乱的首领杜文秀、杨荣、蔡廷栋等被杀。载淳论功进行赏罚。 同月，两宫皇太后因为载淳将要亲政，下懿旨要求同治帝“祇承家法，讲求用人行政，毋荒典学”。下旨要内外臣工“公忠尽职，宏济艰难”。载淳正式亲政，下诏“恪遵慈训，敬天法祖，勤政爱民”。 六月，载淳到瀛台，日本大使副岛种臣、俄国大使倭良嘎哩、美国大使镂斐迪等在中南海紫光阁觐见载淳，并且呈递国书。 九月，载淳以方便太后颐养为名，实为自便，降旨兴修颐和园。修颐和园需银1000万两，木材一项，径七寸至四尺多，长一丈五到四丈八的楠柏陈黄松木要3000根。钱，因为镇压太平天国，各省款项支绌，当时西北左宗棠又正镇压回民起义，捐输和厘金全用在上面了，清政府的财力根本不允许再拿出这么多钱来修园。木材需从四川采集，但道光初年以来已经砍伐得差不多了，无从购觅，况且运输艰难万分。十月二日，御史沈淮上疏请求缓修，师傅李鸿藻与翰林院侍讲学士李文田也都上疏劝谏。载淳不听。回乱首领马文禄被清军所杀。载淳论功命左宗棠以陕甘总督协办大学士，其他各有封赏。 同治十三年（1874年）正月十九日，重修圆明园的工程正式开工。
早年崩逝
同治十三年（1874年）二月，日本以台湾高山族误杀琉球船民为借口，出兵台湾。三月，日军侵略台湾。五月，以慈禧皇太后万寿节，予在京旗官年60以上者恩赏。六月，命翁同龢直弘德殿。十一月，命内外奏牍呈两宫披览。晋慧妃为皇贵妃，珣嫔为珣妃。
十二月初五（公历1875年1月12日），载淳逝于养心殿，享年19岁。两宫太后召醇亲王奕譞的儿子载湉入承大统，为嗣皇帝。赐奕譞以亲王世袭罔替，并免朝会行礼。王大臣等以遗诏迎载湉于太平湖醇亲王邸，与慈安太后居钟粹宫；慈禧太后居住在长春宫；两宫太后垂帘听政。诏停三海工程。以第二年为光绪元年。上大行皇帝谥为“毅”，庙号穆宗，封皇后为嘉顺皇后，皇贵妃为敦宜皇贵妃。
为政举措
政治
同治朝遇上了难得的历史机遇：
在国内处于“太平天国”与“义和团”两次重大社会动荡之间，在国际处于英法联军与八国联军两次入侵之间，如同处在两次大风暴中间的缓冲期。同治之前的道光、咸丰，之后的光绪、宣统，都没有这样的有利条件。这就给同治朝实行新政提供了难得的机遇。
日本明治维新也正在此时。两宫太后垂帘听政、议政王奕主持政务，互相配合，推行新政。在奕集团的主持下，新政的主要措施是：成立总理衙门、设立同文馆、办新式学校、派人出洋、办厂开矿、修筑铁路等，实行学习西方近代化举措，开始走向开放、进步。
全称为总理各国通商事务衙门，
一般称作“总理各国事务衙门”，于咸丰十一年（1861年）一月二十日正式批准成立。它的实际职能是总揽新政的中央政府机构，是面对世界局势、完全创新的机构。实际上它相当于清廷的内阁兼外交部。这是两千年来第一个专门处理外事的中央机构。
总理衙门下设独立公所，计有英、法、俄、美和海防五股等机构。 最初清政府设立总理衙门时，又在其下设三口通商大臣，驻天津，管理天津、牛庄（后改营口）、登州（后改烟台）三口与外通商事务。同治九年（1870年），同治帝将其改为北洋通商大臣，管理北方直隶（约今河北）、山东、奉天三省对外通商、交涉事务，兼办海防和其他洋务，驻天津。
同治十二年（1873年）正月，载淳亲政，时年18岁。他亲政时，诏“恪遵
慈训”，就是要遵守圣母的懿旨。他亲政后也办了些事，如在西苑紫光阁会见日本国大使副岛种臣、俄国大使倭良嘎里、美国大使镂斐迪、英国大使威妥玛、法国大使热福理、荷兰国大使费果荪，并接受他们呈递国书。同治亲政只有一年多的时间，他亲自主持经办的一件大事就是重修圆明园。
慈禧退帘后，想到宫外游冶愉悦，回忆起当年的圆明园生活，她懿旨重修圆明园。这是重大的工程，至少要花几千万两白银。九月，载淳发布上谕：兴修圆明园以为两宫太后居住和皇帝听政之所，让王公以下京内外大小官员量力捐修。朝廷震动，反对重修圆明园。七月十八日，恭亲王奕訢、大学士文祥等十人（三位亲王郡王、三位御前大臣、三位军机大臣、一位师傅）联衔疏奏，请停止圆明园工程。两宫太后见事情闹大，只好出面调解。谕修葺西苑三海工程。
军事
主词条：洋务运动
曾国藩、李鸿章、左宗棠等在上海、南京、福州相继办
起了近代军工厂，多聘请洋员充当技术指导。这就是所谓的“洋务运动”。 同治三年（1864年），清政府才开办大型兵工厂，计有江南制造局、金陵制造局、福州船政局、天津机器局、西安机器局等20余个。而规模大、有典型性的为江南、金陵、福州、天津、汉阳等几个兵工厂。
江南制造总局。是由曾国藩规划，后由李鸿章实际负责的一个规模最大的军事工业。同治四年（1865年），李鸿章委托海关道员丁日昌买下设立在虹口的美商旗记铁工厂，把上海、苏州两个洋炮局搬至上海，成立了大型军事工业制造局。同治六年（1867年），曾国藩主张在该厂制造轮船，又在上海海关拨出两成关税，为造船经费之用。
开办外国语学校、实业学堂、近代军事学校、派遣留学生等。同治朝新式学校最早者是京师同文馆。从京师八旗子弟中选出10名学生，教员则由英国教士包尔腾担任。同文馆除了聘请洋人教授外语，还请徐树琳教授儒家经典。
同治朝开设的新式学校，还有江南制造局附设的机械学堂、福州船政局附设的船政学堂等。福州船政学堂又称“求是堂艺局”，是同治五年（1866年）由左宗棠主持福州船政局时附设。这所学校是近代较早开设的一所以学习自然科学为主的新式学校，同时又有军事学校的性质，以培养海军和造船人才为目的之一。
同治十一年（1872年），首批30名“幼童”奔
赴美国留学，史称“幼童出洋”。这些留学归国的青年，后来逐步成为中国政界、军界、学界、工商界等方面的知名人物和科技骨干，为中国近代建设做出了贡献。据不完全统计：从事行政和外交者24人，其中成为领事、代办者12人，外交次长、公使2人，成为总长者1人，内阁总理1人；加入海军者20人，其中成为海军将领者14人；从事教育者5人，其中成为大学校长者2人；从事实业者30人，其中成为工矿负责人者9人、工程师6人、铁路局长3人等。
外交
主词条：中法战争、牡丹社事件
第一，同治处理了一些外交事务。同治十二年（1873年）六月十三日，他在紫光阁接见日本特派大使。之后，俄国、美国、英国、荷兰等国公使向他递交了国书。
第二，同治十二年（1873年）十二月，应越南国王要求，载淳派遣两广总督瑞麟帮助越南抗法。
第三，由于台湾高山族人误杀漂流到台湾的琉球人，日本以此为借口侵略台湾。同治十三年（1874年）三月二十九日，载淳派福建船政大臣沈葆桢赴台湾部署防务，少年载淳写字想抵御日本侵略。后来通过谈判，订立《北京专款》，日本撤出台湾，清政府赔偿白银50万两。要是说载淳在外交方面还算做了点事的话，那么内政方面他就什么成绩都没有。要说有，那就是他制造了麻烦。
西方国家两次破门而入，清朝才被迫开门
而出。中国走向世界，世界也走向中国。清朝向西洋考察，开始于同治五年（1866年）。同治五年（1866年）正月二十一日，斌椿率三名同文馆的学生及自己的儿子广英（为照顾其父同行），离京从上海乘轮船出洋，经过一个月零八天的航程，到达法国马赛。他在欧洲游历110多天，访问了法国、英国、荷兰、丹麦、瑞典、芬兰、俄国、普鲁士、挪威、比利时等国，于九月十八日回到北京。斌椿写出《乘槎笔记》，第一次记录下亲眼所见诸如火车、轮船、电报、电梯、机器印刷、蒸汽机、摄影、起重机、抽水机、显微镜、幻灯机、纺织厂、兵工厂等。还第一次参观并记述了欧洲博览会、芭蕾舞、大英博物馆、国家议院、近代报社、高等学院，以及法国的凡尔赛宫、凯旋门等。他看到了西方近代的科技与文明。…
