1789年，法国大革命把人们的焦点引向了欧洲大陆。纳尔逊一直同情在他家乡的农民的遭遇。随着战争威胁的升级，纳尔逊受命指挥阿伽门农号，后又调往Chatham号。
1793年1月，路易十六被处死，这使战争已不可避免。
阿伽门农号归属胡德勋爵的地中海舰队。1794年，纳尔逊正忙于执行封锁和围攻土伦的任务。在围攻科西嘉岛的Calvi时，一发炮弹打在他面前，飞来的弹片和碎石打瞎了他的右眼。不久，Hotham海军中将接替胡德任地中海舰队司令。阿伽门农号参加了与法军的战斗，纳尔逊俘获了Ca Ira号。但他并不满足Hotham的命令，并请求采取进一步行动，但Hotham却满足于现状而没有采纳他的建议。在地中海舰队划归杰维斯海军上将前，纳尔逊执行Hotham的命令，封锁法国南部海岸。
杰维斯指挥很灵活，允许他的部下依据情况自己采取一些行动，使他的部下更加主动。杰维斯是个纪律严明的人，他做事从不拖拉，对不称职的部下决不留情。他注意到了纳尔逊的热情，并利用自己的影响使纳尔逊提前晋升海军准将，这样纳尔逊就可以指挥一支独立的小规模分舰队。
1797年2月14日，英国地中海舰队（15艘主力舰）在大西洋圣文森特角同西班牙舰队（27艘主力舰）遭遇，展开一场激战（圣文森特角海战）。在这次战斗中纳尔逊果断采取行动，违抗杰维斯的命令，支身脱离队形冲向西班牙舰队，拦住其去路，并且率舰勇敢的逼近敌舰，两次率兵冲上敌舰与敌人展开肉搏。纳尔逊的行动为英国舰队取得最后胜利起了决定性作用。此战后，纳尔逊被晋升为海军少将，获得了勋爵封号。
1797年7月，纳尔逊在进攻西属加那利群岛的特拉里夫岛时，因右肘中弹而失去了整条右臂。
1798年初，康复后的分胤舰队，担任地中海分舰队司令。同年8月1日夜，他率部突袭了泊于阿布基尔湾的法国舰队，大获全胜。被英王加封为男爵。
1800年底，沙皇俄国、瑞典和丹麦组成武装中立同盟，共同对付英国。为瓦解它们，在1801年3月，帕克海军上将率53艘战舰组成的舰队驶入厄勒海峡。同年4月2日，纳 尔逊率一支分舰队向丹麦舰队发起进攻。战斗初期，由于丹麦舰队有组织的抵抗，英军受到重创，帕克命他战斗，但纳尔逊不予理睬，继续进攻，在英国战舰的猛烈打击下，丹麦舰队损失惨重，被迫投降。纳尔逊乘胜追击，将瑞典舰队和俄国舰队也赶跑。彻底摧毁了三国同盟。纳尔逊因功被受予子爵，并接替帕克，升任波罗的海舰队司令。
1803年5月，纳尔逊出任地中海舰队司令，以对付法西联合舰队。1805年10月19日，法西联合舰队驶离西班牙加的斯港，企图通过直布罗陀海峡前往地中海，配合拿破仑在意大利的军事行动。这时，纳尔逊已等候在加的斯以西的特拉法加海域。10月21日拂煦，19世纪规模最大的一场海战——特拉法加海战开始了。参战的法西联合舰队有战舰33艘，英国舰队有战舰27艘。他指挥的地中海舰队，摒弃传统的战列线战术，采取分队穿插的机动战术(称为“纳尔逊战法”)。战斗在下午4时许结束，英国舰队获胜，法西联合舰队33艘战舰中，8艘被击沉，12艘被俘，人员死伤和被俘达7000余人。英国战舰无一损失，仅伤亡1600余人。但不幸的是，在战斗中，纳尔逊被法舰“敬畏”号上的步枪手击中身亡，年仅47岁。
纳尔逊在长达35年的海军生涯中，长期漂泊在大洋上，身经大小战斗不下百余次。
他作战英勇顽强，在军事上敢于破除旧教条，突破传统的战略战术原则，善于在战斗中发挥独创和主动精神，这也就是他所说的“纳尔逊风格”。
作为最为人津津乐道的不列颠民族英雄，他与威灵顿，丘吉尔齐名，是英国历史上的三大英雄之一。
人物精神
尽管失去了纳尔逊这位领袖，但英国皇家海军却一代代地传承着“纳尔逊精神”。1811年3月13日，在利萨海战中，霍斯特上校率领一支4艘战舰的英国分遣舰队被数量两倍于己的法国、意大利联合舰队包围。危急关头，霍斯特在旗舰上打出旗语“记住纳尔逊”，让英舰士气大振，一鼓作气打垮了联合舰队。
在特拉法尔加之战后的100年，1905年，崇拜纳尔逊的日本联合舰队司令东乡平八郎命令他的旗舰三笠号战列舰升起当年纳尔逊在特拉法尔加海战中曾经升起的Z字旗，指挥拥有4艘战列舰的舰队一举摧毁了拥有7艘战列舰的俄国太平洋第二舰队。这在当年的日本海军曾经传为佳话。
人物影响
英雄色彩
纳尔逊被认为是杰出的海军军人及军事家，在英国
军事史上与马尔博罗公爵及威灵顿公爵齐名。他与属下建立深厚友谊、战略大胆得宜、屡次带领英国胜出重要海战，化解危机，并为此先后失去右眼、右臂、甚至赔上自己的性命，因而被不少人视为英雄人物。他的英雄色彩更启发后世的德意志帝国及日本帝国，藉以唤起爱国情绪。不过，受到他与艾玛的婚外情影响，纳尔逊的英雄色彩其实在19世纪初年一度遭人淡忘，但随着维多利亚时代的历史学者慢慢隐去这段历史，他的英雄主义色彩和爱国精神在19世纪中叶开始被发扬光大，其中，为纪念1805年特拉法加战役而建的伦敦特拉法加广场，就要到1843年方告竣工。此后，纳尔逊成为了大英帝国及其海上霸权的其中一个重要象征，并一直持续至第一次世界大战为止。当中，英国1894年成立的海军联盟就大力鼓吹纳尔逊的英雄色彩，并自1896年起定10月21日为特拉法加日，以纪念纳尔逊。英联邦不少地区至今仍庆祝这个节日。
敬重和爱戴
在第一次世界大战期间，不少英国人曾期望英国将诞生第二位纳尔逊，带领英国重演特拉法加战役一幕，但是这个希望落空了，而英国在战后也开始失去长久以来的海上霸权。虽然如此，纳尔逊仍然受到英国人的敬重和爱戴，他在特拉法加战役中的旗舰HMS胜利号在1920年代获得重修和永久安置，他与艾玛的风流韵事更在1941年被亚历山大·柯达爵士拍成电影，而BBC于2002年举办的最伟大的100名英国人投票中，纳尔逊位列第九，反映出他在英国人心目中仍享崇高地位。但有意见认为，纳尔逊本身也不是完美无缺的军事天才，他虽然精于海战战术，但是航海经验不算特别突出，而从他在那不勒斯的经历，亦反映出他欠缺政治手腕，再加上他的风流韵事，使他不单止被舆论赞美过，也曾被责备过和嘲弄过，各种评论的差异使他具一定的争议性。
铜像
在今天，伦敦特拉法尔加广场上还矗立着纳尔逊的铜像，他在特拉法儿加战役中的旗舰胜利号也在为保护船体不被压坏而将主炮更换为木质模型之后，永久陈列在特拉法尔加广场上，以供后人参观。
个人生活
失败的感情
纳尔逊早年有过两次失败的感情关系。在1782年9月，纳尔逊于魁北克执行任务时，与一名陆军军官的女儿堕入爱河，但两人的感情关系相当短促，双方未有再进一步的发展。在1783年年尾，纳尔逊曾与友人到法国圣奥默尔计划学习法文，但法文没有学成，时间却主要花在追求一名叫伊莉莎伯·安德鲁斯（Elizabeth Andrews）的女子。伊莉莎伯的父亲在英国任职教会事工，当时正在圣奥默尔工干，不过纳尔逊没有钱，伊莉莎伯也不愿嫁给他，故这段关系也是无疾而终。
一直到1785年初，纳尔逊在西印度群岛地区的尼维斯岛逗留时，邂逅守寡少妇法兰西斯·“芬尼”·尼斯贝（1761年5月－1831年5月6日）。法兰西斯本名法兰西斯·伍尔沃德，父亲威廉·伍尔沃德在尼维斯岛任职法官。法兰西斯于1779年下嫁任职医生的约书亚·尼斯贝，两人育有一名同叫约书亚的儿子，可是法兰西斯的丈夫在1781年到访伦敦时突然去世，留下法兰西斯独自守寡，并寄住于亲戚在尼维斯岛的大农场。…
