下台流亡
1979年9月19日深夜，法国突击队发动政变并宣布推翻博卡萨。达科已经成立了新政府。达科废黜了皇帝，把中非帝国改为中非共和国。人民群众推倒了博卡萨的塑像，嘻嘻哈哈
的孩子们拉着皇帝的御车满街乱跑。昔日耀武扬威的博卡萨皇帝变成了一个令人讨厌的流亡者：他想从利比亚飞往瑞士，瑞士政府不但拒绝接纳，而且在回电中对他严辞痛斥；他想去法国，法国政府不愿接受；想去比利时，比利时婉言推托；加蓬、多哥、扎伊尔等国都表示对他不感兴趣。最后，经过私下再三说情，非洲的科特迪瓦总统博瓦尼同意收留他，但条件是他不能从事政治活动。
1979年9月24日，博卡萨带着26名随从人员登上一架DC8型飞机，向科特迪瓦飞去。在机上，博卡萨还在聊以自慰地说：“我去的是厄尔巴岛，不是圣赫勒拿岛，我还会回来的。”他说的厄尔巴岛是1814年拿破仑第一次退位被囚禁的地方。在那里，拿破仑只居住不到一年就重登帝位。圣赫勒拿岛则是拿破仑1815年第二次退位时被流放至死的处所。很清楚，皇冠落地的博卡萨还在幻想着卷土重来。
自投罗网
在科特迪瓦总统博瓦尼拒绝了中非总统达科关于引渡博卡萨的要求以后，中非法院1980年12月19日缺席判处博卡萨死刑。在科特迪瓦隐居期间，博卡萨的体重减轻了几公斤，他以往精心修饰的胡子也没有了。但他始终保持着昔日的威严和发号施令的举止。
1981年，法国总统吉斯卡尔·德斯坦和中非总统戴维·达科下台以后，博卡萨认为不会再有人反对他回国主宰中非的命运了，从而开始了半公开活动。博卡萨从被废黜的那天起，一直认为是德斯坦从中做了手脚才使他下台的。1981年11月25日，他致信法国新总统密特朗，请求他帮助搞清真相，洗刷他的“冤枉”。博卡萨1982年从科特迪瓦移居法国，住在巴黎郊区一所高级别墅里，由法国警察和密探“保护”着。
在这以后，他自费出版了他的自传，书名是《我的真理》。这本自传中有18页辱骂法国前总统吉斯卡尔·德斯坦的内容，因此德斯坦便向法院控告博卡萨犯有诽谤罪。1985年6月下旬，法院判决将未售出的8000多本《我的真理》强制焚毁。
1986年10月23日上午，在巴黎平平静静地生活了4年多的博卡萨突然出现在班吉的国际机场上，使法国和中非当局大吃一惊，这完全出乎人们的意料。那么，他是如何从法国人的眼皮底下逃出并安全抵达中非的呢？10月22日下午一点多钟，博卡萨和他的妻子阿赛玛及5个孩子分乘两辆小轿车，在他的朋友带领下，趁法国警方麻痹之机，顺利地越过国境线到达比利时首都布鲁塞尔，然后从这里乘飞机到罗马。深夜，他们从这里搭乘一架经班吉飞往刚果首都布拉柴维尔的非洲航空公司的飞机，踏上了返回中非的航程。博卡萨一家都坐在经济舱里。他在飞机上一声不响，十分平静。但他很快就被一些乘客认出来了。一位机组成员马上悄悄地走进驾驶舱，告诉了正副驾驶员；两位坐在一等舱里的刚果高级官员闻讯也吃惊地来向博卡萨打招呼。但没有任何人向他提问题。23日凌晨5时，浓雾笼罩着班吉机场上空，飞机在空中盘旋“等候”了45分钟才降落。当博卡萨一行随着客流去出口处取行李时，候机室的人们认出了他。他们连声喊：“博卡萨回来了。”
机场负责人和一位法国军官从一群人中把博卡萨带到办公室。他妻子和5个孩子则被拒绝入境。45分钟后，阿塞玛母子登上去布拉柴维尔的飞机转返巴黎。博卡萨则被警察用车送入恩加拉贝监狱。博卡萨明知道他被判了死刑，但他为什么要冒险回国呢？有人分析大概有两个原因：一是他被法国前总统德斯坦的仇人欺骗，这些人企图通过博卡萨受审时的答辩把德斯坦推到被告席上(这也正是博本人所希望的)，同时也为难法国现政府；二是博卡萨要澄清事实，他认为他在中非的朋友会保护他，“过去和他相处一直很好”的现总统科林巴不会杀掉他，法国不愿事情闹大，也会暗中帮他的忙。无怪乎博卡萨打道回乡前，还给法国总统密特朗和总理希拉克留下这样一封短信：当你们打开信时，我已离开法国，“作为一名自由的、受人尊敬的公民返回祖国”。署名更令人可笑：“博卡萨一世”。
亡命巴黎的博卡萨自投罗网后，穿上了中非犯人穿的羊毛色无口袋衫和棉布裤。一个月后的11月26日，博卡萨终于被押上了审判台，中非共和国对他进行了第一次审判。从12月15日开始，博卡萨公开受审。由于他恶贯满盈，对他的审判，自然引起了中非国内外人士的广泛关注。受理审判博卡萨的是中非刑事法院，地点设在中非首都班吉法院的大厅内。审讯按起诉的14条罪行逐一进行。15日开庭那天，出庭作证的有60多人，听众约有200人。法庭内由中非士兵看守，他们手持短枪或长枪，每个人的脸都绷得紧紧的；门口和四周皆由常驻中非的法国士兵把守，其人数比希望前来一睹博卡萨“风采”的观众还多。大厅内外的气氛十分紧张。审讯只涉及1974年至1979年之间的案件。站在法庭被告席上的博卡萨声称他愿意回答对他的指控，以洗刷他的“耻辱”，恢复中非的“名誉”。因此，他在审讯过程中百般抵赖，企图把罪责全部推给他当时的下属。
但是，到他第三次受审问时，就明显流露出失望情绪了。特别是当前总统达科、前首相亨利·迈杜、前私人法律顾问以及受害者家属200多人先后到庭作证，揭露他在14年统治期间践踏法律和民主，犯下一桩桩杀人罪和侵吞国家财产罪时，这位曾经煊赫一时无法无天的君主先是犯了健忘症，说这也不知道，那也想不起来，后来不得不承认他犯有同谋杀人罪、迫害学生罪和侵吞国家财产等罪行。
1987年6月12日，代表中非人民意志的中非刑事法院根据国家刑法的规定，最后驳回了辩护律师的抗辩，宣判博卡萨死刑，并罚款600万非洲法郎(约合2万美元)，没收其价值约30亿非洲法郎的财产，以赔偿国家和受害者家属的损失。1988年2月29日，中非共和国总统科林巴宣布法令，将博卡萨的死刑减为终身劳役。 中非法院于1980年12月19日经过5天的缺席审判后，判处博卡萨死刑。他的那些靠巧取豪夺得来的大量加冕饰物亦被没收，收归国有。
被控罪行
其被控罪行有侵吞国家、滥肆残杀、藏匿尸体、戕害儿童和吃人肉等。博卡萨曾以公款购买300辆高级轿车和在国内外的25幢别墅。一名前厨师在法庭作证说，博卡萨下令将政治反对派人物切成肉片做成煎饼供他夜间食用。厨师甚至指控博卡萨命他拿人肉招待外宾。
法庭发出一项逮捕博卡萨的国际通缉令，并下令没收他的全部财产。由于博卡萨致函法国新总统密特朗，请求密特朗帮助他返回中非。科特迪瓦总统博瓦尼认定博卡萨未履行协定，因此下令立刻驱逐博卡萨出境。博卡萨于1982年重回法国，定居在巴黎以西约40公里处的一座别墅。由于中非总统达科下台，科林巴将军当上了新总统，因此博卡萨认为时机已到，开始考虑叛变之事。
博卡萨22日傍晚携同妻子和五个子女从法国驾车越境到达布鲁塞尔。午夜，搭乘一架航班飞机去罗马。在1986年10月23日搭机潜返中非共和国首都班基，博卡萨所持护照以及妻子护照上填的皆为化名，随即被保安人员发现并将博卡萨逮捕入狱。据了解，博卡萨原计划于中非10月24日国庆前夕潜回班基，网罗党羽并复辟帝制。
判处死刑
1987年6月6日被押回国内的博卡萨在班基法庭受审，被判处死刑。共有同谋杀人和侵吞国家财产等罪行，依法判处死刑，罚款600万非洲法郎，没收他总值达31.43亿非洲法郎的私人财产，并终身剥夺公民权。
1988年2月29日科林巴总统发布特赦令为他减刑，将死刑改为服终身苦役。博卡萨于1993年获释，在1996年11月2日因心脏病死于法国，卒年75岁。…
