"在比克曼的推动下，他开始撰写自己有关数学的论文，形成后来建立解析几何的那些基本思想。
翌年，笛卡尔游历丹麦和德国，并在法兰克福(Frank furt)参加德皇的加冕典礼，然后到波兰莫拉维(Moravie)，最后又回到德国，加入巴伐利亚的马克西米利安公爵(Maximilien de Bavi ère)率领的军队，攻打波汉姆(Bohême)王军。时值严冬，笛卡尔在德国境内的一个小村中，住在一间非常暖和的房间里，由于没有俗事烦恼，使他能安心地躺在床上沉思默想，获得启示，悟出了科学的奇妙基础。那是1619年11月10日，据他自己描述当时他有过3次的神视或称奇梦。
第一个梦是一个非常恐怖的梦，他觉得有许多幽灵出现在他前面，吓得他到处乱跑。醒来之后，觉得有一种痛苦，使他害怕这一切都是某些恶魔来勾引他，不让他去完成他的任务。大约有两小时没睡着，他向上帝祈祷，祈求上帝支持他，并饶恕他的罪恶和缺点。接着他又睡着了，于是又做了第二个梦。
在梦中他觉得听见了一种尖锐刺耳的声音，他以为是一声雷响，这使他惊醒了，睁开眼睛一看，他觉得在他房里到处是火星。这并没有什么奇怪，笛卡尔常常有这种经验，半夜醒来，眼前星光闪烁，以致使他能看见周围的物体。笛卡尔慢慢恢复了平静，这时他求助于哲学的理由，得出了符合他的理解的结论，把那声雷响解释为是"真理降临到他身上，来占有他的一种信号"。于是他又睡着了。
过了一会儿，做了第三个梦。这与前两个梦不同，温和而又令人愉快。他在梦中见到了这两本书，一本是字典，另一本是他曾非常喜爱而又多次读过的诗集。最为有趣的是，笛卡尔还没醒来就在梦中析梦。他判断，那个字典仅仅是指结合在一起的各门科学，而诗集则更显著、明白地标志着哲学和智慧的统一。他还对他读到的诗句逐一解析。他认为，前面那两个梦是对他过去的生活的可怕的谴责，因为他过去的生活，在上帝面前和在人面前一样，并不是无可指责的。但第三个梦温和而又令人愉快，预示着未来，预示着在他的后半生将要发生的事，说明他将有能力去进行他设想的伟大事业，这使他有"天降大任于斯人"之感。他深信这三个梦完全是出于上天的恩赐，要他负担起哲学的使命，所以他十分兴奋，许愿要到罗莱德(Loreto)朝圣。
军人生涯
1620年，他参加波汉姆之役，可能也参加了白山之役。但第二年就退伍了，前往荷兰，寓居海牙。这时，他首次遇到伊丽莎白公主(Princesse Elisabeth)，当时她还是个不解人事的小女孩。她后来非常仰慕笛卡尔，因为她在19岁那年，读到了笛卡尔的《方法导论》，体会到哲学是如此地平易近人，又如此地博大精深。1621年笛卡尔最后一次体验军营生活，加入匈牙利军队。次年3月，返回法国处理财务问题，和哥哥谈妥祖传古屋和耕地，这些产业每年可收入六七千法郎。为了日后能专心研究，他必须先筹划生活费用，将归他的那份产业卖掉。不久，他又外出旅行，先到瑞士，再到意大利。他在意大利住了一年多，曾去威尼斯参加当地的特殊节日——威尼斯与海的结婚庆典。然后由威尼斯步行到罗莱德圣母大殿朝圣，以了却当年的誓愿。另外，他也参加了宗教乌尔班八世(urbano Ⅷ)颁布圣年。虽然曾经路过翡冷翠，但并没有去拜访伽利略。1625年翻越阿尔卑斯回到法国，住在巴黎从事他的研究。当时巴黎的学术界名流(包括巴尔扎克、数学家阿尔迪、巴黎数学教授莫兰和天文学家德博纳等)，因为仰慕笛卡尔之名，与他来往频繁。笛卡尔此间还见到了许多老朋友，其中有马兰·麦尔塞纳(Marin Mersenne)。麦尔塞纳在后来许多年中一直是笛卡尔最忠实的朋友，书信来往频繁，他利用自己与欧洲许多著名学者相识的有利条件，把笛卡尔的著作介绍给他们，又把他们的意见汇总起来告诉笛卡尔。
起先，他住在父亲的一位朋友家里，由于不胜应酬之苦，乃不辞而别，搬到一个陌生的市区。好友梅色纳神父也在巴黎，多方为他寻找清静之地。1628年秋，笛卡尔决定离开法国前往荷兰。从此，他就在那儿定居下来，一直到1649年几乎都没离开过。至于为什么笛卡尔选择荷兰这块地方，我们猜想可能是因为他怕人家在法国指控他为异端，对自己的生命和自由都有所不利，也可能仅是为了法国的熟人太多了，交往应酬颇为妨碍研究工作，不如远居他乡，反而容易找到清静的环境，安心完成他的哲学写作计划。因为当年的荷兰的确是个好去处，政治修明，民风纯朴，人民享有充分的思想和言论自由。笛卡尔在荷兰的20年中，更换了多次住所，但通常都是选择在一座大学或著名的图书馆附近。他的收入允许他租用一所小别墅，并雇佣几个佣人。他终生没有结过婚，不过住在荷兰期间，有过一位情妇，名叫海伦(Helen)。她为笛卡尔生了一个女孩，取名为法兰星(Fran?ine)。笛卡尔非常爱她，可惜这个女孩5岁就夭折了，为此笛卡尔伤心了很久。
背后风波
笛卡尔为了把自己的哲学确立为天主教的官方哲学，急着要把他的哲学传播出去。1644年他再用拉丁文将他的《论宇宙》，由天主的存在到自然界的一切现象一一用演绎的方法加以说明，编写成《哲学原理》(Principia Philosophiae)。这本书是献给那位敬仰他的美丽的伊丽莎白公主，全书分为四个部分，第一部分《人类知识原理》叙述了他的形而上学的思想；第二部分《物质事物的原理》；第三部分《可见的世界》；第四部分《地球》又全面、系统地阐述了他在《论宇宙》中的机械唯物主义的基本思想。笛卡尔将它编成教科书的形式，分成四册装订，意思是想把它的哲学带入课堂。
不料5年之后，该书又引起了一场巨大的风波。这一次是神学家雷维尤斯(Revius)等人攻击笛卡尔，视笛卡尔的机械宇宙观和无神论相差无几。早在1641年的时候，乌得勒支(Utrecht)大学有一位笛卡尔的弟子雷吉尤斯(Regius)采用笛卡尔的哲学体系授课，当时的校长吉尔伯特·沃埃特斯(Gilbert Voetius)甚为反对笛卡尔本人，于是向市法院控告笛卡尔；并敦促地方法院下令禁止这种新思想。笛卡尔于是起来自卫，发表了《勒内·笛卡尔给著名的吉尔伯特·沃埃特斯的信》，驳斥沃埃特斯，而沃埃特斯亦不甘示弱，严词申斥，但再次被笛卡尔反驳。地方法院下令笛卡尔出庭申辩，但被笛卡尔拒绝，因此一项不利于他的判决便被通过了。乌得勒支的校董事会宣布笛卡尔哲学是不当的，要当众焚毁笛卡尔的著作。幸好他在海牙的朋友(法国公使)替他求情，法官总算愿顾全大家的面子，仅禁止以后公开讨论笛卡尔的哲学，并取消雷吉尤斯的课，但也不允许公开反对笛卡尔的文章。荷兰的生活已不如以前那样安静了，一些宗教界学人视笛卡尔为仇敌，所以笛卡尔几次回国。第一次是在1644年，也就是《哲学原理》出版的那一年。他希望在巴黎教书的梅斯兰神父(P?Mesland)能采用他的形而上学做教材。但是耶稣会的会长鉴于梅斯兰神父与笛卡尔的关系太密切，早把他调到加拿大并且不许他回来。第二次在1647年，这次回国是因为法国国王允许给他俸金，但这事也始终没有实现。但他会见了法国教学家和神学家巴斯卡(Blaise Pascal)，向他提出了一个证明空气对所有物体都有压力的著名实验。第三次是在1648年，正值法国内战爆发，政局动荡，于是他只会见了一些著名的同代人，如伽森狄(P Gassendi)、霍布斯(T Hobbes)，麦尔塞纳等人，便匆匆去荷兰，打消了归国定居的计划。 …
