当初南征交趾时，马援常吃一种叫薏苡的植物果实。这薏苡能治疗筋骨风湿，避除邪风瘴气。由于当地的薏苡果实硕大，马援班师回京时，就拉了满满一车，准备用来做种子。当时人见马援拉了一车东西，以为肯定是南方出产的珍贵稀有之物。于是权贵们都希望能分一点，分不到便纷纷议论，说马援的坏话。但马援那时正受刘秀宠信，所以没人敢跟皇帝说。马援死后，有人上书说马援曾搜刮了一车珍珠文犀运回。马武、侯昱等人也上表章，说马援确曾运回过一车珍稀之物。刘秀更加愤怒。
马援的家人不知皇帝为何如此震怒，不知马援究竟身犯何罪，惶惧不安。马援的尸体运回，不敢埋和原来的坟地，只买了城西几亩地，草草埋葬在那里。马援的宾朋故旧，也不敢到马家去吊唁，景况十分凄凉。葬完马援后，马援的侄儿马严和马援的妻子儿女们到朝廷请罪。刘秀拿出梁松的奏章给他们看，马援夫人知道事情原委后，先后六次向皇帝上书，申诉冤情，言辞凄切。刘秀这才命令安葬马援。 前任云阳令朱勃也上书为马援鸣不平。
永平三年（60年），马援的女儿被立为皇后。汉明帝在云台图画建武年间的名臣列将，为了避椒房之嫌，单单没画马援。东平王刘苍观看图像时，问明帝道：“为什么不画伏波将军的像呢？”明帝笑而未答。
永平十七年（74年），马援夫人去世，朝廷才为马援聚土为坟，植树为标记，建筑祠堂。
建初二年（78年），汉章帝派五官中郎将持节追加策封，追谥马援为忠成侯。
人物评价
总评
马援与其他开国功臣不同，大半生都在“安边”战事中度过。马援为国尽忠，殒命疆场，实现了马革裹尸、不死床箦的志愿。他忠勤国事，令人钦佩。马援进身朝廷，没有一个人推举荐拔，全靠自己公忠为国。后来居于高位，也不结势树党 ，堪称一代良将。
历代评价
刘秀：瞿铄哉是翁也！
孟冀：谅为烈士，当如此矣。
朱勃：惟援得事朝廷二十二年，北出塞漠，南度江海，触冒害气，僵死军事，名灭爵绝，国土不传。
吕种：马将军诚神人也！
葛洪：邓禹马援田间诸生，而善於用兵；萧何曹参不涉经诰，而优於宰辅，尔则知人果未易也。
范晔：①马援腾声三辅，遨游二帝，及定节立谋，以干时主，将怀负鼎之愿，盖为千载之遇焉。然其戒人之祸，智矣，而不能自免于谗隙。岂功名之际，理固然乎？夫利不在身，以之谋事则智；虑不私己，以之断义必厉。诚能回观物之智而为反身之察，若施之于人则能恕，自鉴其情亦明矣。 ②伏波好功，爰自冀、陇。南静骆越，西屠烧种。徂年已流，壮情方勇。明德既升，家祚以兴。
王由礼：二帝已驰声，五溪还总兵，受诏金鞍动，论功铜马成，唯称聚米势，无惭薏苡情，虽谢云台影，犹传千载名。
刘禹锡：蒙蒙篁竹下，有路上壶头。汉垒磬鼯斗，蛮溪雾雨愁。怀人敬遗像，阅世指东流。自负霸王略，安知恩泽侯。乡园辞石柱，筋力尽炎洲。一以功名累，翻思马少游。
刘祁：马援书诫兄子，使之效龙伯高，无效杜季良，所为则善矣。虽然，杜季良仇人讼书引援诫为证，竟免官，而梁松、窦固因之被难，梁松由是恨援，死后构陷，至妻子不敢归葬。若是，则初时戒子侄好议论人长短，而不知先以此陷于祸也，悲夫。
陈亮：昔者马援率景舒进击武陵溪蛮，军次下隽，其道有二：一曰壶头，一曰充。壶头则路近而水险，充则涂夷而运远。舒欲从充，将以正合也；援欲从壶头，将以奇胜也。……帝遂舍舒而从援，援既进兵，贼乘高守险，欲前不可，欲退不能。已而暑甚，士卒多疫，卒不战而自败。嗟夫，若援者，可谓不明乎履险之术矣。吾以为当声言从充，纵其降口，使归以告。多张疑兵，鸣鼓鼙、盛旗帜，若从充进。贼必悉众出拒，吾密遣轻兵乘舟急进径自壶头以掩其无备出其不意则贼气丧胆沮不知所以为御者矣五溪诸蛮可以一战而擒也不知出此而明明履险其败也固宜然援则失矣而议者方以景舒之计为得是所谓见牛而未见羊也故从援则必败从舒则未必胜从吾之计则发必中攻必克。……始援谋隗嚣于掌握之间，击诸羌于指顾之顷，破交趾、平峤南，出奇制胜，前无坚敌，不可谓非一时之杰也。然至此而失，岂其终老而智耄耶？
徐钧：还书万里诫诸郎，毁誉翻成悮季良。说道谨言元不谨，谤招薏苡亦堪伤。
陈元靓：南征交趾，西破芫戎。于谁之德，伏波之功。老当益壮，心存匪躬。天长地久，人仰英风。
梁周翰：邓禹败于回溪，终身无董戎之寄；马援死于蛮徼，还尸阙遣奠之仪。
唐愈贤：千古英雄绝可怜，云台无用说蝉联。苍藤古木撑晴日，短牖残楹锁暮烟。万里音书严画虎，满天风雪阻飞鸢。而今矍烁翁何在，独立秋坛一怅然。
归有光：光武承王莽之乱，奋迹南阳，恢复旧物，则有邓禹、吴汉、贾复、寇恂、马援、冯异、岑彭、来歙之徒宣其力。
李贽：援初为书与嚣将杨广，使晓劝嚣，其言甚美。朱勃之上书白援无罪也，其言亦美。然援实侠之豪，其为书与严、敦，反令其效伯高，不欲其效季良，何哉？然卒以此书得改葬，则此书信不为无意矣。范氏谓其“戒人之祸，智矣，而不能自免于馋隙”，此言非也。夫扶波，节侠也，既自许于马革裹尸矣，又何畏乎壬人？何畏乎馋说？嗟乎！功名之际，理自宜然。
黄道周：马援大志，少便莫伦。益坚益壮，时时自陈。阳蛙井底，嚣挟奸心。及见光武，知帝有真。聚米指形，帝喜进兵。西羌内寇，边害频频。拜援陇守，击破先零。金城欲弃，援苦请存。归民乐业，羌来和亲。宾客故旧，日满其门。征侧、征贰，二女不驯。伏波伐之，传首立勋。裹尸明志，矍铄报恩。壶头失利，受责虎贲。怒收印绶，叹杀功臣。
王夫之：①马援，倜傥之士也。 ②能任也，则不能让，所谓豪杰之士也，韩信、马援是已。
曹雪芹：铜铸金镛振纪纲，声传海外播戎羌。马援自是功劳大，铁笛无烦说子房。
郑观应：古之为将者，经文纬武，谋勇双全；能得人，能知人，能爱人，能制人；省天时之机，察地理之要，顺人和之情，详安危之势。凡古今之得失治乱，阵法之变化周密，兵家之虚实奇正，器械之精粗巧拙，无不洞识。如春秋时之孙武、李牧，汉之韩信、马援、班超、诸葛亮，唐之李靖、郭子仪、李光弼，宋之宗泽、岳飞，明之戚继光、俞大猷等诸名将，无不通书史，晓兵法，知地利，精器械，与今之泰西各国讲求将才者无异。
易顺鼎：四十里雪浪飞来淘尽千古英雄有鸦阵神兵犹传部曲，廿八将云台在否赢得五溪祠庙与裘号首分占江山。
金虞：南征一曲武溪深，凄绝骚人币古心。裹革勋名谁得似，站鸢风景客重临。群山尚作论兵势，万里常怀教子。毕竟何如乘款段，拜来床下独沉吟。
黄彭年：①张良之运筹帷幄，薛公之策英布，李左车之说陈余，马援之聚米为山、指画形势，谋之正也。②魁梧之壮士或外强而中干，委鄙之野夫或怀奇而负异，无以貌举也。马援矍铄，尚思马革以裹尸；终军少年，即欲请缨而击越，无以年举也。
屈大均：汉唐以来善兵者率多书生，若张良、赵充国、邓禹、马援、诸葛孔明、周瑜、鲁肃、杜预、李靖、虞允文之流，莫不沉酣六经，翩翩文雅，其出奇制胜如风雨之飘忽，如鬼神之变怪。”
蔡东藩：①马援笑述为井底蛙，而劝嚣事汉，已料二子之不足有为。及东至洛阳，见光武帝之脱帻相迎，即有君择臣臣择君之语，一见倾心，愿效奔走，援诚不愧智士，抑光武帝之驾驭英雄，令人心服故也？ ②彼征侧征贰，以南方之妇女，敢尔称兵，想亦由戾气所钟，故有此异事耳。幸而伏波往讨，务绝根株，千里奔波，一年耐久，卒得擒二妇于窟穴之间。倘非坚持不敝，贯彻始终者，亦安能若是耶？伏波铜柱，照耀千秋，宜哉。
李景星：马援自是东汉一奇男子，其自命奇，其为人谋奇，其持论奇，其立功奇，其一生之结局亦奇。以世家子弟而就边郡田牧，役属宾客，分散亲故，此其自命奇也。先投隗嚣，力陈祸福；后归光武，高参计画，此其为人谋奇也。曰“穷当益坚，老当益壮”，曰“死于边野，马革裹尸”，此其持论奇也。西破诸羌，南平交阯，镇三辅地而使之不惊，击五溪蛮而迄于垂成，此其立功奇也。建勋生前，蒙谤身后，以轻财始，以诬赃终，此其一生之结局奇也。 …
