哲学观点
哲学上反对宋学中“理在气先”的理论，认为“理”并不是客观存在的物质实体，而是“气”的运动规律，认为“气质人心是浑然流行之体，公共之物也”。具有唯物论的特色。“盈天地皆心也”的观点又有唯心论的倾向。这与黄宗羲服役阳明学，深受其影响有关。黄认为王学中“致良知”的“致”，就是“行”，两者别无二致。
教书育人
黄宗羲并在理论上和实践上是一位杰出的教育家。黄宗羲在他的名著《明夷待访录》中专门列出《学校》一章。他认为学校中也要析讲时事时政，要明是非之理，也要对政府行为有所监督。认为学校的领导（“学官”）需要有较大的权力。学校也应广开言路，成为舆论场所。这种学校议政，参与是非判断，言论倡民主的观点在当时非常新颖。黄宗羲并认为“学贵履践，经世致用”，这种理论实践并重的教育学习观点与他深受阳明学中“知行合一，知行并进”密不可分。黄宗羲在今浙江宁波、绍兴等地办学讲学，培养了很多学生。著名弟子有万斯同、万斯大、全祖望、章学诚、邵晋涵、仇兆鳌等。
政治思想
黄宗羲多才博学，于经史百家及天文、算术、乐律以及释、道无不研究。尤其在史学上成就很大，而在哲学和政治思想方面，更是一位从“民本”的立场来抨击君主专制制度者，堪称是中国思想启蒙第一人。他的政治理想主要集中在《明夷待访录》一书中。
限制君权
《明夷待访录》一书计十三篇，该书通过抨击“家天下”的专制君主制度，向世人传递了光芒四射的“民主”精神，这在当时黑暗无比社会环境下是极其难能可贵的！《原君》是《明夷待访录》的首篇。黄宗羲在开篇就阐述人类设立君主的本来目的，他说设立君主的本来目的是为了“使天下受其利”、“使天下释其害”，也就是说，产生君主，是要君主负担起抑私利、兴公利的责任。对于君主，他的义务是首要的，权力是从属于义务之后为履行其义务服务的。君主只是天下的公仆而已，“古者以天下为主，君为客，凡君之毕世而经营者，为天下也”。然而，后来的君主却“以为天下利害之权益出于我，我以天下之利尽归于己，以天下之害尽归于人”，并且更“使天下之人不敢自私，不敢自利，以我之大私，为天下之大公”，“视天下为莫大之产业，传之子孙，受享无穷”（均见《原君》）。对君主“家天下”的行为从根本上否定了其合法性。
黄宗羲认为要限制君主的权力，首先得明辨君臣之间的关系。他认为：“原夫作君之意，所以治天下也。天下不能一人而治，则设官以治之。是官者，分身之君也。”从本质上来说：“臣之与君，名异而实同”，都是共同治理天下的人。因此，君主就不应该高高在上，处处独尊的地位。就应该尽自己应尽的责任，即为天下兴利除害。否则就该逊位让贤，而不应“鳃鳃然唯恐后之有天下者不出于其子孙”。至于为臣者，应该明确自己是君之师友，而不是其仆妾，“我之出而仕也，为天下，非为君也；为万民，非为一姓也。”如果认为臣是为君而设的，只“以君一身一姓起见”，“视天下人民为人君囊中之私物”，自己的职责只在于给君主当好看家狗，而置“斯民之水火”于不顾，那么，这样的人即使“能辅君而兴，从君而亡，其于臣道固未尝不背也”，但同样是不值得肯定的。因为“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐。”这就是黄宗羲的君臣观。它对传统的“君为臣纲”，“君要臣死，臣不得不死”的封建纲常，无疑是一个有力的冲击。
设立宰相
黄宗羲提出的限制君权的另一主张就是设立宰相。他认为：“有明之无善政，自皇帝罢丞相始也。”这是因为：第一，“古者君之待臣也，臣拜，君必答拜”，彼此是平等的。“秦汉以后废而不讲。然丞相进，天子御座，在舆为下”，还多少保持着主客的关系。现在罢除了宰相，就再没有人能与天子匹敌了。这样，天子就更加高高在上，更加奴视臣僚，更加专断独行，为所欲为。第二，按照封建宗法制度的
规定，天子传子，但“天子之子不皆贤”；在这种情况下，幸赖宰相传贤而不传子，“足相补救”。可是在罢除宰相之后，“天子之子一不贤，更无与为贤者矣”。这样，势必会给国家和人民带来无穷的灾难。第三，废除宰相后设立的内阁大学士，其职责只是备顾问以及根据皇帝的意旨批答章奏，内阁没有僚属，没有力事机构，其事权很轻，根本不能与昔日的宰相相提并论，内阁既无实权，而天子又不能或不愿处理政事，于是就依靠一群凶残的宫奴来进行统治，这就出现了明代为害至深且巨的宦官专权。
黄宗羲提出设宰相一人，参加政事若干人，每日与其他大臣一起，在便殿与天子共同议政。章奏由天子批答，“天子不能尽，则宰相批之，下六部施行。更不用呈之御前，转发阁中票拟”；阁中又缴之御前而后下该衙门如故事往返，使大权自宫奴出也。”此外，宰相设政事堂，下分若干房，分管天下庶务；“凡事无不得达”。设立宰相，是一种限制君权过分膨胀的有效措施。但它并不是责任内阁制。因为皇帝仍然大权在握，仍然是名符其实的国家元首。
设立学校
设立学校使学校成为舆论、议政的场所，是黄宗羲限制君权的又一措施。黄宗羲认为，设立学校，不是为了养士，更不是为了科举，而是“必使治天下之具皆出于学校，而后设学校之意始备”。具体而言，就是一方面要形成良好的风尚，“使朝廷之上，闾阎之细，渐摩濡染，莫不有诗书宽之气”，另一方面，则形成强大的舆论力量设法左右政局。只有这样，才能使“盗贼奸邪，慑心于正气霜雪之下，君安而国可保也。”黄宗羲还指出，太学的祭酒，应择当世大儒充当，其地位应与宰相相等，每年的初一，天子与宰相、六卿、谏议等都得前往太学。”祭酒南面讲学，天子亦就弟子之列。政有缺失，祭酒直言无讳。郡县的学官，也由名儒主之。每月的初一、十五，大会一邑之缙绅、士子；郡县官亦须前往听学官讲学，而且执弟子之礼。黄宗羲的这一设想，虽然在当时是不可能实现的，然而却是难能可贵的。应该讲，后来康有为、梁启超等人提出来的君主立宪方案，在黄宗羲这里已经有了最初的萌芽。
黄宗羲反对单一的科举取士，主张使用多种渠道录取人才，以制度防止高官子弟凭借长辈权势在录取过程中以不正当的方式胜过平民。扩大了录取对象，包括小吏，会绝学（包括历算、乐律、测望、占候、火器、水利等等）的人，上书言事者等等。
民本思想
黄宗羲的新民本思想集中体现在其1653年写下的《留书》和1663年在《留书》基础上扩充而成的《明夷待访录》。黄宗羲新民本思想的理论结构主要由五个部分构成：一是政治模式。他在《留书?封建》篇指出，自秦以来中国政治“有乱无治”弊病的根源在于秦“废封建之罪”，进而以“托古改制”的方式主张效法古代“封邦建国”的诸侯自治制度，退而求其次，则应效仿唐初设置“方镇”以屏藩中央的制度。这实际上是一种制衡中央集权的地方自治设想。在《明夷待访录》中，黄宗羲破天荒第一次提出了“为天下之大害者君而已矣”的思想命题。他所谓的“天下”指的就是人民（万民）。这个命题可以概括为“君为民害”论。进而，他又提出了“天下为主，君为客”的思想命题，确认人民是国家的主人，君是由民请出来办事、为民服务的客人，这可以概括为“民主君客”论。黄宗羲还提出了“君与臣，共曳木之人也”的思想主张，实际上是坚持君臣共治天下的治权平等思想。这一政治模式显然已经包含了反对君主专制、主张“民主”、“民权”的思想内容，因而具有朴素的民主性。二是法制模式。黄宗羲以“托古改制”笔法，肯定“三代之法”是“天下之法”，而批评三代以下之“法”为帝王“一家之法”，是“非法之法”，主张用“天下之法”取代“一家之法”，并提出了“有治法而后有治人”的思想命题。这些思想主张，已经明确地包含了天下是人民之天下、应由人民共同治理的民治思想，包含了以万民之公法治理天下的法治思想。三是经济模式。他对不断加重农民负担、造成“积累莫返之害”的历代封建王朝的赋税制度进行了深刻批判，并提出了一系列有利于发展商品经济和工商业的思想主张，如“工商皆本”的政策主张，“废金银”而“通钱钞”的币制改革主张，“均田”、“齐税”而又不排斥富民占田的“井田制”构想。这些主张虽不免有空想成分，但在客观上顺应了资本主义经济关系产生和发展的历史要求，因而具有启蒙意义。四是教育模式。黄宗羲特别重视学校的作用，把学校的功能定位为指导政治、引导舆论的场所，提出“必使治天下之具皆出于学校”、“公其非是于学校”的政治主张，实际上提出了“以学术指导政治”的启蒙思想；黄宗羲还力主改革以科举取士的教育制度，提出了培养、选拔人才应坚持“宽于取而严于用”的原则，以及不拘一格选人才的“取士八法”。五是哲学思维模式。他既继承又超越了前辈王阳明的“心学”思想与乃师刘宗周的“诚意慎独”之学，将王阳明的“致良知”说解释为“‘致’字就是‘行’字”的“行良知”说，将刘宗周立足于至善之“意”的“改过”说发展为基于“工夫”实践的“力行”哲学，提出了“心无本体，工夫所至即其本体”和“必以力行为工夫”的重要哲学命题，还提出了“一本万殊”与“会众合一”辩证统一的认识方法论。这为纠正当时流行的空虚学风、倡导社会变革提供了新思维。 …
