1940年8月1日，马君武因胃穿孔症医治无效，在桂林雁山校区病逝，享年60岁。此时，距他第三次担任广西大学校长不足一年。 据马君武的二儿子马卫之回忆：在重回广西大学的短暂一年中，父亲的健康状况每况愈下，胃病像阴影-般一直没有离开过他。“有一天深夜，父亲胃部剧痛，我只得去叩邻近医生的家门，请求医生来家急诊。当时正值抗战中期，桂林的医药条件很差，只能服用些止痛的药，第二天，父亲又抱病回校上班。”
逝世后
马君武去世后，蒋介石发来唁电：“惊闻马君武先生遽捐馆舍，无恁怆悼。先生耆贤，文化先驱，未睹中兴，突殒下寿，感教泽之在人，定流传于久远。”白崇禧、孔祥熙、戴传贤、张发奎、陈立夫、朱家骅等军政要人都发来了唁电。 中共方面，周恩来为马君武送来挽词：“一代宗师”；朱德、彭德怀送的挽词是“教泽在人”。
国民党中央决议由国民政府明令褒扬，发给治丧费5000元，生平事迹交国史馆，特派委员黄旭初代表致祭，举行了隆重悼念仪式。
一位亲历当时送葬的学生回忆道：“西大(广西大学简称)至雁山脚下，一里多路，沿途笼罩着哀伤，人们肃立路旁，供奉水果、香烛，伴着泪水，伴着无尽的思念。2000多人，西大的学生，马君武的亲友，生前好友，行列蜿蜒，护送马先生的灵柩。”从那时起，马君武长眠桂林雁山脚下，已经整整70年。
马君武以其改造中国的封建教育体制、力推现代高等教育的理念奠定了他在中国近代教育史上的地位，与主张“思想自由，兼容并包”理念的北京大学校长蔡元培一起被时人誉为“北蔡南马 “。
他在广西大学的颇多建树，即使在今天看来，也有许多方面值得借鉴。 而对广西大学一代又一代师生来说，马君武自然是他们永远怀念的老校长。每年清明节，广西大学的师生代表都会到马君武的墓前献花扫墓。从2002年起，纪念活动又增加了一个特别的仪式——发放“马君武及夫人马周素芳奖学金”，这是马君武的儿子马保之、马卫之为纪念父母而设立的。
到1949年，广西大学发展成为拥有文教、法商、理、工、农等5个学院，下设22个系和4个专修科，在国内有较大影响的综合性大学。1952年，毛泽东主席亲笔题写了校名。
勇武校长
马君武与孙中山
当年，马君武之所以毅然与改良派康有为、梁启超“分道扬镳”，真诚追随孙中山走民主革命道路，主要在于他
与孙中山在民主革命思想上的志同道合。马君武是一位有抱负、有志气的热血青年。他处在我国封建社会日趋没落、解体的历史转折时期，目睹清王朝昏庸黑暗，萌发了挽救祖国于沉沦的爱国思想，在探索救国的革命道路中，起初他对康有为、梁启超的变法维新思想很欣赏，曾醉心于康有为的“大同”之学，时1900年，时年19岁马君武亲自前往新加坡找到康有为，当面向他请教救国之计。1901年冬,马君武在友人资助下，怀着寻求真理的夙愿，远渡重洋，到日本留学。当时的日本恰兴起民主革命思潮，留学生及华侨的反帝爱国活动也很活跃。马君武在日本攻读自然科学的同时，努力阅读西方有关介绍社会主义和民主共和思想的著作，受到鼓舞和振奋，增强了参与政治的意识。1902年9月，马君武在日本横滨大同学校读书时，经日本志士官崎民藏介绍,谒见其时寓居横滨的孙中山先生,，人彻夜长谈，一个广东人，一个广西人，方言不通，便用英语对话。马君武从孙中山那里听到许多民主共和、救国救民的革命道理，受到启发和引导,表示要摆脱康有为、梁启超维新派的思想影响，矢志革命。
与宋教仁
若为民国知识分子的勇武好斗排个座次，马君武想必位于前列。其多次“当众斗殴”的记载，屡屡散见于各类野史稗抄里。
辛亥革命爆发后，马君武以广西代表身份赴南京，参与起草临时政府组织大纲，旋即任南京临时政府实业部次长。其时，革命党人将袁世凯视为可以争取的势力，黄兴、孙中山先后致电袁世凯，提出保证说:若袁世凯能逼清帝退位，赞成共和，中华民国大总统“以功以能，首推袁氏”。1912年2月15日，南京政府正式推举袁世凯为临时大总统，同时提出三项条件：首都必须定在南京；袁世凯必须来南京宣誓就职；必须遵守《中华民国临时约法》。但是，心怀叵测的袁世凯久久不来南京就职，南京政府只好特派蔡元培、宋教仁等人为专使，北上迎袁世凯南下就职。
2月27日，蔡元培、宋教仁一行抵达北京，袁世凯一面以极其隆重的礼节迎接，一面采用段芝贵的计谋，唆使曹锟第三镇军队发动兵变。
29日晚，北京城突然枪声大作，火光烛天，蔡元培等人仓皇避入东交民巷六国饭店。袁世凯就势电告南京，要平息兵变，必须坐镇北京。专使回到南京，向临时政府成员报告北上情况，提议取消袁世凯南下的要求，准许其在北京就职。与会者听取报告后，都主张由陆军总长黄兴统兵北上，仍以迎袁世凯为名，趁机扫荡北洋军阀及封建专制余毒。
这时，蔡元培持重不语，宋教仁则说:统兵北上，并非儿戏，津浦路上我方兵力只能到达徐州，直鲁两省均为北洋重兵驻守，我方若出兵，北洋岂肯轻易放过？势必引起战争。宋教仁的话还未说定，马君武就大声呵斥道:“你为袁世凯作说客，出卖南京！”照着宋教仁的脸上就是一拳，宋教仁的左眼顿时受伤出血。
孙中山立即呵斥马君武。
“你太粗莽，须向教仁赔礼。”马君武听命，上前要与宋教仁握手道歉。宋教仁说:“我眼痛，不好伸手。”孙中山又说:“此事关系重大，改日再商议。”于是大家相继退出总统府。
黄兴送宋教仁回公馆，一再安慰他。宋教仁说:“马君武粗暴，我知道，但说我出卖南京，岂
有此理！”黄兴说:“君武有口无心，孙先生教他认错，当面赔礼，革命党人说了算了，不必计较。”宋在医院躺了大半个月，伤口才“勉强愈合”。
1917年初，国会讨论对德宣战，马君武为反战之中坚，但“政学系”骨干李肇甫却赞成对德宣战。马君武勃然大怒，大喝道：“放狗屁！”说罢举杖绕桌追打李肇甫。
即便是在对诗赏月的风雅场合，马君武也难脱勇武之气。一次“南社”对诗，马君武被苏曼殊的诗“噎”得半天说不出话，“转羞为怒，急起，奋拳欲殴曼殊”。苏诗人竟“茫然不知所措”，幸亏众人劝住。
但了解那段历史的人都说，马君武虽“性烈”，却有其“烈”的道理。他曾经是孙中山的秘书长，又是同盟会章程八位起草者之一。辛亥革命后，历任南京临时政府实业部次长、北京临时执政府司法总长、教育总长等，实为国民党元老级人物。
一代宗师
马君武是民国时期著名的学者。他懂得英、法、德、日四国文字，精通数学、物理、化学、冶金、生物、农业等自然科学，对政治、经济、哲学、历史等社会科学也有研究。1901年翻译了《法兰西革命史》，19 l 8年翻译了卢梭的《民约论》，1919年他第一个翻译出版了达尔文的《物种原始》(即《物种起源》。此后，他还翻译出版达尔文的《人类原始及类择》、赫克尔的《自然创造史》，并写了《达尔文》一书，系统地介绍达尔文的学说。他对自然科学知识的传播，也不遗余力。他在1 901年翻译出版《代数学》一书，两次留学德国期间又翻译和编写了《平面几何学》、《微分方程式》、《矿物学》、《植物学》等，其中有的被用做大中学校教科书。马君武也是一个爱国诗人，在20世纪初，他与诗人柳亚子、苏曼殊齐名。所写诗作多收人上海文明书局出版的《马君武诗集》中。《共产党宣言》的纲领，是他首次译成中文，刊登在《民报》上。他还是第一个翻译并出版达尔文《物种起源》的中国人。其时，有人开玩笑说，“马君武”对上“达尔文”，真是一副“绝世好联”。
1924年1月，孙中山在广州召开国民党第一次全国代表大会，改组国民党。马君武受居正、冯自由等国民党右派的影响，在章太炎领衔发表的《护国救国公函》上签名，反对国民党改组，反对“联俄、联共、扶助农工”三大政策。年11月，马君武出任上海大夏大学校长。当时，恰逢国立北京工业大学校长空缺，全校学生一致公议，要求教育部任命马君武为校长。他的学生回忆，马校长一到，“久不冒烟之实习工厂，亦浓烟冉冉升空；严冬冷寂之教室与图书馆，亦得有煤升炉取暖，全校员生振奋不已。”1926年1月，马君武出任段祺瑞执政府司法总长。同月召开的国民党第二次全国代表大会上，以违纪参加段祺瑞之善后会议为由，将马君武除名。此事对马君武影响较大。…
