鲜卑上层人士多信奉佛教，他们以太子拓跋晃为首，尽力维护佛教的利益。太子拓跋晃虽下令焚毁了大量寺庙佛塔，却也有意放缓了执行法令的时间，暗中保护一些僧侣逃脱性命，并收藏了一些经文和佛像。太子拓跋晃与拓跋焘在宗教问题上认识的差异成为几年后的宫廷变乱的诱因之一。
经过拓跋焘的灭佛，北方地区佛教势力一时陷于衰落，直到拓跋焘死后，继位的文成帝拓跋濬颁布了复佛法诏，才得以复苏并发展。
碑刻之狱
崔浩历仕魏道武帝拓跋珪、明元帝拓跋嗣、太武帝拓跋焘三朝，无论是平定北方、西域诸国还是对南朝作战，崔浩的谋策都对大魏军队的胜利起到了决定性的作用。后崔浩官至司徒。
但是就是这样一个善于谋略的大家，却不善自谋。他自己笃信道教，就讽喻魏太武帝灭佛。拓跋焘言听计从，寻个机会在全国大杀和尚，毁灭佛寺。而当时后魏上至太子、公卿，下至庶民百姓，信佛的人不计其数，崔浩此举得罪了一大批鲜卑贵族。加之崔浩主修国史时，又直书其原，不避忌讳，内容涉及大魏王朝先辈许多同族杀戮、荒暴淫乱的史实。文人喜功，崔浩又把国史铭刻于石碑上，费银三百万，方一百三十步，想使内容万代流传。
鲜卑贵族、诸王以及嫉恨崔浩的群臣纷纷上言，惹得拓跋焘怒不可遏，这位还未完全开化的胡人武夫，他不仅尽诛崔浩全族，又族诛与崔浩有姻亲关系的范阳卢氏，河东柳氏以及太原郭氏。由于燕赵汉人的几个大族遭受沉重打击，魏朝一直欣欣向荣的制度性汉化蒙上了一层阴影。《魏书》评价：崔浩才艺通博，究览天人，政事筹策，时莫之二，此其所以自比于子房也。属太宗为政之秋，值世祖经营之日，言听计从，宁廓区夏。遇既隆也，勤亦茂哉。谋虽盖世，威未震主。末途邂逅，遂不自全。岂鸟尽弓藏，民恶其上？将器盈必概，阴害贻祸？何斯人而遭斯酷，悲夫！
后世研究魏史的专家，无不对崔浩被诛一事深加推究，以为此事件是魏朝上层统治阶级内部“胡汉矛盾和斗争的结果”。
确实，崔浩掌权后，“齐整人伦，分明姓族”，提高了汉人高门的地位，从某种程度上抑制了鲜卑勋贵的跋扈。但是，从本质上讲，崔浩的所有行动皆是服务于魏朝皇权统治，只是在后期因一直受世祖宠信而“得意忘形”，最终竟敢于和太子争任官员，“校胜其上”，完全忘掉了道家“明哲保身”、“功成身退”的宗旨。虽有如许“闪失”，笔者认为，拓跋焘也不是一直深思熟虑地想杀掉作为“汉族”的崔浩。一向以来认为世祖杀崔浩是鲜卑贵族报复汉族的种族矛盾的暴发的看法是化简为繁，小题大做。
世祖晚年，征伐四克，已经感觉自己就是万能的天下大帝。加上多年酗酒成性，以及中年男人的性情喜怒无常，想杀谁就杀谁，想把谁族诛就把谁族诛，真是处于丧心病狂的状态。崔浩倒霉，正撞上有人告他修国史“暴扬国恶”，一怒之下，魏太武帝便率意作出如此残暴、令人发指之举。
南击刘宋
神麚三年（430年），大宋皇帝刘义隆北伐，魏朝将士王慧龙、韩延之、司马休之等人率军顽强抵抗，反击宋军，宋军无力抵抗，后魏先后攻克金墉、洛阳、虎牢、滑台等地。此为后魏南朝第二次大战（第一次为423年魏明元帝拓跋嗣同南朝刘宋的大战）。
太平真君十一年（450年）春，拓跋焘率大军南征刘宋。魏军长驱直入，直达悬瓠（今河南汝南）城下。魏军遭到了刘宋汝南太守陈宪的顽强阻击，被迫撤军。
南朝刘宋经过元嘉之治后，国力昌盛，刘义隆幻想”封狼居胥“，于是在元嘉二十七年（450年）秋，不顾群臣反对，再次下诏北伐，拓跋焘亲率大军抵抗。刘宋前期战略失误，丧失主动权。魏军在拓跋焘的指挥下，攻占东平（今山东东平）、邹城（今山东邹县），后来，魏军兵分四路南下，攻宋悬瓠城（河南上蔡县东），宋将陈宪坚守苦战，魏军死伤甚重，败退，绕过悬瓠；后攻彭城，刘宋徐州刺史刘骏（宋文帝子）决心坚守，魏军攻城又不克，绕过彭城，率军南行；后攻盱眙城（江苏盱眙县）又不克，又率军绕过盱眙，南行直到瓜步（江苏六合县境），声言要渡长江。宋沿江戒严，每户都得出丁男来服役，王公大臣家子弟也不能免。魏兵缺粮，前面有大江，后面有宋兵坚守城镇，只好退走。魏太武帝攻盱眙，向宋守将臧质求酒，臧质给他一罐便尿。魏太武帝受辱，大怒，全力攻城三十日，魏兵尸体高与城平，仍不能攻入，又只好忍辱退走。
魏军为了泄愤，撤退时经过宋朝江北六州，遇房便烧，所过之地，化为灰烬，淮南一带，几乎成了无人区。“自是道里萧条，元嘉之政衰矣”。南方“元嘉之治”的盛世局面一去不复返并随后日益衰落，而北方也因为损失了大量的士兵马匹，《资治通鉴》载当时北魏“士马死伤过半，国人并尤之”，好多年无法发动大规模的战争。
遇弑而死
拓跋焘晚年脾气暴躁，诛戮过多。而他却又常常在杀完人之后后悔莫及。由于刑罚严酷，国内曾经几度政治混乱。后又在中常侍宗爱的煽动下，他又逼死了太子拓跋晃，正平二年二月初五日 （452年3月11日），太武帝被宗爱密谋杀害，享年45岁，在位29年。不久群臣为其上庙号世祖，谥曰太武皇帝。葬于云中金陵。
为政举措
政治
太武帝即位后，雄心勃勃，南征北战，主要是通过战争手段来解决对立政权间的矛盾。但太武帝不是一个鲁莽的武夫，而是—个善于审时度势的有策略思想的政治家，军事家。他在采取战争手段的同时，根据形势，也力争通过通使、贡赐、联姻，缓和与敌对政权间的矛盾，建立友好关系。太武帝统治的30年间，北魏和柔然、刘宋、胡夏，北燕、北凉，互通使节，相互贡赐财物的事实不胜枚举。相互联姻，也不乏其例。如神麚元年（428年），太武帝把俘虏的夏国皇帝赫连昌迎至首都平城，不仅供奉丰厚，封爵为王，并将其妹始平公主嫁给赫连昌。在此之前，太武帝已纳赫连昌的三个妹妹为圮，并立其一妹为皇后。延和二年（433年），太武帝派使臣册封北凉君主沮渠牧犍为王，并将妹妹武威公主嫁给沮渠牧犍，纳沮渠牧犍之妹兴平公主为昭仪。延和三年（434年），太武帝以西海公主 嫁柔然可汗吴提，并纳其妹为夫人。太平真君十一年（450年），太武帝率军伐宋，直抵瓜步。在胜利形势下，他主动遣使求和、请婚。他以其孙示宋使曰：“吾远来至此，非欲为功名，实欲继好息民，永结缘援。宋若能以女妻此孙，我以女妻武陵王，自今匹马不复南顾。”表示了他要通过联姻，建立友好关系的愿望。当然太武帝采用联姻、通使、贡赐等手段的动机，并不是很纯正的。但在战乱年代，即使是短期的和平，对恢复社会生产，减轻人民痛苦都是有好处的。拓跋焘为了完成统一大业，能有效地使用战争和和平手段，足见他是拓跋焘对经济，思想文化建设也很重视。他说：“财者，军国之本”。他懂得物质财富是关系到战争胜负，政权存亡的大事。《魏书》记载：“世祖继位，开拓四海，以五方之民各有其性，故倍其教不改其俗，齐其政不易其宜，纳其方贡以充仓廪，收其货物以实库藏，又于岁时取鸟兽之登于俎用者以牣膳府。“他根据其统治区民族众多，生产方式不一等情况，坚持实行不改变各族人民传统生产方式、生活方式和风俗习惯的政策。既重视汉族人民农业生产，也重视少数民族的畜牧射猎习惯。通过发展农牧业生产，征收人民租调，接受各族朝贡和通过战争掠夺等手段来增加物质财富，保证军国费用。
军事
太武帝特别重视军队建设。蒙古大草原的游牧射猎生活，锻炼了鲜卑人健壮的体魄，剽悍的性格和高超的骑射技艺。军队，特别是骑兵，是北魏克敌致胜的重要工具。太武帝为了提高军队的战斗力，屡下诏令，申明纪律。他对战争中“尽忠竭节”，“蹈锋履难”的将士，或升官进爵，或赏赐以人口、牲畜及金银、古玩、缯帛等物质；对违犯军纪者，则给予严惩，虽亲贵重臣，也不宽贷。如鲜卑贵族丘堆，明元帝时以军功封侯，太武帝时封公。神麚元年（428年），他与司空奚斤奉命率军追击夏国皇帝赫连昌之弟赫连定时，当他听到奚斤兵败被俘消息，竞弃兵而走。太武帝下令将临危脱逃的丘堆斩首。太平真君五年（444年），中山王拓跋辰、内都座大官薛辨、尚书奚眷等八将，“坐击柔然后期，靳于都南”。尚书令刘洁，因矫诏改易讨伐柔然诸将的会期，致“柔然远遁，追之不及”，加之犯受贿等罪，太武帝下令“夷其三族”。太平真君八年（447年），扶风公元处真等八将，在镇压吴盖起义的战争中，“盗没军资，所在掳掠，赃各千万，井斩之”。太武帝很好地使用了其掌握赏罚之权，整肃了军纪。另外，太武帝本人，在战争中身先士卒，冲锋陷阵的英勇精神，对激励将士奋勇杀敌，保证战斗胜利也起了积极作用。如始光四年（427年），太武帝亲率三万轻骑，突击夏国都城统万。他与将士一道，顶着风沙，强忍饥渴，和夏军恶战于统万城外。他曾因马蹶而坠地，上马后仍继续战斗，速杀夏将十余人。后又身中箭伤，但他仍然“奋击不辍”。由于太武帝领导的军队纪律严明，在战斗中又能身先士卒，“是以人思效命，所向无前。”…
