隆熙四年（1910年），日本政府正式决定吞并韩国，并以寺内正毅为新任统监，专门负责此事。7月23日，寺内正毅来到汉城。8月16日，寺内正毅向韩国总理李完用摊开了日韩合并的要求，李完用没有拒绝，只是提出不要更改韩国国号以及合并后封纯宗和高宗为贵族这两项意见。8月21日夜晚，李完用偕纯宗尹皇后之伯父尹德荣谒见纯宗，要求他同意合并。这一切早在纯宗的预料之中，但纯宗仍然唏嘘着不允许他的要求，在一旁的皇后也大哭，尹德荣恳请皇后停止哭泣，并威胁道：“若是，则有赤族之祸！”纯宗不得已应允了李完用等的要求。李完用走后，纯宗夫妇再度掩面痛哭流涕。
隆熙四年（1910年）8月22日13时，纯宗皇帝在昌德宫之兴福轩举行大韩帝国最后一次御前会议。会议上众臣一致同意日韩合并，纯宗只好允许，并授给李完用以全权委任状，由他代表韩国签订《日韩合并条约》。同日16时，李完用在统监府
与寺内正毅签订《日韩合并条约》。朝鲜半岛从此沦为日本的殖民地。
1910年8月29日，纯宗皇帝下诏退位。据说退位诏书颁布时还有一段小插曲，纯宗尹皇后在屏风后面听到李完用、尹德荣与纯宗商讨退位事宜，便出来阻止并把玉玺藏起来，后来玉玺还是被她的伯父尹德荣强行夺走。不过，虽然在《让与诏书》中加盖了“敕命之宝”的玉玺，却并没有纯宗的签名。日本在这天公布了《日韩合并条约》，并将纯宗皇帝的《让与诏书》、明治天皇的《合并诏书》及寺内正毅颁布的一系列法令一齐粘贴在汉城的大街小巷。纯宗下诏说：“朕以否德，承艰大之业，临御以后至于今日，关于维新政令，亟图备试，用力未尝不至。由来积弱成痼，疲弊到于极处，无望时日间挽回之施措，中夜忧虑，善后之策茫然。任此而支离益甚，自抵不得收拾于终局，则无宁托大任于人，不如奏完全之方法，革新功效。故朕于是瞿然内省，廓然自断，兹以韩国之统治权，让与于从前亲信依仰之邻国——大日本皇帝陛下，外以巩固东洋之平和，内以保全八域之民生。惟以尔大小臣民，深察国势与时宜，勿为烦扰，各安其业，服从日本帝国文明之政，共受幸福。朕之今日此举，非忘尔有众，亶出于救活尔有众之至意。尔臣民等克体朕之此意。隆熙四年八月二十九日。”
至此，延续519年的朝鲜王朝暨14年的大韩帝国宣告灭亡，纯宗李坧也成为了朝鲜半岛历史上最后一位君主。
退位以后
李坧退位后，被日本降为“昌德宫李王”，软禁在昌德宫这座四百多年历史的悠久宫苑中，成了自己国家土地上的异国囚徒。而李坧的父亲太皇帝高宗李熙被降为德寿宫李太王，均被列入日本皇族。明治四十三年（1910年）10月1日，日本正式成立了朝鲜总督府，开始进行长达36年的殖民统治。韩国的国号恢复为“朝鲜”，汉城改名“京城府”。亡国之后，李坧和他的家族，以及在这次空前的卖国行为中出过力的李完用等勋贵重臣，总数达76名，都得到了日本的奖赏，获得了爵位、奖金和岁费。李坧每年从日本人那里支取一笔尚算可观的生活费用，在表面上继续维持着其帝王生活。但是，他已没有任何权力，甚至于连他的寝宫家具布置他说了也不算数。按照日本人的规定，那是新设的朝鲜王室事务管理机构“李王职”的权力，而“李王职”的负责人是日本人任命的。
这时的李坧虽然仍居住在昌德宫，但他像笼中鸟一样被严格限制了活动范围。除去他的寝宫大造殿以外，别处都是禁区。日本禁止他和他旧臣们到过去上朝议事的外殿去，因为此时“议”有关朝鲜的事时根本无须他们参加了。
李坧可以彻底休息了。他无国可治、无政可理，躲在深宫秘苑里默默背诵着“小楼昨夜又东风”。大正六年（1917年）昌德宫一场大火，把他的“小楼”大部分烧毁，而别有用心的日本人则借修复昌德宫需要木料为由大肆拆毁景福宫，先后拆毁多达4000余间。原来，日本人听信了某些风水先生的主意，有意毁弃朝鲜王宫，断其“龙脉”，破其“王气”，以期永久统治朝鲜。对此，李坧明知日本的险恶用心，但他无力保护祖上留下的宫殿，惟有叹息而已。
大正六年（1917年）5月，李坧前往咸镜南道咸兴，瞻仰朝鲜太祖李成桂故居并祭扫李子春等祖先的坟墓；同年6月，李坧在尹德荣的策划下东渡日本，朝觐大正天皇。 大正八年（1919年）1月，高宗去世，李坧想起母亲被日本人凶杀、父亲又被日本人毒死，他与日本人有着算不清的血海深仇。但他无力也无法去报仇雪恨，只把它作为永久的痛苦压在心底。这时，他变得异常迷信。他开始深信人死后是有魂灵的，人们是可以向死去的亲人倾诉心声的。他经常到高宗生前的寝宫和高宗、闵妃死后归葬的洪陵，面对空明长诵不已。后来王宫里有了电话，他便命人架设了通往高宗昔日居所和陵区的专线电话，每逢他因身体不适不能前往时，他便令侍从接通电话，令对方接听者把话筒对着被认为是高宗魂灵寄居之所，然后着素衣，正襟危坐对着话筒轻声诉说起来。凡看到这种场景的侍者无不动容。他这一习惯坚持数年，直到他病重不起。
人物逝世
李坧本性是个善良而懦弱的人。他的身心皆受到难以治愈的创伤。大正十五年（1926年）3月，李坧病重。当时已被王室立为储君的其弟李垠闻讯从日本东京赶回京城。见李坧病到如此程度，仍是医疗不周，李垠曾指令有关部门调配专职护士照料，广请良医，而且要中西医兼用。但李垠走后一条也未能落实。 大正十五年（1926年）4月25日拂晓，李坧逝世于昌德宫之大造殿，享年五十三岁。李王职为其上庙号“纯宗”，谥号“文温武宁敦仁诚敬孝皇帝”。纯宗去世以后，曾秘密将遗诏口述给自己的姑父赵鼎九（兴宣大院君之女婿），由赵鼎九听写，并于1926年7月28日将其公开到在美国发行的《新韩民报》上。纯宗遗诏这样写道：
一命仅存之予，为破弃并合认准事，诏曰：曩者并合之认准乃强邻与逆臣辈自为之、自宣布之，皆非予之所为也。惟幽闭我、胁制我，使不得明白言非予所为也。呜呼！古今宁有是理耶？予苟活不死，于今十七年矣，为宗社之罪人，为二千万生民之罪人。一息未泯，不能暂忘，困于幽囚，无出言之自由，至于今日。今一病沉重，曾不得一言而死，予将死不瞑目矣。故今予托卿，卿其以此诏宣布中外，使吾最爱最敬之吾民晓然知并合之非予所为也。前所谓认准与让国诏敕自归破弃。咨尔有众，努力光复，予魂魄当佑启汝焉。
纯宗遗诏明确否认了自己承认《日韩合并条约》，也可印证《让与诏书》中没有纯宗签名的事实。这份遗诏既是纯宗对历史的交代，又表达亡国阴影下内心的悲凉。
朝鲜总督府为了收买人心，便下令为纯宗举行朝鲜传统的盛大国葬。大正十五年（1926年）6月10日，纯宗李坧的葬礼正式举行。陵墓被选定在其父皇高宗皇帝与母后明成皇后的南扬州市金谷洞洪陵旁，命名为“裕陵”。早上8时，大舆驶出敦化门，由宗室、贵族臣下和各地赶来“望哭”的民众共计数十万人组成的送葬队伍长达20余里。亡国后的李王此时成了国家独立的象征，市民百姓用对已故君王的悼念来表达亡国的悲痛。激动的人流渐渐失控，他们再次拿出秘藏的太极旗，高呼起“独立万岁”的口号。早在4月28日，一位名叫宋学先的青年见日本人乘着汽车从昌德宫驶出，他认定此人必是日本总督斋藤实，便冲上去把短刀刺进了他的胸膛，附近的一人挡住而被刺死。可惜的是，被刺者不是日本总督，而只是一个日本商会头目、京城府协议员佐藤虎次郎，他受到重伤；而挡住他而被刺死的则是京城府协议员、日本人高山孝行。宋学先当场被巡查击伤并逮捕，后来遭严刑拷打，终于被杀害。但他的壮举激励了全国青年人，到了6月10日纯宗葬礼那天，他们散发反日檄文，展开罢课斗争。日本军警到处抓人，进一步激起民众反抗，终于演变成全国性的“六·十万岁运动”。 …
