熊廷弼刚刚部署完毕，王化贞又相信间谍的话，突然发兵袭击海州，不久又退了回来。廷弼于是上书说：“抚臣进兵，到现在已经五次了。部队屡进屡退，敌人早看透了我方的计谋，我的虚名也因轻易出兵而受到损伤。希望陛下明确指示抚臣，对自己的行为慎重些，不要给敌人嘲笑了。”王化贞看到他的上书很不高兴，飞章上奏，为自己辩解，并且说：“我请求给我六万兵，我保证把敌人一举荡平。就是不如意，也一定能做到死伤相等，使敌人一蹶不振，管保它不再成为河西之忧！”并请准许他便宜行事。
当时叶向高掌了大权，他是王化贞成进士时的主考官，很偏向王化贞。等王化贞请求把后金军一举荡平时，熊廷弼上书说：“就请按抚臣约定的办吧，应及早罢掉我的官以便于鼓舞士气。”
这个时候，中外都知道经略、巡抚两人不和，一定会坏了边疆的大事，大臣们的奏章天天讨论此事。而张鹤鸣笃信王化贞，于是想把熊廷弼拿掉。
广宁惨败
天启二年（1622年）正月，员外郎徐大化顺承其意弹劾熊廷弼大言欺世，嫉能妒功，不罢免他必将有害于辽地战事。他们的奏章一并被发给各部，张鹤鸣于是召集大臣们讨论。说把熊廷弼撤职的有几个人，其余大多主张让二人各尽其职，共谋成功。正好后金军这时逼近西平，就停止了争议，仍然兼用他们两人，责令他们共同努力，功罪一体。
没过多久，西平之围吃紧。王化贞相信中军孙得功的计策，发动了广宁的全部兵力，让孙得功和祖大寿前往和祁秉忠会合，然后向前去作战。熊廷弼也传令刘渠拔营赴援。正月二十二日在平阳桥遭遇后金军，刚刚交锋，孙得功和参将鲍承先等领头逃跑，镇武、闾阳的兵力于是也被打败，刘渠、祁秉忠在沙岭战死，祖大寿逃往觉华岛去了。西平守将罗一贯待援不至，与参将黑云鹤也战死。熊廷弼当时已离开右屯，驻军闾阳。参议邢慎言劝他紧急救援广宁，却被佥事韩初命阻挠，于是熊廷弼撤退了回来。当时后金军在沙岭停下来不再向前来。
王化贞平常把孙得功看作心腹，而孙得功已偷偷地投降了后金，他想活捉王化贞作为自己的功劳，就诈称后金军已到城边。城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住。王化贞正关起门办理军书，毫无所知。参将江朝栋推门闯进来，王化贞大声训斥他。江朝栋大声喊道：“事情危险了，请你快走！”王化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。在大凌河遇上了熊廷弼，熊廷弼微笑着说：“六万军队就可以把敌人一举荡平，到头来怎么样呢？”
王化贞感到惭愧，建议驻守宁远和前屯。熊廷弼说：“已经晚了。现在只有保护老百姓入关去！”于是把自己所领的五千人交由王化贞来殿后，把全部积蓄都放火烧了。正月二十六日熊廷弼和韩初命一起护送难民入得关来，王化贞、高出、胡嘉栋也先后入关，只有高邦佐自杀而死。孙得功率领广宁城的叛将把后金军迎入广宁时，王化贞逃跑已有两天时间。后金军追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊。张鹤鸣害怕了，自请前往察看军队。
传首九边
天启二年（1622年）二月，朝廷逮捕了王化贞，罢了熊廷弼的官，让他听候查考。四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，熊廷弼、王化贞都判了死刑。后来快到行刑时，熊廷弼让汪文言用四万两金子贿赂内廷请缓期执行，后来却违背了四万金的许诺。
魏忠贤大为恼恨，发誓要尽快杀掉熊廷弼。等杨涟等被捕下狱，就诬蔑他曾受过熊廷弼的贿赂，以此加重熊廷弼的罪行。过后，巡捕抓到市民蒋应旸，说他和廷弼的儿子出入监狱内外，阴谋叵测。魏忠贤越发想尽早杀掉熊廷弼，他的党羽门克新、郭兴治、石三畏、卓迈等就迎合他的意思不断催促。恰好冯铨也曾对廷弼失望过，与顾秉谦等在讲筵上侍讲时，就拿出集市上刊印的《辽东传》向明熹宗诬陷廷弼说：“这是熊廷弼自己写的，是他想为自己开脱罪名。”
明熹宗恼了，于是在天启五年（1625年）八月把廷弼杀了，将他的首级在北方的九处军镇辗转示众。后来，御史梁梦环说廷弼侵盗军费十七万两。御史刘徽说熊廷弼家产值百万两银子，应该没收了充作军费。魏忠贤便矫诏命令严加追赃，熊廷弼家全部资财不够，连亲戚、本家都被查抄。东夏知县王尔玉向熊廷弼的儿子勒索貂裘、珍玩，得不到，就要打人。熊廷弼的长子熊兆珪自杀身亡，熊兆珪的母亲喊冤，尔玉就扒掉她两个丫环的衣裳，打了她们四十板。无论远近知道这件事的人无不叹息、愤恨。
始得昭雪
崇祯元年（1628年），明思宗下诏书停止追赃。那年秋天，工部主事徐尔一上书诉说熊廷弼的冤屈，说：“当年广宁兵十三万，粮草百万担，全都交由化贞管理。廷弼只有五千名援辽部队，驻守在右屯，距离广宁只四十里。化贞忽然之间同三四百万辽民一下子都败退下来，廷弼只五千人，不一起败退就够了，还能指望他屹然不动，坚壁固守吗？廷弼的罪在哪里呢？我请为他平反昭雪，用以激励有苦劳的大臣！”明思宗不同意。
崇祯二年（1629年）五月，大学士韩爌等上书说：“廷弼的尸骨至今不能拿回去安葬，根据国法是从来没有过的。”明思宗颁发诏书允许熊廷弼的儿子拿他的首级回去安葬，谥号襄愍。
主要成就
熊廷弼在辽东巡抚任期间督造军器，修缮城堡，调兵遣将扼守各冲要地点，互为应援，守备大固。他还亲巡沈阳、抚顺，相度形势，召置流移，安定民心。熊廷弼的策略是以守为主，反对浪战，并联合朝鲜牵制后金，卓有成效，使后金军一年多内不敢轻进。
历史评价
《明史》：①廷弼身长七尺，有胆知兵，善左右射。自按辽即持守边议，至是主守御益坚。然性刚负气，好谩骂，不为人下，物情以故不甚附。②惜乎廷弼以盖世之材，褊性取忌，功名显于辽，亦隳于辽。假使廷弼效死边城，义不反顾，岂不毅然节烈丈夫哉！广宁之失，罪由化贞，乃以门户曲杀廷弼，化贞稽诛者且数年。
朱童蒙：臣入辽时，士民垂泣而道，谓数十万生灵皆廷弼一人所留，其罪何可轻议？独是廷弼受知最深，蒲河之役，敌攻沈阳，策马趋救，何其壮也？及见官兵驽弱，遽尔乞骸以归，将置君恩何地？廷弼功在存辽，微劳虽有可纪；罪在负君，大义实无所逃。此则罪浮于功者矣。
刘一燝：①使廷弼在辽，当不至此。 ②廷弼守辽一年，奴酋未得大志。
韩爌：廷弼不取一金钱，不通一馈问，焦脣敝舌，争言大计。魏忠贤盗窃威福，士大夫靡然从风。廷弼以长系待决之人，屈曲则生，抗违则死，乃终不改其强直自遂之性，致独膺显戮，慷慨赴市，耿耿刚肠犹未尽泯。
计六奇：自辽事者，所用人鲜有胜任者。当时所望成功者，惟熊廷弼、袁崇焕、孙承宗。
夏允彝：自有辽事，所用人，鲜能有胜任者。当时所望成功，惟熊廷弼、袁崇焕、孙承宗为庶几；而武臣如刘綎、杜松、满桂、祖大寿、吴三桂，其最着也。
乾隆帝：①刘宗周、黄道周立朝守正，熊廷弼材优干济。②观至此为之动心欲泪；而彼之君若不闻，明欲不亡得乎？③熊廷弼为辽东经略时。抒诚效命。所奏诸疏。具见忠鲠。而其时主闇政昏。不惟不用其言。转致身罹重辟。深可悯恻。
汪荣宝：明自用兵以来，督师者如熊廷弼、袁崇焕、孙承宗辈，皆以盖世之才，能称其职；而诸将委身许国，效死不屈者亦前后相望。
蔡东藩：熊廷弼、孙承宗二人，为明季良将，令久于其位，何患乎满洲？廷弼可杀，承宗可罢，镇辽无人，满军自乘间而入。明之祸，满洲之福也。虽曰天命，宁非人事？
萧一山：熊廷弼、袁崇焕、孙承宗，皆以盖世之才，治辽事而有余，然或内毁于阉党，外罹于反间，不终其位。
学者阎崇年则认为熊廷弼第一次巡佐辽东有功，第二次有功，第三次则有功、有过。他虽被委以重任，其三方布阵的构思也曾经被认同，而实际上根本无法实施，即使没有王化贞扯后腿，广宁（今辽宁省北宁市）之失也是必然的结果。当时广宁虽然失守，但后金军尚未到达广宁，仅有叛将孙得功哗变，“守御之具甚备，即贼至城下，未必可攻而入也。”以熊廷弼在军中威信，又有一支可靠的兵马，应是可镇压乱兵。再者，即使广宁确定已不可守，如王化贞所言，守卫宁前（宁远、前屯），后金兵力有限，无力深入，整个辽东也未必沦陷。但熊廷弼只是看王化贞闹笑话，将物资一律烧毁，引导数十万军民退守山海关，却没有进行最后的广宁保卫战，于是金兵不费一兵一卒占领辽东，成为后来魏党杀熊廷弼的一大口实。 …
