王耀武舅子孙鼎宸举家来港，每周必出席新亚书院的学术讲座，不仅每次必到，而且每次必录 。因其不惮絮烦记录详尽，积录成书，历次讲稿竟编为《新亚学术讲座》，“是为新亚有出版之第一书” 。1953年秋，新亚研究所成立，孙鼎宸入所学习，遵钱穆之嘱编《中国兵制史》一书，亦为新亚研究所诸生出书之第一部 。
1956年钱穆为新亚书院争取到美国方面每年2.5万美元的补助，解除了新亚书院的经济危机。
与港中大
1963年，香港政府邀请新亚书院、崇基书院、联合书院合并组成一所新大学——香港中文大学。中文不是语文的意思，而是文化之意。据说当时想了很多名字—中国大学，中华大学，最终还是钱穆坚持，“不如叫中文大学”。
钱穆还坚持必须由中国人担任校长，为此曾与港英政府斡旋良久，“（我）所争乃原则性者，他日物色校长人选，余决不参一议。”当时港英政府派来商议的英国人富尔敦，通粤语，读中国书，曾说钱穆“君心如石，不可转也。”当时，钱穆期待的是，自此中文在香港再不受轻视。
“山岩岩，海深深，地博厚，天高明，人之尊，心之灵，广大出胸襟，悠久见生成，珍重，珍重，这是我新亚精神。” 这首广为流传的《新亚校歌》，歌词是钱穆亲自写的。 “香港原来是殖民地社会，钱先生办了新亚，才有一个学校专门来研究中国文化、中国历史，这个影响很大。后来新亚成为香港中大的一部分，确实也有很重要的意义。”钱穆心心念念的，是中国在那个年代仍然无法统一，“他说作为中国人，我们怎么能不站在中国人的立场？”
当年新亚在三座书院中名声最大，港英政府十分倚重。钱穆提出的所有条件，几乎全被接受。除了校长由中国人担任，校名定为“中文大学”，他还与富尔敦约定，新亚研究所将成为香港中大“第一研究所”，并写入新大学创建法规中。
但香港中文大学成立后，钱穆称需要时间进行学术研究，露出倦勤迹象。另一方面，中文大学呈现集中发展的趋势，成员背景复杂，办校理念与钱穆主张应联合书院成立大学组织的想法相左，一时引发议论。钱穆多次请辞不成，只好向新亚书院请长假表态。1965年6月，钱穆正式辞去新亚书院校长之职，结束在香港办学16年的生涯。
个人作品
中国学术界尊其为“一代宗师”，更有学者谓其为中国最后一位士大夫、国学宗师。他一生写了1700多万字的史学和文化学著作，在国内外学术界有着很大的影响。
胡美琦及二三门人搜集、整理的一千七百万言之《钱宾四先生全集》三编（甲编：学术思想，乙编：史学，丙编：文化人生及其他杂著）五十四册，1998年由台北联经出版事业公司全部出版。
《清儒学案》全稿成后，被国立编译馆遗失，幸留有序目。钱穆论著主要有：
社会评价
陈寅恪：钱宾四（穆）《诸子系年》极精湛。时代全据《纪年》订《史记》之误，心得极多，至可佩服。（《积微翁回忆录》，上海古籍出版社，1986年，第82页。）
顾颉刚：钱宾四先生，在北大任历史讲席已越10年，学识渊博，议论宏通，极得学生欢迎。其著作亦均缜密谨严，蜚声学圃，实为今日国史界之第一人，刚敬之重之。
林语堂：钱先生学问精纯，思想疏通知远，文理密察，以细针密缕的功夫，作为平正笃实的文章。
唐君毅：钱先生自幼以中国读书人之本色，独立苦学，外绝声华，内无假借，30年来，学问局面一步开展一步，而一直与中国甲午战败以来之时代忧患共终始。
牟宗三： 钱先生在北大，课讲得很精彩，学生们都很欢迎他。讲秦汉史以钱宾四先生为最好，研究秦汉史莫不以钱先生为宗师。
杨联升：钱先生的中国学术思想史研究博大精深，并世无人能出其右。
严耕望：近六十年来，中国史坛甚为兴盛，名家大师辈出。论根底深厚，著作宏富，不只先生一人；但先生才气磅礴，识力深透，文笔劲悍，几无可伦比。
余英时：钱先生是开放型的现代学人，承认史学的多元性；但同时又择善固执，坚持自己的路向。他毕生以抉发中国历史和文化的主要精神及其现代意义为治学的宗主，生平著述之富及所涉方面之广，近世罕见其匹。
蒙文通：君书体大思精，惟当于三百年前顾亭林诸老前辈求其伦比。乾嘉以来，少其匹矣。（评《先秦诸子系年》初稿）
许倬云：中国近百年来，国运与文化，都一蹶不振。然而，几千年的文化精神，终究孕育了几位为中国文化作后卫战的学术巨人，宾四先生是最后走的一位。
孙国栋：钱先生从18岁起已开始致力于学术，以后研究、讲学、教育、著述兀兀80年未尝中断，这番毅力精神旷古所无。而学问成就规模之宏大，实朱子以后一人。
黄仁宇：钱穆先生可能是将中国写历史的传统承前接后带到现代的首屈一指的大师。
叶海烟： 当代中国史学大家钱穆一生以学术为志业，为历史研究与历史教育劳心尽瘁超过一甲子，其历时之久与影响之深，当代几无人能出其右。
刘梦溪： 文化史学的集大成者是钱宾四先生。治国史而以学术流变为基底，直承儒统，独立开辟，不倚傍前贤时俊，是钱学的特点。……“国学大师”之名，章太炎之后，唯钱穆当之无愧。
方克立：钱穆可以说是在史学领域高举现代新儒学旗帜，反对尽废故常的历史虚无主义，维护中国历史文化精神的第一人。
霍韬晦： 在迷惘的时代，能够终生不渝地捍卫中国文化，并显示读书人的风骨，钱穆先生堪称楷模。
张自铭：先生治学，戛戛独造，一无依傍，遂成极诣，而融贯中外，直凑单微，又迥非抱残守缺者可比。辛亥以还，时局屡有起伏，先生未尝一日废学辍教，以哗世取宠，毕秋帆所谓“学问观其会通，性行归于平正”，唯先生足以当之。
史华慈：钱穆是中国极其优秀的学者，是我们时代最杰出的学者之一。他的学术兴趣主要在中国思想史研究领域。
狄百瑞：钱穆先生是研究中国思想一位罕见而成就卓越的史学家，他研究中国历史与思想的方法为观察这个蜩螗的时代提供了广泛的视野。钱先生是极少数能与当代流行的思潮相抗衡的杰出学人，过去许多年来，钱先生透过他的著作一直是我的老师，虽然其他学者也在这种方式下教导我，但钱先生在引导我研究中国思想上则是为时最早而且影响最深的一位。
马悦然：钱穆在本世纪（20世纪）中国史学家之中是最具有中国情怀的一位。他对中国的光辉的过去怀有极大的敬意，同时也对中国的光辉的未来抱有极大的信心。在钱穆看来，只有做到以下两件事才能保证中国的未来，即中国人不但具有民族认同的胸襟，并且具有为之奋斗的意愿。
李敖：他为人谦和，给我很深的印象；我年少多才，大概也给他一些印象。第二年他回香港，收到我质疑他书中错误的信，他回信给我，送书给我，对一个十八岁的青年人如此因材施教，真可看出他具有教育家的风度…… 在胡适有生之年，在钱穆七十四岁以前，他未能成为中央研究院院士，我始终认为对钱穆不公道。钱穆的杂七杂八的怪说固不足论，但他在古典方面的朴学成就，却比姚从吾等学人更该先入选成院士。
汪荣祖：钱穆论清学史的代表作《中国近三百年学术史》，不仅在形式上是传统的学案式的纲目体，而且内容也不脱传统的义理，尤重宋儒朱熹。这部书基本上是由二十世纪的人，写十九世纪之书。钱氏写清学史，似设身其境，与先贤唱和或辩难；而不似异代学者，作旁观超越之论析。世人多知，钱宾四颇具民族主义意识，并见诸其史学；然其民族主义也未脱传统的华夷之辨与汉文化意识，以及崇宋尊朱的基本心态。
美国耶鲁大学授予钱穆名誉博士学位时的颂词：你是一个古老文化的代表者和监护人，你把东方的智慧带出了樊笼，来充实自由世界。
后世纪念
1990年8月30日上午9点15分，在“亚伯”台风的漫天风雨中，钱穆在台北杭州南路寓所里无疾而终，平静、安详地走完了他人生的最后一刻。一代大师谢世，隐入历史，享年96岁。 …
