在地方，阿克巴时期将全国分为 15 个省（苏巴）：孟加拉、奥里萨、比哈尔、 阿拉哈巴德、阿瓦德、阿格拉、马拉瓦、坎德什、贝拉尔、古贾拉特、阿吉 摩尔、木尔坦、德里、拉合尔、喀布尔。
政治
中央集权
莫卧儿帝国实行中央集权制。皇帝自称是“真主在大地上的影子”，集政治、军事、经济、法律和宗教大权于一身。中央设大臣会议决定国策，下设4个大臣分管财政、军事、工商业和宗教司法。莫卧儿帝国通过阿克巴的内政改革，建立了君主专制的中央集权的军事官僚政治体制。此外，还有私人秘书等重要官员。仍保留宰相“瓦齐尔”的职位，但无实权。
莫卧儿帝国的行政制度实行军事化。从阿克巴开始，将所有文武官吏分为38级，按军事方式编制，其俸禄按品级高低领有大小不等的贾吉尔──军事封建领地。
官制等级
莫卧儿的官员分33级，凡为帝国提供军役服务的政府官员都有一个级别，即曼萨卜，而得到这个级别的官员称曼萨卜达尔，级别的高低以指挥多少骑兵区分，从最低" 十夫长 " 到最高 " 万夫长 " ，七千以上的官阶仅限于王室成员。官阶实行终身制，儿子不能继承。每个级别的官阶都有一份固定的薪水，而实际上各级曼萨卜达尔被分配相应的扎吉尔封地，以地税代替薪水。曼萨卜达尔实际提供的骑兵数目与其官阶应统辖的人数不一定相等。曼萨卜达尔的任命、升迁与解职没有形成制度，而完全取决于皇帝的意志。把官员编入军籍，对整顿吏治，实行封建专制主义统治有一定的作用。
土地制度
莫卧儿时期有3种土地占有形式，即直属国王的封建
领地、贾吉尔达尔的非世袭领地──贾吉尔和柴明达尔制度的世袭领地。直属国王的封建领地约占全国耕地的1/2，主要在德里和亚格拉地区。其收入主要用于维持皇室、宫廷官员和卫队。
贾吉尔制度早在德里苏丹国家时期就已实施，那时称“伊克塔”。16～17世纪中叶，贾吉尔成为莫卧儿印度土地占有的基本形式。在查罕杰统治时，贾吉尔约占全国耕地的70%，贾吉尔的持有者称贾吉尔达尔。17世纪中叶，莫卧儿印度共有8210个贾吉尔达尔，分上中下三层，分布全国各地，上层68个，由王子和贵族组成，中层587个，下层7555个。他们彼此之间无隶属关系。贾吉尔达尔对其贾吉尔没有所有权，只有征收规定的田赋和名义上非法实际上合法的各种杂税的权利。贾吉尔达尔持有贾吉尔必须以服军役为条件。
贾吉尔是非世袭的，甚至是非终身的。但是到奥朗则布统治时期，贾吉尔同柴明达尔制领地渐趋一致。
司法制度
阿克巴时期实行伊斯兰教法和世俗法相结合的制度，规定司法系统独立，中央大法官任命各省法官。凡死刑判决必须由皇帝批准，案件断决必须重证据，禁止官员徇私枉法。宣布自己为伊斯兰教法的最高解释者。
军事
在征服过程中，开国皇帝巴布尔以12,000人的部队打败了印度
的10万大军。巴布尔接着攻取德里，并在大清真寺的礼拜仪式上，宣布为“印度斯坦皇帝”，以阿格拉为新首都，建立莫卧儿帝国，也结束了德里苏丹国在印度320年的统治。1527年，莫卧儿军队与以梅瓦尔的拉那·桑伽为首的拉其普特同盟在亚格拉以西的坎奴村进行决战，拉其普特同盟战败。
沙贾汗统治时期，加强中央集权，扩建军队， 莫卧儿帝国变成了一个大的军事机器，军事贵族和军队的数量扩大了几乎四倍，这样造成了农民负担的急剧增加。尽管如此，在沙贾汗统治期间，莫卧儿帝国仍在财源不足的情况下再次扩张。
经济
农业
实行新的税收制度，采取改进农业技术、扩大经济作物种植面积、增加水利灌溉等措施发展农业。 莫卧儿社会仍以农业经济为主，农业中商品生产扩大，出现商品粮和棉花、生丝、蓝靛、烟草等经济作物的专业化产区，产品远销欧亚市场。
手工业
莫卧儿时期的手工业十分发达，主要手工业生产的技术水平超过当时欧洲大陆的先进国家。手工业生产的主要形式是封建制经济的作坊和家庭手工业，大型官营作坊的优质产品主要为满足宫廷和贵族奢侈生活的需要，其次才供出口。在一些港口城市，包买商通过预付款项、提供原料并收购其产品等手段来控制手工业者的小型作坊的生产，但尚未出现先进的工场手工业。
商业
商品经济的发展促使商业和外贸的发展。16—18世纪印度的一些主要城市虽仍是封建统治的政治中心和贵族的消费基地，但已开始起着工商业中心的作用。德里、阿格拉、拉合尔、阿默达巴德的城市规模可与当时北京、巴黎、伦敦相比。活跃的商业贸易逐步打破了各地区的闭塞隔绝状态。沿着陆路和水路商道形成许多区域性的国内市场。孟加拉和古吉拉特则是对外贸易最发达的地区，商船往来欧亚非各地及中国。商品经济和货币交换的发展促使商人资本的兴起。拥有雄厚货币资本的钱商在各大城市开设钱庄、银行，经营存放款业务。发行期票和汇票。财力雄厚的班尼亚商人种姓充当皇室、贵族及官方的御用商人和财政金融经纪人。但印度这时期的商业资本尚未转化为资本主义性质的产业资本。
文化
文学
莫卧尔帝国时，一位名叫图西尔·达斯的人用印地语改写了史诗《罗摩衍那》，有利于梵文古典作品的保留与传播。历史著作有巴布尔写的《自传》，用突厥文写成。由阿卜杜拉欣大汗译为波斯文。此外还有巴道尼写的《历史选集》，尼查姆·乌德·丁写的《阿克巴通史》，都用波斯文写成。
艺术
莫卧儿帝国的第二代王胡马雍、第三代王阿克巴、第四代王贾汉杰等人，都是莫卧儿帝国艺术的倡导者和鉴赏家。1549年，王朝邀请波斯的宫廷画家来到印度，开始了莫卧儿绘画的创作。伊朗绘画后期画风的透视法、远近法、阴影法等表现方法都被吸收应用，以描绘宫廷生活、花鸟、肖像、战争等深受喜爱的题材。阿克巴时代，画家们从伊朗和印度艺术的折衷法中吸收西洋画法并使之印度化。贾汉杰王非常重视绘画，促使莫卧儿绘画由阿克巴时代的自然主义描写转向了以冷静观察为基础的现实主义风格，形成了优美与纤细相结合的一种画风。
宗教
采用怀柔和亲的政策对待土著王公贵族。选用官员上改变原来仅由突厥人、阿富汗人与波斯人担任高级官吏的传统，择用信奉印度教本地人。阿克巴还娶土著公主为皇后，扩大国家统治的基础。调和国内部宗教矛盾，对非穆斯林采用宽容政策，废除对非穆斯林的人头税。允许印度教徒恢复先前的信仰。对印度的寡妇殉夫、杀婴、童婚、神灵裁判等都加以禁止，鼓励寡妇再婚。沙贾汗时期改变阿克巴时的宗教宽容政策，对印度教徒歧视、迫害，尤其反对天主教，不允许兴建教堂。
建筑
莫卧儿皇帝们的富有和豪华条件，创造了建筑艺术的宏大气魄和包容印度、波斯、土耳其的综合风格。阿克巴作为京城建筑的法提普尔·西克里城，这就使印度教和伊斯兰教构思融汇的典范。泰姬·玛哈尔陵、红堡，以及克什米尔的莫卧儿花园、加尔各答附近的平交尔花园，都表现了很高的审美观念。由于阿克巴时期信仰自由的成长，印度教信徒的传统式的庙宇建筑有所发展。被沙贾汗毁坏了的麦特拉的比尔·辛格庙最为著名。德干地区的建筑艺术成就，比如贾普尔的果尔·刚巴兹的屋顶，比罗马万神殿的屋顶还要大。
外交
波斯人的萨法维王朝与莫卧儿帝国的相互往来，可以追溯到两国的开国君主。早在1510年12月，伊司马仪一世在木鹿击溃乌兹别克的昔班尼·汗时，被萨法维军队解救出的战俘中，就有喀布尔统治者扎希尔丁·穆罕默德·巴布尔的妹妹，这个巴布尔即是后来印度莫卧儿帝国的开国皇帝。伊司马仪一世热情接待了这位公主，并且将其送回巴布尔处，这便是萨法维朝廷和莫卧儿帝国之间友好关系的开端。 …
