革命阵营内部的分裂，给国王和保王党人以可乘之机。1647年11月11日，查理一世从纽马克特逃往南方的怀特岛。他一面同长老派谈判，一面又秘密同苏格兰人谈判，并缔结了秘约。同时，加紧煽动各地王党叛乱，以挑起新的战争。
内战再起
1648年2月，保王党人在西南部发动叛乱，第二次英国内战爆发。大敌当前，革命阵营各党派重新谋求团结。克伦威尔答应战胜王军后实行《人民公约》，将查理一世交付法庭审判。革命阵营的团结保证了第二次内战的胜利。战争在威尔士、东部和北部三个地区进行。5月3日，克伦威尔亲率议会军精锐部队5个团近7000人出征威尔士。议会军迅速攻占丹比、齐普斯托等地。至5月底，叛军被迫退至港口城市彭布鲁克，企图负隅顽抗。克伦威尔对该城进行几次强攻，但因城防工事坚固，均未得手。最后，议会军调来重炮猛轰叛军工事，终于于7月11日攻克彭布鲁克，顽固的保王党人、要塞司令波耶尔被迫投降。
正当议会军分头平息叛乱之时，强大的苏格兰军队对英国构成巨大威胁。苏格兰人企图乘议会军被牵制在南威尔士和英格兰东部之机，挥师南下，直奔伦敦，把查理一世重新扶上王位。但汉密尔顿指挥的苏格兰军主力，因此，苏格兰军队推进速度十分缓慢，克伦威尔因此赢得了时间。
克伦威尔攻占了彭布鲁克后，立即率五六千人的精锐部队挥
师北上，迎击苏格兰军。7月27日，克伦威尔的先头部队与兰伯特指挥的北部骑兵会合。8月5日，克伦威尔抵达诺丁汉，8日进入约克郡的道恩凯斯特，12日在里兹和约克城之间与兰伯特会师，比预定时间提前了6天。两军会合后，议会军总人数达到9000余人。与此同时，苏格兰军队则沿西部大道，经坎伯兰、威斯特摩兰和兰开夏向南推进。当时，克伦威尔的军队就在附近，而且正在准备发动进攻。但汉密尔顿公爵却固执地认为克伦威尔不可能在这么短的时间内赶到这里。8月16日，他把大本营迁到里布尔河以北的普雷斯顿。8月17日，克伦威尔首先向位于苏格兰军左侧的英国王军兰代尔部发起猛攻。经过4个小时的激战，议会军终于击溃王军。克伦威尔乘胜直扑苏格兰军，当时苏格兰军正在匆匆抢渡里布尔河，多数人已经过河，只有汉密尔顿率两团步兵、几营骑兵在河右岸掩护。克伦威尔立即率兵将河右岸的敌军击溃，并渡河追击。
双方进行了苏格兰军入侵以来最激烈的战斗。结果，克伦威尔军夺取了山隘，随后又夺占了沃林顿附近默西河上一座桥梁。苏格兰军因退路被断，陷入一片混乱，大部人马投降。汉密尔顿率少数残余退往斯特拉福德郡。克伦威尔把追歼汉密尔顿的任务交给兰伯特，他本人则率部北上，跟踪监视退往边境的门罗指挥的另一支苏格兰军。8月25日，汉密尔顿在走投无路的情况下被迫向兰伯特投降。至此，第二次内战以英国议会军粉碎苏格兰军和王军的进攻而告结束 。
担任执政
主词条：护国公时期
由于英国内战已经结束，建立了一个新政府的时机应该到来了，但是还存在着实行立宪政体的问题，这个问题在克伦威尔的有生之年从未得到解决。这位清教徒将军能够领导反对君主专制制度的军队赢得胜利，但是他的威望却不足以解决他的支持者中间存在着的社会冲突，不足以使他们对一部新宪法取得一致意见。这些社会冲突和宗教冲突错综复杂地交织在一起，宗教冲突使新教徒内部四分五裂并且同罗马天主教划清了界限。
当克伦威尔开始执政时，1640年组成的议会所
保留的成员都属于一个数目不多、无代表性、过于激进的少数派，即所谓的残余议会。起初克伦威尔想要通过谈判来进行新的选举，但是当谈判破裂时，他就用武力解散了残余议会（1653年4月20日）。从那时起直到1658年克伦威尔去世为止，曾先后成立和解散了三个不同的议会；采用了两部不同的宪法，但都未能发挥作用。
在此整个期间，克伦威尔靠军队的支持来维系统治，实际上他是一个军事独裁者。但是他多次试图建立民主政体和坚持拒绝别人给他加冕，其目的是表明他不想实行独裁统治，他也是迫不得已而为之，因为他的支持者们创建不出一种切实可行的政体。
从1653年到1658年，克伦威尔使用护国主的头衔统治着英格兰、苏格兰和爱尔兰。在1654年9月召开的议会中，有些议员企图限制克伦威尔和军队的权力，克伦威尔于1655年1月解散议会。1655年3月，克伦威尔在镇压一次保王党的叛乱后，将全国划分为11个军区，各由一名少将统治。1657年5月25日，议会向克伦威尔提出《恭顺的请愿和建议书》，主张恢复君主制和上议院，由克伦威尔当国王，议员由他直接任命，削减国务会议的权限等。克伦威尔经过一段时间的考虑，由于害怕高级军官的反对，未敢接受国王的称号，但同意其他要求。1658年初，克伦威尔再次解散议会，进一步加强独裁统治 。
身后之事
克伦威尔于1658年9月3日因患疟疾在伦敦去世。 克伦威尔的长子理查德·克伦威尔（1626-1712）继承了父位，但由于他没有治国的才能，是他统治的时间极为短暂。理查德·克伦威尔被人民推翻后只得流亡法国。
1660年查理二世返回英国乘机复辟王位。奥利弗·克伦威尔的遗体被掘出来吊在绞刑架上，然后被斩首示众，最后他的头颅流落民间，直到300年后才被他的母校剑桥大学收回并安葬。但这种报复的行径并不能掩盖实行君主专制主义的斗争已经失败的事实。查理二世充分认识到了这一点，并不想同议会至高无上的权力相抗衡。当他的弟弟詹姆斯二世继位并企图恢复君主专制主义时（注：查理二世没有合法子女），顷刻间就被1688年的不流血革命给废除了王位。革命的结果与克伦威尔1640年的期望恰好相同——一种君主立宪制，国王明确地服从议会，实行宗教信仰自由。
为政举措
军事方面
参见词条：新模范军、克伦威尔铁骑军
1642年英国内战爆发时，国会只掌握一些地方民兵。议会军因为军队质量不够高，一再丧失战机，甚至王军险些攻入伦敦。紧急情况下，克伦威尔自己出钱组建了一支骑兵，兵源主要是信奉清教的自耕农。这支军队以纪律严明、战斗热情高著称，其士气远远超过查理一世所率王军，为日后的胜利打下了基础。
1644年末，在马斯顿荒原战役中取得的
有利战果由于长老派的将领指挥议会军不利，两次放跑了国王，给了王军喘息之机。这引发了广大群众的不满。独立派的主要将领奥利弗·克伦威尔在议会上弹劾长老派的将领。克伦威尔还说：除非国会加强军事实力，否则战争永远不会结束。在独立派议员的支持下，以及广大群众的压力下，议会开始改组军队。1644年，这支军队在马斯顿荒原战役中大败王军，使得战局出现转折。这支军队还获得了“铁骑军”的称号。
1644年12月19日，下院首先通过《自抑法》，规定议会议员不得担任军职。这样，埃塞克斯、曼彻斯特等人被迫交出军权。1645年1月，下院又通过了《新模范军法案》，规定建立一支人数为2.2万的新模范军，其中骑兵约占1/3，统一指挥全军；全军实行统一的军服，统一的纪律，统一的编制；为保证足够的兵员，决定实行强迫募兵的原则等。这两项法案随后获得了上院的批准。由此，英国历史上第一支正规军成立。克伦威尔在费尔法克斯的强烈要求下，兼任了副总司令、骑兵司令，因此，克伦威尔是《自抑法》下唯一在军队和议会中同时有职务的人。这使得独立派掌握了军队的实权。当新军由克伦威尔统率时，在唐巴尔（Dunbar）战役和乌斯特（Worcester）战役中取得两次巨大胜利。1649年共和国在英国成立后，新模范军成为镇压人民运动的工具。
1649年，英国内战以王党的彻底失败告终，查理一世被送上了断头台。以独立派为代表的资产阶级和新贵族排斥了长老派而执掌了政权。然而爱尔兰已成为起义者、国外王党分子和欧洲敌对国反对共和国的跳板和基地。这样，对于英国新的统治者来说，征服爱尔兰已成刻不容缓的事了。…
