人多儒雅仁义，社会是宗族形式结构，不具备法治统治的基础。秦尊韩非的以法治国，这就造成了作奸犯科的人大增，面对条条酷刑，人们怨声载道，这也是加剧秦朝灭亡的另一个不可忽视的重要原因。
统治一个大国，需要全国一致而又比较完备的法律制度。出土的云梦秦简提供了自秦孝公至秦始皇时期陆续修成的秦律的部分内容，其中有刑律的律文和解释，有名目繁多的其他律文，还有案例和关于治狱的法律文书（见云梦秦律）。秦始皇统一六国以后，以秦律为基础，参照六国律，制定了全境通行的法律。秦律经过汉朝的损益，成为唐以前历代法律的蓝本。
郡县制度
秦始皇二十六年（公元前221年），丞相王绾请封诸皇子为燕、齐、楚王，得到群臣的赞同。 廷尉李斯力排众议，主张废除分封诸侯的制度，全面推行郡县制度。 秦始皇接受了李斯的建议， 把全国分成三十六郡，以后又陆续增设至四十余郡。 皇室任免郡县的主要官吏，这些郡完全由中央和皇帝控制，是中央政府辖下的地方行政单位。中央集权的制度从此确立。秦始皇二十八年（公元前219年）的峄山刻石辞说：“追念乱世，分土建邦，以开争理”；“乃今皇家，壹家天下，兵不复起” 。 这说明秦始皇认为废分封行郡县是消除各地兵争所必须的。
郡，是中央政府辖下的地方行政单位，其组织机构与中央政府略同，设郡守、郡尉、郡监（监御史）。郡守，为一郡最高行政长官，掌全郡政务，直接受中央政府节制；郡尉，辅佐郡守，掌管全郡军事；郡监，掌监察工作。
郡以下设县或道。县是秦朝统治机构中关键的一级组织，是从中央到地方政府机构中具有相对独立性的一个单位。内地设县，边地少数民族地区设道。满万户以上的县设县令，不满万户的设县长。令、长为一县之首，掌全县政务，受郡守节制。县令下设尉、丞。尉，掌全县军事和治安；丞，为县令或县长的助手，掌全县司法。郡、县主要官吏由中央任免。
县以下设乡、里和亭。乡和里是行政机构，亭为治安组织。乡设三老、啬夫和游徼。三老掌教化，啬夫掌诉讼和税收，游徼掌治安。乡以下为里，是秦国最基层的行政单位。里设里正或里典，后代称里正、里魁，以“豪帅”即强有力者为之。其职能除与乡政权职能大体相同外，还有组织生产的任务。此外，还有司治安、禁盗贼的专门机构，叫做亭，亭有长。秦规定，两亭之间相隔十里，设亭长。亭遍布于城乡各要地。
秦朝创下的一套中央集权国家政治制度在以后中国社会的历史中，只有修修补补，基本框架不变。为了巩固统治。
军事
军队建制
维持一个大国的统一，还需要强大的军队。秦军以灭六国的余威，驻守全国，南北边塞，是屯兵的重点地区。秦制以铜虎符发兵，虎符剖半，右半由皇帝掌握，左半在领兵者之手，左右合符，才能调动军队。这是保证兵权在皇帝手中的重要制度。秦军是一支前所未有的巨大的震慑力量。发掘的秦始皇陵侧的兵马俑坑，估计其中两坑有武士俑七千件，战车百乘，战骑百匹。武士俑同真人一样高大，所持武器都是实物而非明器。这种车、步、骑兵混合编组的大型军阵，其规模之大，军容之盛，是秦军强大的表征。
秦朝的军队分三个部分，即京师兵、郡县兵、边防兵。京师兵，由于任务不同，分三个系统：郎中令管辖的侍卫官，包括贝（钱财）选、荫任、军功特拜而产生的传中、中郎等，有俸禄，主要负责殿内值勤、从皇帝：卫尉管辖的皇宫警卫兵，由郡尉县尉管辖。平时训练，并兼管地方安全，战时奉调出征、因所处地理环境的不同，又分为材官（步兵）、骑士（骑兵）、楼船士（水军）三类。大体北方、西北方多骑士，山丘陵地带多材官，江淮及沿海多楼船士。有的郡既有材官，又有骑士。
边防兵，指边郡骑士、材官、边郡屯兵和边塞皮卒。边郡骑士或材官，是本地服兵役的正卒。屯兵是集中驻扎的机动作战部队，由朝廷派遣的将军统率，如蒙恬曾长期领兵屯于上郡。戊卒包括轮番服役的各郡正卒和嫡发的官吏、商人及农民。除分散担任警戒、候望任务外，还构筑维修军事工程。兵种区分，秦军分为步兵（含弩兵）车兵骑兵和水兵种。步兵称材官，有轻装与重装之分，前者无甲，持弓、弩远射兵器；后者上体着甲，持戈、矛、戟之类长兵器。着甲持弓、弩者称驾兵，是步兵的主力。车兵仍然装备单辕双轮四马木质车，每车3人，皆着盔甲，御者居中，甲士2人分立两侧，持戈矛类长兵器。骑兵称骑士，着短甲，执弓箭，所乘之马有鞍，无鞍蹬。水军称楼船士，具有一定规模。秦始皇陵兵马低坑的布阵表明，步兵数量较多，是主要兵种，车兵仍是重要作战力量，骑兵尚处于从属地位，弯兵且智较大辞容。作战中，车、骑、步、驾大休混编列阵，配合而行。
秦军兵器
在那些英武的兵马俑身上，可以看到2000多年前秦国军队的磅礴气势。在冷兵器时代，战争的两大要素一是军队，二是兵器。在秦统一六国中，武器的胜出是攻城掠地必不可少的因素之一。
秦兵马俑坑出土的武器绝大多数是青铜兵器，约达4万余件。铁兵器数量极少，总共只有铁矛1件，铁镞1件，铁铤铜镞2件，出土的铁质兵器仅占俑坑出土兵器总数的万分之一。这说明战国中晚期后，虽然铁器已在农业生产中广泛使用，但由于武器对铁质的要求过高，依照当时的冶铁水平，还处在块炼铁和生铸铁的阶段，这两种铁的硬度和强度均不够，不宜大规模制作兵器。而青铜在当时使用已经非常广泛，故秦人大量使用改良合金配比的青铜兵器，把中国青铜冶炼工艺推向了一个新的里程碑。
秦军的兵器无论品质或是生产力都比前代有长足的提升，几乎囊括了当时盛行兵器的所有种类，既有以往常见的戈、矛、戟、剑、弩、殳、钺和铜镞等，也有首次发现的长铍和金（吴）钩。有些兵器上还有完整的铭文。按其功能可分三类：第一类是短兵器，有剑、金钩；第二类是长柄兵器，有矛、戈、戟、钺、殳、铍等；第三类是远射程兵器，有弩、弓等。这些兵器都是铸造成型。它们的主要成分是铜、锡、铅，另外还有微量的镍、镁、铝、锌、铁、硅、锰、钛等元素。
古人在长期的青铜冶炼实践中，直观地认识了合金成分、性能和用途之间的关系，总结出了“六齐”规律。所谓“六齐”，是对于六类不同的青铜器物采用六种不同的铜、锡配比。对此，战国末期齐国人所著的《考工记》中关于“六齐”的记述，是世界上最早的合金配比规律的科学总结。人类第一次通过自觉地控制铜、锡成分配比，获得了性能各异并且适合于不同用途的合金材料。从出土的兵马俑各种青铜兵器的合金比分析，与《考工记》中的“六齐”配比基本相符。说明秦国在当时已非常懂得吸收与利用他人的长处为己所用，并把这种配比规范化，如俑坑中出土的青铜剑，含锡量均在18%－21%之间，很接近中碳钢调质处理后的硬度。…
