1649年3月5日，克伦威尔被任命为远征军总司令和爱尔兰总督。8月13日，克伦威尔率领1万2千精兵，分乘130艘船舰，向都柏林进军。8月15日，克伦威尔在都柏林登陆，稍事休整后，即引兵北上，于9月3日包围了德罗赫达。城陷后，克伦威尔下令将城内投降之敌以及男女居民全部杀光。大屠杀整整进行了两天，死难者达3500名左右。卡林福德和纽里的守军不战而降。10月，克伦威尔挥兵南下，夺取另一要塞韦克斯福德，克伦威尔部队攻入城内，在大街和广场上有2000俘虏被他们屠杀。克伦威尔乘胜攻克新罗斯、瓦特福、科克等城镇。年底，爱尔兰的东部和东南沿海一带都落入共和国军队手中。战争进入16印年，克伦威尔又取得一系列胜利。3月，在攻下基尔肯尼后，“天主教联盟”被迫解散。
但是，爱尔兰人并没有放弃斗争。他们利用英国人进军爱尔兰内陆所遇到的山地和沼泽的困难处境，同英军展开英勇的游击战。特别是5月，克伦威尔攻打克朗梅尔时，吃了一个大败仗，2000多英国官兵被歼灭。克伦威尔无论在英格兰还是在爱尔兰的战场，还从未遇到这样大的损失。克朗梅尔战役结束后，英军在爱尔兰的胜利大局基本奠定。这时，英国与苏格兰的关系极度紧张，克伦威尔奉召于5月26日回国。他的后继者继续向爱尔兰腹地进军。1651年6月，北方重镇累特尼被攻陷。1652年5月，西部重镇戈尔韦也陷入英军手中，至此，爱尔兰全境基本被英军控制。
由于爱尔兰被英国征服，复辟势力企图利用爱尔兰达到复辟的阴谋破灭了。于是，他们又与苏格兰封建势力勾结起来。得知这个消息，1650年7月，克伦威尔远征苏格兰，到1652年5月，苏格兰人停止了抵抗，1654年，苏格兰被合并于英国。征服苏格兰，意味着英国复辟势力又一次被挫败。
政体选择
主词条：护国公
查理一世的被处死，象征着英国内战迈入了一个新纪元，即没有国王的时代来临了。克伦威尔率领着国会中的独立派和军队中的平等派，将国王送上了断头台，他接下来要面对的问题是：该选择什么样的政体来统治这个国家。关于政体的选择，并非这时才第一次提出来讨论。在1647年的普特尼会议时，独立派和平等派之间的主要议题之一就是这个问题。当时查理一世尚在，克伦威尔的独立派希望由国会对王权加以制衡，进而建立君主立宪政体；而平等派则希望废除君主制，但对于废除君主之后英国应采什么政体，平等派的意见并不太一致，但所有平等派都一致坚持废止王权和进行普选。第二次内战爆发之后，克伦威尔放弃他原本坚持的护卫王权立场，转向和军队中的平等派合作，共同对抗查理一世。但克伦威尔的政治主张并没有转向，仍然认为君主立宪制度才是他心目中的理想政体。与平等派的妥协只是他的权宜之计，以致于在处死查理一世后，克伦威尔并没有按照人民协定中的建议，解散国会重新进行全国普选，而是暂时性地建立起一个名为国务会议（CouncilofState）的机构来接掌原本属于国王的行政权。国务会议原本是克伦威尔在“建议事项”中的构想。这个国务会议由克伦威尔暂时担任议长，而成员由原本的下议院中选出。
1653年12月17日，克伦威尔依照政府组织法成为统治英格兰、苏格兰以及爱尔兰的护国主。政府组织法规定，护国主为终身职，国会依然存在，在第一任国会选出之前则由护国主和他所推选的国务会议成员进行统治。清洗事件之后国会中留下来的议员都是属于独立派的，因此国务会议事实上就是由克伦威尔和独立派把持的。
宗教政策
克伦威尔在将虔诚的人们统一起来的这个终极目标当中，被包含于内的不只是他本身所属的清教徒教派，还有其它各种教派，甚至是犹太人。这种统一和中世纪所谓的“基督教共和国”理论有些不同。基督教共和国所寄望的是世界由单一政治实体和单一宗教所构成，是一种政治和宗教皆达到统一的状况。而克伦威尔所谓的统一则是单纯希望信仰各个不同教派的人能在政治方面达成统一，而非要求宗教上的统一。而且，克伦威尔并不希望这种统一依靠的是武力和强迫，而应依靠智慧以及理性。
克伦威尔对于信仰当中的“形式”，也就是教会组织、仪式等并不太重视。他关注的是信仰的本质，这点完全和清教回归圣经，以圣经作为信仰的唯一准则，并且拒绝主教制的基本精神一致。克伦威尔实际上还是想打破各个派系之间的藩篱，达成宗教上的统一。但在克伦威尔的时代，各个新教的派系已然形成并且牢不可破。也就是说，外在的形式已越来越多，要打破这些形式达到真正的一统是越来越难，他也认为在做任何事情当中没有派系的产生，是一件极为困难的事情。也因此，在不希望用强迫手段的前提之下，要勉强达到这个统一的目标，就必须实行宗教宽容政策。
海权战略
主词条：航海条例
从近代英国历史发展进程看，克伦威尔时代的英国即开始呈现出崛起成为一个世界性大国的各种迹象，而始终贯穿其间的海权战略则是英国开始崛起的重要表现：通过海军的运用使得共和国政府能够统一英伦三岛；通过海战击败了荷兰，使得《航海法》成为国际贸易新规则；通过英西战争以及后续一系列外交手段，将其海权扩展到整个大西洋，最终提高了英国的国际地位。尽管随着克伦威尔的去世，其政权也随之解体，但是包括复辟王朝在内的历届英国政府却继承了克伦威尔的海权战略，甚至于他没有实现的战略目标也在后世得到实现，故克伦威尔时代可以被认定为英国海权的初兴阶段，克伦威尔及其政府的多项海权举措为后世的发展奠定了基础，开创了先河。
促使英国崛起和海权初兴的构成要素在于：较为完善的近代国家行政系统保证了各部门能够很好的执行和实现国家的方针政策；以商人为代表与海权关系密切的新兴阶层在国家政治生活中逐渐掌握话语权并能够影响国家意志；稳固且持续的国内制造业发展与海外贸易形成了良好的循环；海军自亨利八世以来在国家政治、经济生活中占有特殊的地位并发挥无可替代的作用；克伦威尔与其政府合理的海权战略及其切实有效的落实。
历史争议
在步入人生巅峰的时刻后，克伦威尔接下来的举措，却导致了他的历史形象充满争议、迟迟无法盖棺论定。处死查理一世后，曾经甘于为支持《大抗议书》而亡命天涯、抗议滥用王权的克伦威尔，已经在事实上成为了全英境内说一不二的政治强人。如同他在征服爱尔兰时对暴
力的迷恋，克伦威尔依靠军队解散了议会，在人生的最后5年中，克氏成为了共和国的“护国公”，这一终身职位不仅把立法、行政和军事大权集于一身，且有权指定继承人。1655年，他进一步把全国划分为十一个军区，每个军区由一名少将领导，实行警察统治，居民活动受到监视、异议人士遭到迫害。
在2002年由BBC发起的“最伟大的100名英国人”投票中，克伦威尔名列第十。如何评价这个在中国中学教科书里都会提及的人物，在英国乃至全世界史家、政治家和媒体的笔下已经争论了三百多年。1899年，克伦威尔三百年生辰之际，英国议员发起为克伦威尔铸铜像，今日此像尚卓立而面向议会广场，较若干国王之铜像更为雄伟。然而在铜像竖立之前，英国议会下院已就此事发生过数次激烈争论。1969年克伦威尔逝世311周年时，《泰晤士报》人物专栏同时登载了两篇评论克伦威尔的文章，一篇盛赞克氏的成就，特别是他为了提高英国的国力所作的军事武功；而另一篇则大骂克氏是一个伪善者、叛徒和法西斯的原型。
然而到了第二次世界大战时期，由于人们对法西斯的憎恶和忧虑，克氏那些“扼杀民主自由的残虐身影”也被重新阐述，丘吉尔对克氏做出了负面的评价。
人物评价 …
