交战失利
公元27年（建武三年）春，邓禹率部至湖县（今陕西潼关东），邀冯异共同迎战赤眉军。冯异认为赤眉军尚强，应放其过去，东西夹击才能获胜。邓禹及其部将车骑将军邓弘邀功心切，急于迎战。邓弘率部与赤眉军大战整日，赤眉军佯败弃辎重退走，车上尽装泥土，仅用豆子覆盖在表面，邓弘军士卒争相取食。赤眉军乘机还军猛攻，邓弘军大败。邓禹、冯异合兵救之，赤眉军退。禹复战，大败，死伤3000余人，只带24骑逃归宜阳。冯异亦被击败，弃战马徒步逃出，退至回豁阪（位于湖县西），坚壁自守。
邓禹因此战失利，引咎交上大司徒﹑梁侯印绶。数月后，拜右将军。
晚年生活
公元28年（建武四年）春，邓禹与复汉将军邓晔﹑辅汉将军于匡在邓击败延岑，邓禹追至武当，再破其军，延岑逃往汉中，其众皆降。
公元37年（建武十三年），天下平定，刘秀加封功臣，封邓禹为高密侯，食邑高密﹑昌安﹑夷安﹑淳于四县。光武帝因邓禹功高，又封其弟邓宽为明亲侯。后来左右将军的职衔撤销了，按特进朝见皇帝。邓禹内尚文明，行为忠厚淳朴而且周密，服事母亲非常孝顺。天下已经平定，常常想疏远名势。有子女十三人，让他们各掌握一门技艺。整饬家规，教养子孙，都可以成为后世的楷模。一切用度都取之于封地赋税，不修私产不谋私利。因此刘秀更加尊重他。
公元56年（中元元年），再代理司徒职务。从帝巡视山东，到泰山筑坛祭天。
刘庄即位后，因邓禹是先帝元勋，拜为太傅，朝见时令他东向站立尊如宾客，甚见尊宠。居岁余，卧病，刘庄几次亲临问候。
公元58年（永平元年），邓禹去世，享年五十七岁。谥曰元侯。
人物评价
总评
《后汉书》中，邓禹与寇恂同列一传，并评价道：
历代评价
刘秀：深执忠孝，与朕谋谟帷幄，决胜千里。……斩将破军，平定山西，功效尤著。
司马炎：昔邓禹挠于关中，而终辅汉室，岂以一眚而掩大德哉！
葛洪：邓禹马援田间诸生，而善於用兵；萧何曹参不涉经诰，而优於宰辅，尔则知人果未易也。
伏滔：“邓禹卓茂无敌于天下，管幼安不胜庞公，庞士元不推华子鱼，何邓二尚书独步于魏朝，乐令无对于晋世。”
萧绎：邓禹文学，尚或执戈；葛洪书生，且云破贼。
姚思廉：昔邓禹基于文学，杜预出自儒雅，卒致军功，名著前代。
李世民：汉光武得邓禹，门人益亲。今我有玄龄，犹禹也。
虞世南：汉祖之臣，三杰是也；光武之佐，二十八将是也。岂得以邓禹、吴汉匹於张良、韩信者乎？
张仲宣：汉有二十八将者，上应二十八宿也，或以文雅光国，邓禹有决胜之奇；或以武能威人，吴汉有绥边之略。功论树下，冯异之绩弥彰；冰结河中，王霸之诚尤著。
苏辙：禹本计不失，而帝不能用，禹亦迫于君命，不能自固耳。
何去非：昔日汉武帝被命更始，安集河北，始于邓禹于徒步之中。恃之以为萧何者，以其言足以就大计，其智足以定大业，且非群臣之等夷也。遂以西方之事委之，而禹亦能胜所属任，所向就功。赤眉之入长安，诸将豪杰皆欲击之。禹以其乘新胜之强，财富锋锐，然盗贼群臣，无他远计，必生变故。而吾众虽多，战胜者少，又乏资馈，难与力争而可以计破也。且将休兵北道，以观其弊。于是别军北趋栒邑，以就粮养士，盖将有以骄而怠之，然后取之也。此禹之计得矣，光武极欲天下之集，而缓其为计与功也，遂迫以进讨。禹无以专制，乃以其兵去栒邑，击赤眉果不能守，西守扶风。禹虽得入关中，然卒饥干敝，无足以制贼者，是以赤眉复还入之。禹无以抗，乃不胜其忿悁，而数以惫兵徼战，至于屡北，仅以身免，声威功烈一朝沮丧。此知所以骄而怠人之术矣，惜其为气与度者不足以持守之，是以一愤而不能复举也。
陈亮：起身徒步，仗策军门，一见光武，遂论霸王大略，陈天下之计，此其胸中有过人者矣。连兵西讨，所当者破，既定河北，复平关中，威声响震，敌人破胆。
徐钧：久从游学识英雄，杖策南来见略同。首建雄谋恢汉业，云台端合议元功。
陈元靓：赤伏兴王，南阳受命。于时仲华，以贤佐圣。内参鼎铉，外执戎柄。建武功臣，于斯为盛。
朱元璋：太公韬略，当宏一统之规。邓禹功名，特立诸侯之上。
叶居升：世间奇才，罕有如颜回、耿弇、邓禹者，固未可拘于常法。
归有光：光武承王莽之乱，奋迹南阳，恢复旧物，则有邓禹、吴汉、贾复、寇恂、马援、冯异、岑彭、来歙之徒宣其力。
王夫之：赤眉之弃长安、西走安定，非邓禹之力能驱之也，食尽而旁掠，固不以安定为终焉之计，而必返乎长安。邓禹不乘其有可溃之势，蹑其后以蹙之，而入长安晏坐以待其归，河决癕溃，容可御乎？于是退之云阳，士气已馁，而还攻之于坚城之下，其败宜矣。故善用兵者，知时而已。赤眉食尽，引兵东归，时毕乎昔，则唯扼之于险而可制其死命。禹乃违光武之令，就关内而与争，何昔之怯而今之忿也！
屈大均：汉唐以来善兵者率多书生，若张良、赵充国、邓禹、马援、诸葛孔明、周瑜、鲁肃、杜预、李靖、虞允文之流，莫不沉酣六经，翩翩文雅，其出奇制胜如风雨之飘忽，如鬼神之变怪。
李景星：光武之有邓禹，犹高帝之有张良也；其有寇恂，犹高帝之有萧何也。大业之成，于二人深有赖焉。……至于野战之事，非禹所长，虽有败衄，不足为累。
后世地位
公元60年（永平三年）
，汉明帝命人绘二十八功臣像，挂于南宫云台，其中邓禹名列第一。
公元782年（唐建中三年），礼仪使颜真卿向唐德宗建议，追封古代名将六十四人，并为他们设庙享奠，当中就包括“后汉太傅高密侯邓禹”。
公元1123年（北宋宣和五年），宋室依照唐代惯例，为古代名将设庙，七十二位名将中亦包括邓禹。
北宋年间成书的《十七史百将传》中，邓禹位列其中。
公元1388年（明洪武二十一年），明太祖取古今功臣三十七人配享历代帝王庙，其中后汉时期的大臣只有邓禹、冯异。
家庭成员
儿子
邓禹有十三个儿子，《后汉书》记载的有五人：
孙子
邓干（邓乾），邓震之子，侍中、高密侯，尚沁水公主，曾因巫蛊案被废除爵位。
邓藩（邓籓），邓袭之子，侍中、昌安侯。尚平皋公主。 籓
邓良，邓珍之子，夷安侯。
邓康，邓珍之子，太仆、夷安侯，谥号义侯。
邓骘，邓训之子，大将军，上蔡侯，后含冤自杀。
邓京，邓训之子，黄门侍郎。
邓悝，邓训之子，城门校尉，叶侯。
邓弘，邓训之子，虎贲中郎将，西平侯。
邓阊，邓训之子，侍中，西华侯。
邓绥，邓训之女，和帝皇后。
曾孙
邓成，邓干之子，高密侯。
邓凤，邓骘之子，自杀。
邓广德，邓弘之子，西平侯。
邓甫德，邓弘之子，开封令，都乡侯。
邓珍，邓京之子，黄门侍郎、阳安侯。
邓广宗，邓悝之子，叶侯，自杀。
邓忠，邓阊之子，西华侯，自杀。
邓香，车骑将军、安阳侯，桓帝邓皇后之父。
邓豹，河南尹，自杀。
邓遵，度辽将军、舞阳侯，自杀。
邓畅，将作大匠，自杀。
玄孙
邓褒，邓成之子，少府、高密侯，尚舞阴公主。
邓嗣，邓豹之子，屯骑校尉。
邓演，邓香之子，特进、南顿侯。
邓猛女，邓香之女，桓帝皇后。
邓万世，邓遵之子，河南尹、南乡侯。
来孙
邓某
邓昌
后裔
邓芝，蜀汉车骑将军。
邓飏，曹魏侍中、尚书。
墓葬纪念
邓禹墓位于河南济源御驾村西200米处，冢高8米，呈圆形，直径16米，占地约3亩；冢上有一柏树，直径1米许；墓前有一碑，高1.4米，宽0.8米，厚0.2米，碑文楷书：“汉先贤仲华邓禹之墓，康熙二十四年知济源县令尤应选立。”墓冢在文革时期取土挖去一部分。
艺术形象
民间形象
连丽如评书《东汉演义》中，邓禹是严子陵的徒弟，曾随刘秀到长安参加武举，在校场刀劈苏天宝。后为汉军军师，位列云台三十六将，星号角木蛟。…
