三月十七日，农民起义军围攻京城。十八日晚，崇祯帝与贴身太监王承恩登上煤山（也称万寿山，今北京景山），远望着城外和彰义门一带的连天烽火，只是哀声长叹，徘徊无语。李自成军攻入北京。太监王廉急告皇帝，崇祯帝在宫中饮酒长叹：“苦我民尔！”太监张殷劝皇帝投降，被一剑刺死。崇祯帝命人分送太子、永王、定王到勋戚周奎、田弘遇家。回宫后写下诏书，命成国公朱纯臣统领诸军和辅助太子朱慈烺。又命周皇后、袁贵妃和3个儿子入宫，简单叮嘱了儿子们几句，命太监将他们分别送往外戚家避藏。他又哭着对周皇后说：“你是国母，理应殉国。”周皇后也哭着说：“妾跟从你18年，陛下没有听过妾一句话，以致有今日。现在陛下命妾死，妾怎么敢不死?”说完解带自缢而亡。崇祯帝转身对袁贵妃说：“你也随皇后去吧!”袁贵妃哭着拜别，也自缢。崇祯帝又召来15岁的长平公主，流着泪说：“你为什么要降生到帝王家来啊!”说完左袖遮脸，右手拔出刀来砍中了她的左臂，接着又砍伤她的右肩，她昏死了过去。 同时也挥剑刺死了自己年仅六岁的么女—昭仁公主。
崇祯帝又砍死了妃嫔数人，并命令左右去催懿安张皇后自尽。懿安张皇后隔帘对朱由检拜了几拜，自缢身亡。十九日凌晨，李自成起义军从彰义门杀入北京城。然后崇祯帝手执三眼枪与数十名太监骑马出东华门，被乱箭所阻，再跑到齐化门（朝阳门），成国公朱纯臣闭门不纳，后转向安定门，此地守军已经星散，大门深锁，太监以利斧亦无法劈开。三月十九日拂晓，大火四起，重返皇宫，城外已经是火光映天。此时天色将明，崇祯帝在前殿鸣钟召集百官，却无一人前来，崇祯帝说：“诸臣误朕也，国君死社稷，二百七十七年之天下，一旦弃之，皆为奸臣所误，以至于此。”最后在景山歪脖树上自缢身亡，死时光着左脚，右脚穿着一只红鞋。时年33岁。身边仅有提督太监王承恩陪同。
上吊死前于蓝色袍服上大书：
“朕自登基十七年，虽朕薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣误朕，致逆贼直逼京师。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。”
甲申国难
诸臣惊闻这一变故，大学士范景文及其妻妾，户部尚书倪元璐与他的一家十三口人，左都御史李邦华，副都御史施邦昭，大理寺卿凌义渠，兵部右侍郎王家彦，刑部右侍郎孟兆祥与其妻何氏儿子孟章明，儿媳万氏，左谕德马世奇并其妾朱氏、李氏、左中允刘理顺并其妻万氏、妾李氏及儿子、奴仆婢女满门共十八人，太长寺少卿吴麟征，左庶子周凤翔与他的两个妾，检讨汪伟与他的妻子耿氏，户部给事中吴甘来，御史王章，御史陈良谟与其妾时氏，御史陈纯德、赵馔，太仆寺丞申佳允，吏部员外许直，兵部郎中成德并母张氏、妻张氏及子，兵部员外金铉并母章氏、妾王氏及弟錝，光禄寺署丞于腾蛟并妻，新乐侯刘文炳并祖母与弟，左都督文耀及妹、子孙男女共十六人，驸马巩永固并乐安公主及子女五人，惠安伯张庆臻并阖门男女，宣城伯卫时春并阖家，锦衣卫都指挥王国兴，锦衣卫指挥同知李若珪，锦衣卫千户高文采并一家十七人，顺天府知事陈贞达，副兵马司姚成，中书舍人宋天显、滕之所、阮文贵，经历张应选，阳和卫经历毛维、张儒士、张世禧并二子，百户王某，顺天府学教官五人，俱失其姓名，长州生员许琰，俱死之。诸臣死难，惟孟兆祥守正阳门，死于门下。王章、赵撰骂敌而死。范景文、申佳允、刘文炳、卫时春赴井，金铉、滕之所、阮文贵、张应选投御河，施邦曜饮药，凌义渠扼吭，巩永固及乐安公主、张庆臻自焚。其余皆投环自缢而死。
三月二十一日崇祯帝尸体被发现，大顺军将崇祯帝与周皇后的尸棺移出宫禁，在东华门示众，“诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，余皆睥睨过之。” ，梓宫暂厝在紫禁城北面的河边。当地平民又将他合葬在田贵妃墓中。清军入关后．将他移葬思陵。
明朝在中国北方的统治处于崩溃边缘。之后，南方明朝势力于南京拥立福王朱由崧建立南明政权。
身后之名
南明朱由崧大臣张慎言初议崇祯帝之庙谥号为烈宗敏皇帝，顾锡畴议庙号干宗或乾宗 。但不被采用。最终在崇祯十七年（1644年）六月定先帝谥号为绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝，庙号思宗，弘光元年二月丙子改上庙号毅宗 。唐王朱聿键谥为威宗。
顺治十六年十一月（1659年），开始谥为怀宗，后以“兴朝谥前代之君，礼不称，数不称宗”为由，去怀宗庙号，改谥庄烈愍皇帝，清代史书多简称为“庄烈帝”。
思陵神主题为：大明钦天守道敏毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝，当为清代所加谥号的全谥。
另有书作守道敬俭宽文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝或果毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝， 改庙号钦宗 等，又有作庙号烈宗 或敬宗 ，谥号正皇帝 。
为政举措
政治
参见：魏忠贤擅政
天启帝临死前叮嘱崇祯帝说，魏忠贤“恪谨忠贞，可计大事”。 当时，魏忠贤以司礼秉笔太监提督东厂。魏忠贤的亲信田尔耕为锦衣卫提督，崔呈秀为兵部尚书。朝廷内外遍布魏忠贤的死党。
崇祯帝即位后，魏忠贤不敢公然加害崇祯帝。崇祯帝在入宫当天，一夜未眠，取来宦官身上的佩剑以防身，又牢记皇嫂张皇后的告诫，不吃宫中的食物，只吃袖中私藏的麦饼。
崇祯像天启帝一样，优待魏忠贤和客氏，一面将信王府中的待奉宦官和宫女逐渐带到宫中，以保证自己的安全。魏忠贤始终无法猜透朱由检的心思，于是送一些美女给崇祯帝。崇祯帝不好色，对美色毫无兴趣。但怕引起魏忠贤的疑心，崇祯帝将送来的4名女子全部留下，仔细搜身，发现4名女子的裙带顶端，都系着一颗细小的药丸，宫中称为“迷魂香”，实际上是一种能自然挥发的春药。
魏忠贤一计不成，另生一计，就派一个小太监坐在宫中的复壁内，手中持“迷魂香”，使室中自然氤氲着一种奇异的幽香，以达到催情的效果。这一招，同样被崇祯帝识破。 崇祯帝对此大发感叹：“皇考、皇兄皆为此误矣！”
魏忠贤干脆采用更露骨的试探方式。一些无耻的臣工们仍然不停地上疏，为魏忠贤大唱颂歌。崇祯帝读这些奏疏的时候，总是“且阅且笑”。魏忠贤向皇帝上了一道《久抱建祠之愧疏》，向皇帝请求停止为他建造生祠。崇祯帝的批复不温不火：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。 ”这种顺水推舟之举，抑止了朝野上下对魏忠贤的崇拜，又不致引起魏忠贤的恼怒。
崇祯帝还不断嘉奖魏忠贤、王休乾、崔启秀等人。自然，崇祯帝等候时机，暗暗设法削弱魏忠贤的影响力。
当时朝廷中的大臣们，都在寻思保全自己的良策，有投机的，有不动声色的，有冒死直谏的。最后倒魏，竟然首先是由魏忠贤的党羽发动的。天启七年（1627年）十月十三日（农历），御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀，却美化“厂臣”魏忠贤——“呈秀毫无益于厂臣，而且若厂臣所累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪，厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿。”
崔呈秀在魏忠贤将门下号称“五虎”之一，是魏忠贤的得力干将。而且，由于是魏忠贤的亲信，崔呈秀的儿子崔铎虽然目不识丁，居然中了进士。除去崔呈秀，等于断了魏忠贤一臂。朱由检免除崔呈秀兵部尚书一职，令他回乡守制。这掀开了倒魏的大幕。
官员们弹劾魏忠贤的奏疏接二连三地出现。崇祯帝一直不动声色，任由臣工们攻击魏忠贤的浪潮一波胜过一波，中间还得面对魏忠贤的哭诉。十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏，列举魏忠贤的十大罪状：一、并帝；二、蔑后；三、弄兵；四、无二祖列宗；五、克削藩封；六、无圣；七、滥爵；八、掩边政、；九、伤民财；十、亵名器。
钱嘉征此疏的十条罪名大都可以坐实
。于是，崇祯帝立即开始行动，召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读钱嘉征的奏疏。魏忠贤“震恐伤魄”，立即去找他的赌友——原信王府太监徐应元，讨教对策。徐应元劝魏忠贤辞去爵位，也许可以保富贵。次日，魏忠贤请求引疾辞爵，得到崇祯帝的允许。 …
