再度启用
1682年（康熙二十一年）十月，清政府平定了“三藩”之乱后，施琅终于在李光地等大臣的力荐下，复任福建水师提督之职，加太子少保衔。
从施琅的自身条件来看，他的确是攻台清军主将的合适人选。首先，施琅生长在海边，自幼随父从事海上贸易活动，精通航海，对海疆的气候、地理等方面的情况了若指掌。从军后，转战东南沿海，有丰富的海战经验。其次，施琅通晓兵法、战阵，并一贯主张以武力统一台湾，所以多年来精心谋划对台用兵方略，提出“因剿寓抚”的战略方针及一整套实施方案，不但周密完备，而且是切实可行的。第三，施琅是从郑氏阵营中反叛出来的，他熟悉台湾郑氏集团内情，他的智勇韬略也一向为郑军官兵所畏惧。他在郑氏集团中的故旧很多，为他争取内应和进行情报工作提供了便利条件。第四，施琅不但是武力统一的坚决拥护者，而且对统一充满信心。
他回到厦门后，便日以继夜，废寐忘食，一面整船，一面练兵，兼工制造器械，亲自挑选工匠和船，历时数月，使原来全无头绪的水师船坚兵练，事事全备 。
领军攻台
1683年（康熙二十二年）六月十四日，施琅督率水军由铜山出发。 在进攻路线的选择上，施琅根据风向和敌方防御情况的情报，决定清军船队从铜山（今福建东山岛）启航，乘六月的西南季风向东穿越台湾海峡，首先夺取地处澎湖主岛以南、郑军防守薄弱的八罩岛。这样就可获得船队的锚泊地和进攻出发地，占据上风上流的有利位置向澎湖发起攻击。攻下澎湖，扼敌咽喉，然后兵锋直指台湾，可顺利实施“因剿寓抚”的战略方针。
六月十六日，清军舰队向澎湖郑军发动第一次进攻，初战失利。施琅很快吸取教训，对下一步作战行动进行了周密筹划和部署。施琅将清军分为四部分：施琅亲率56只大型战船组成的主攻部队，正面进攻郑军主阵地娘妈宫；总兵陈蟒等率领由50只战船组成的东线攻击部队，从澎湖港口东侧突入鸡笼屿，作为奇兵，配合主攻部队夹击娘妈宫；总兵董义等统率另50只战船组成的西线攻击部队，从港口西侧进入牛心湾，进行佯动登陆，牵制西面的郑军；其余80只战船作为预备队，随主攻部队跟进。十八日，施琅先派战船攻取澎湖港外的虎井、桶盘二岛，扫清了外围。二十二日早七时，经过充分休整和准备的清军向澎湖郑军发起总攻。经过9小时激战，清军取得全面胜利，共毙伤郑军官兵1.2万人，俘获5000余人。击毁、缴获郑军战船190余艘。郑军主将刘国轩乘小船从北面的吼门逃往台湾。此役清军阵亡329人，负伤1800余人。
招抚郑氏
此后，施琅又一面加紧军事行动，一面对占据台湾的郑氏集团施以招抚。在施琅大军压境之下，郑克塽茫然地说：“现在台湾人心风声鹤唳，继续守卫台湾恐怕右边啊；士卒满目疮痍，再战下去恐怕难以取胜。还是应当请降，以免今后追悔莫及。”郑克塽听从了刘国轩的劝告。
八月十三日，施琅率领舟师到达台湾，刘国轩等带领文武官员军前往迎接。施琅入台之后，主动前去祭郑成功之庙，对郑氏父子经营台湾的功绩作了高度的评价，并称郑氏收复台湾是为国为民尽职的举动，对郑成功毫无怨仇。祭祀完成之后，施琅哽不成声，热泪纵横。 郑氏官兵和台湾百姓深受感动。赞扬施琅胸襟宽广，能以大局为重。冷静处理公义私怨的关系，远非春秋时期的伍子胥所能比拟。
当时，清廷内部对台湾地位的重要性认识不足，对是否留台存在争议。施琅上疏力主留台卫台。在分管兵部的清朝东阁大学士（宰相）潘湖叟黄锡衮的支持下，施琅（乃分管兵部的内阁大臣潘湖叟黄锡衮的妹夫）的意见打动了康熙帝和朝中大臣，清廷终于决定在台湾设府县管理，屯兵戍守。
晚年时期
收复台湾后，在施琅的治理下，规定赴台湾
的人不许携带家眷。施琅以为惠州、潮州地区的人大多通海，所以禁止与台湾的往来。首先严禁广东客家籍人渡台，理由是那里出的“海盗”多，以及惠潮之民多与郑氏相通；对其他地区的人民渡台也严加限抑，竟然规定渡台人员不得携带家眷，也就是说不许老百姓在台湾扎根，这一政策后来导致台湾妇女奇缺。因此施琅对台湾的统治构成两岸往来的最大障碍。
施琅攻占台湾后，夺占田产收入施琅名下的，几乎占据南台湾已开垦土地的一半之多，名为“施侯租田园”，一直延续到台湾日据时期。收的租子叫做“施侯大租”。“施侯大租”的收纳统归清朝在台衙门代行，并保送至北京转交施琅世袭业主。如此犹嫌不足，还贪得无厌，连无田无地的澎湖渔民也不放过，施琅向渔民们勒索“规礼”收入私囊。
1696年（康熙三十五年），施琅逝世，清朝赐谥襄庄，赠太子少傅衔。施琅死后与其妻王氏、黄氏合葬。
主要成就
攻取台湾
统一台湾是施琅一贯的主张，因为他看到了统一台
湾对祖国安危的重要性。从1664年（康熙三年）开始，施琅就建议进军澎湖、台湾，使四海归一。在他因飓风所阻，两次进军澎湖、台湾失败后，仍矢志统一台湾，再次上疏要求征台。施琅反对清政府的迁界禁海政策，指出这一政策不合于“天下一统”，又影响财政收入，应尽快“讨平台湾”，“百姓得享升平，国家获增饷税”。清政府当时没有采纳他的意见，将他调入京师为官。在京期间，他一面继续上疏征台，争取康熙帝的支持；一面广交朝中大臣，争取他们对统一台湾事业的理解和支持。
施琅上任以后，积极训练水师，督造战船，选拔将领，全心筹措征台计划。他于1683年（康熙二十二年）六月中旬，率清军大举进攻，不久占领澎湖，刘国轩逃往台湾。清军占领澎湖后，郑克塽败局已定，但施琅却不忙于进军台湾，而是着眼于做争取郑克塽及其军队的工作。他厚待投降和被俘的郑军将士，稳定民心；同时建议朝廷“颁赦招抚”郑氏，以争取和平统一台湾。康熙帝同意他的招抚政策。郑克塽、刘国轩见施琅“无屠戮意”，也愿意归顺。从此台湾成为清朝疆域的一部分。这是继郑成功收复台湾之后，使中国疆土再次得以统一的壮举。
保台之论
施琅统一台湾后，清廷内部产生了一场对台湾的弃留
之争。在大臣中主张守而不弃者，居然只有少数人，即如姚启圣和施琅等。施琅是经过对台湾的亲身调查研究而据理力争的。“台湾一地，虽属外岛，实关四省之要害”，“弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉”。
更重要的是，他对西方殖民者的情况有所了解，对荷兰殖民者的侵略本性有所认识，认为“红毛”“无时不在涎贪，亦必乘隙以图”。促使康熙帝下决心留守台湾，并于1684年（康熙二十三年）设立台湾府，隶属于福建省。在闭关锁国、自以为是天朝大国的清初时期，施琅能对西方殖民者有这点初步认识，是十分难能可贵的，也是包括康熙在内的同时代人所不及的。应当说，施琅这一贡献比起他收复台湾来说，在反对西方殖民者的问题上，有着更重要的意义。
人才理念
对人才的使用上，施琅也有他独到的见解。他向康熙提出合理使用人材的建议，认为郑氏归降人员中，不乏优秀人材。施琅深知，充分发挥人材的作用，对国力的增强，对政权的巩固都有好处。他认为，虽然国家每三年开一次武场选出一些人来，但他们没有经历过战争的磨炼，不够成熟，倒不如使用投诚过来，久经沙场、有实地作战经验的纠纠勇夫。而且，施琅在用人上还主张不因循守旧，不拘一格。他提出国家一年花一二万金来养有用之人。他还主张将那些才略未必能胜任的安置下去，把能者提拔上来，以人尽其材。
人物评价
大陆评价
在大陆，官方以往仅正面宣传郑成功击退荷兰殖民者“收复”台湾的事迹，对郑成功后人在台湾的统治及倾向偏安，作了忽略；对施琅也鲜有着墨，只在提及郑成功时才略带说明。自从具有台湾独立倾向的民进党籍陈水扁于2000年当选台湾地区执政以来，中华人民共和国官方出于对宣传“统一中国”的考虑，才大规模正面评价施琅，称其为维护国家统一的英雄，并在其家乡福建晋江为其塑了一尊石像。而民间往往对施琅评价具有争议。 …
