1825年2月10日，秘鲁国会授予玻利瓦尔“终身总统”的荣誉和“秘鲁国父”的称号。2月12日，为表示感激玻利瓦尔，秘鲁议会下令授予玻利瓦尔种种荣誉：一枚勋章，一座骑士雕像，100万比索给玻利瓦尔本人，100万比索给他的军队。玻利瓦尔谢绝了议会给他的钱，接受了给他的士兵的钱。2月18日，秘鲁议会拒绝玻利瓦尔辞去拥有无限权力的总统职位。
玻利瓦尔在担任秘鲁总统期间，通过了由何塞·格雷戈里奥·帕雷德设计的秘鲁国徽。创办了《秘鲁人报》开始了秘鲁同美国、巴西间的交往。
1824~1826年，玻利瓦尔颁布了出售国家土地、解放奴隶和分配属于印第安人的村社土地的法令。约有10000名秘鲁人参加了他的军队。1824年，有3000名游击队员支援玻利瓦尔的军事行动。
1826年1月23日，玻利瓦尔解放了卡亚俄港，彻底结束了西班牙在南美的殖民统治。
玻利维亚
阿亚库乔战役之后，玻利瓦尔派安东尼奥·何塞·苏克雷进军上秘鲁，击溃了上秘鲁境内的西班牙殖民军。
1825年8月6日，在丘基萨卡召开的制宪会议上，上秘鲁宣告独立，当地人民尊玻利瓦尔为“上秘鲁之父”，国会授予他“国父、保护人、第一任总统”的头衔。为了表示对这位新共和国解放者的敬意，新共和国定名为“玻利维亚共和国”。不久，玻利瓦尔来到玻利维亚。
10月26日，玻利瓦尔在波托西登上塞罗里科山；当国旗升起的时候，他对士兵们说：“我们已经把这面自由的旗帜，从奥里诺科的炽热沙漠带到了这里，并把它插上了这座高耸的山顶。这是我们的光荣。这座山的白银宝藏是使整个宇宙惊愕和羡慕的财富，但我认为比起我们的光荣来，这些财富是一文不值的。”
尽管玻利瓦尔在玻利维亚逗留的时间很短，但却为玻利维亚人民做了很多工作，如发布保护印第安人利益的命令，禁止军队把印第安人当作农奴使用，禁止传教士为筹集节日经费向印第安人敲诈勒索；建立地方法庭和行政区划体系；制定法律，保证矿工和农民得到合理的报酬，部署对全国河流进行调查研究，以期能用于农业灌溉，提倡植树造林在丘基萨卡下令在最需要的地方栽种100万棵树木。创办学校；开设印刷厂；采取多种措施促进工商业发展，组建正规部队，设立海军。
1826年5月25日，玻利瓦尔将起草好的法案交付玻利维亚制宪会议，11月19日获得通过，这部宪法规定玻利维亚需要建立一个高度中央集权的政府，总统职务为终身制，全国设选举权力机关，规定立法机构由参议院、评议院和检察院组成。由于这部宪法实行终身总统制，所以，历史上管这部宪法叫“终身宪法”。
内部分裂
奥卡尼亚会议
1826年5月，由于大哥伦比亚共和国内部发生分离运动，玻利瓦尔不得不辞去玻利维亚总统职务。6月，在巴拿马城举行的第一次泛美国家代表会议上，玻利瓦尔倡导拉美国家成立一个美洲共和国联盟。桑坦德尔则主张实行联邦制。9月，他将在阿亚库乔战役中立有战功的安德烈斯·圣克鲁斯将军召到利马，任命他为秘鲁总统，自己随后离开利马，返回圣菲波哥大。11月，玻利瓦尔再次当选为大哥伦比亚共和国总统。
1826年12月，玻利瓦尔返回委内瑞拉，阻止分离主义运动。
1827年1月1日，下令大赦科西亚塔事件的负责人。同时批准派斯为委内瑞拉最高首领。
1月2日，在卡贝略港写信给派斯，他说：“我不能分裂共和国，但是我愿意委内瑞拉一切美好。如果委内瑞拉自愿分裂出去，那要提交代表大会解决。”
1月4日，在巴伦西亚附近的纳瓜会见派斯，并给予他支持。此前他曾对他说过，“他有权以正义反对非正义，以不服从波哥大议会来反对滥用武力。”为此，玻利瓦尔得罪了桑坦德尔，桑坦德尔开始对“解放者”不满。
1月12日，玻利瓦尔和派斯抵达加拉加斯，受到群众热烈欢迎。
2月5日，玻利瓦尔从加拉加斯致函波哥大议会，再次提出辞去总统职务。他提出种种令人感动的理由，最后说：“我怀着这样的心情，一次，一千次，成千上万次地辞去共和国总统……”
3月16日，玻利瓦尔彻底和桑坦德尔决裂，他说:“您不要再给我写信，我既不愿意给您回信，也不愿称您为朋友”。
6月6日，大哥伦比亚议会拒绝玻利瓦尔的辞呈，并要求他去波哥大宣誓就职7月5日．离开加拉加斯赴波哥大。此后他再没有回到他的故乡城市。
9月10日，抵达波哥大，面对政治上的凶恶的反对派，玻利瓦尔宣誓就职大哥伦比亚共和国总统。
9月11日，写信给托马斯·埃雷拉，他说，“昨天我进入这个首都，并已就任总统。这样作是必要的，为的是克服无数的困难来避免许多灾难。”
1828年4月10日，奥卡尼亚国民大会召开，在议会上，议员分成了玻利瓦尔派和桑坦德尔派，玻利瓦尔向议会抗议“赦免帕迪利亚将军的行动，因为他在卡塔赫纳犯了谋杀罪。”玻利瓦尔在议会上与桑坦德尔为首的联邦派发生了冲突，最终联邦派退出了会议。
6月9日，玻利瓦尔计划前往委内瑞拉。
6月24日，改变计划，回到波哥大，受到欢迎。
7月15日，在巴伦西亚发表的公告中，派斯称玻利瓦尔为“19世纪的奇才”，“18年来他一直为你们的幸福做出牺牲。他做了力所能及的一切他无数次地放弃最高指挥权，但是，在目前共和国的具体状况下，他不得不行使这一权力。”
未遂刺杀
8月27日，鉴于奥卡尼亚议会的挑战，玻利瓦尔颁布独裁组织法，废除副总统，宣布自己为独裁者，桑坦德尔被排斥在政府之外。玻利瓦尔对政府进行了改组。但内忧外患严重困扰着玻利瓦尔。他一方面要对付秘鲁准备侵占大哥伦比亚两省而发动的战争，一方面对付阴谋分子的暗杀企图。
“解放者”委派桑坦德尔任哥伦比亚驻美国大使，桑坦德尔接受了这一职务，但推迟行期不赴任。撤销桑坦德的职务有可能引起了谋害玻利瓦尔事件的发生。
9月21日，派斯承认玻利瓦尔最高领袖，他在大主教拉蒙·伊格纳西奥·门德斯和聚梁在加拉加斯大广场上的人群面前宣誓：“……我宣誓服从，维护和执行玻利瓦尔发布的一切法令，因为我把它们视为共和国的法律。苍天是我宣誓的见证人，他将嘉奖我实现诺言的忠诚。”
9月25日，城防部队参谋长拉蒙·格拉发动叛乱，攻入玻利瓦尔就寝的圣卡洛斯宫，企图暗杀玻利瓦尔。在女友曼努埃尔·桑斯的冒死掩护下，玻利瓦尔跳窗逃离，幸免于难。这次暗杀未遂后，桑坦德尔涉嫌。拉斐尔·乌达内塔作为审讯法官判处他死刑，玻利瓦尔改死刑为流放。
分裂危机
1829年1月1日，因厄瓜多尔和秘鲁两国发生冲突。玻利瓦尔前往达布里菲加森，他在病中指挥了大哥伦比亚与秘鲁的战争。
2月27日，苏克雷在德塔尔基的波特特战役中打败何塞·德·拉马尔的秘鲁入侵者。
5月，战败的秘鲁被迫与大哥伦比亚停战。
7月21日，大哥伦比亚复克瓜亚基尔，人民欢迎“解放者”凯旋归来。
9月13日，玻利瓦尔写信给奥利里，说：“众所周知．新格拉纳达和委内瑞拉的联合只是由我的权威来维系，而当上帝和人民愿意的时候，这种权威现在和今后都会丧失……”。同日致函派斯，他写道：“我已命令向所有公民和社会团体发出通告，要求他们郑重其事地发表意见。现在您可以正式地敦促他们，让民众说出心里话。如今已到了委内瑞拉提出自己主张的时候了，它除了全局的利益外，什么也不要考虑。如果采取根本措施让你们说出真实打算的话，改革将会圆满完成，公众的愿望也会得到满足……”
9月22日，玻利瓦尔在瓜亚基尔与秘鲁签订和约。
10月20日，回到基多。
10月29日，赴圣菲波哥大。
12月5日，玻利瓦尔从波帕扬给胡安·何塞·弗洛雷斯写信，他说：“苏克雷将军可能是我的继承人，大概我们所有人都会支持他，从我这方面说，我将全心全意这样做。”…
