邓知恩在日本历尽千辛万苦，终于找到了坚贞不屈、宁死不当妓女的阿枝，二人终成眷属。他们的重逢全靠了莞香。
慈禧太后对莞香的痴迷达到了令人发指的地步，她为了做一张床，竟下令征集六万斤香木！广东巡抚派人到寮步砍伐。易家香园里百年以上的香树被砍伐一空，只因天降大雾，麦耕又趁迷雾杀死很多官兵，这才保住了千年老香树。易存璞也被抓进官府，惨遭毒打。莫兰儿不明白，为什么紫禁城里的兰儿要害得大寮步的兰儿无法生存呢？
邓知恩带着阿枝终于回到了寮步镇。家庭的变故令阿枝悲痛欲绝，却又化解了麦耕的仇恨。易、麦两家重归于好。邓知恩这时已加入革命党，并安排几个神秘人物隐藏在易家躲避官府的追杀。一个姓黄的人使易存璞得到了有生以来最深刻的教育，他懂得了很多革命道理。易存璞毅然决定让儿子跟随革命党去推翻满清统治，走一条全新的人生道路。麦耕的儿子小宝也跟随黄先生走了。但是，易存璞也因藏匿革命党被逮捕，遭严刑拷打而奄奄一息。
就在易存璞生命的最后一刻，他看到了自家香园里遭慈禧太后下令砍伐的香树残桩上结出了最珍贵的沉香，他的脸贴在结出的香上死去了。
莫兰儿孤苦伶仃地与女儿相依为命，每天站在村头的大榕树下眺望着北方，等着儿子的归来，一年又一年……
辛亥革命成功了，满清朝廷被推翻，为革命立下悍马功劳的树恩和小宝终于回到了家乡。邓知恩和阿枝带着儿子们也回到家乡。经历了生离死别的亲们们团聚了。
千年老香树又开花了，它的苏醒象征着中华民族顽强的生命力，也象征着莞香不会消亡，必将再创辉煌。
