章太炎在论文中强调革命党
自身的建设，认为“优于私德者亦必优于公德，薄于私德者亦必薄于公德。而无道德者之不能革命，较然明矣”。指出革命者必须“确固坚厉，重然诺，轻死生”，应该做到“知耻”、“重厚”、“耿介”、“必信”，要有“革命之道德” 。章太炎在论文中深刻揭露改良派“竞名死利”、“志在千禄”的丑态。并说：“夫其所操技术，岂谓上足以给当世之用，下足以成一家之言耶？汗漫之策论，不可以为成文之法；杂博之记诵，不可以当说经之诂；单篇之文笔，不可以承儒、墨之流；匿采之华辞，不可以备瞽蒙之颂；淫哇之赋咏，不可以瞻国政之违。既失其末，而又不得其本，视经方陶冶之流，犹尚弗及，亦曰以是哗世取宠而已”。 指出改良派的“谋立宪”，只能使“豪民得志，苞苴横流，朝有党援，吏依门户，士习嚣竞，民苦骚烦”，表示坚决反对。 他还在《民报》上刊发别人批驳《新民丛报》的文章。章太炎在《民报》上发表的文章，大都针锋相对，文字锐利，“真是所向披靡，令人神旺” 。
自光绪三十一年（1905年）起，章太炎在《国粹学报》上发表若干学术文字，并在东京开设国学讲习班，“宏奖光复，不废讲学”。此前，光绪二十九年（1903年），章太炎与近代古文经学另一重镇刘师培定交，此后因学术祈向相近而交往日密，遂发生被刘师培与妻子何震诬蔑叛变事件。又与孙中山、汪精卫、黄兴等因《民报》不合，乃由提倡光复转入专心论学，著有《文始》《新方言》《国故论衡》《齐物论释》等。其中《国故论衡》为近代学术史上有数之巨制，开辟了汉语言文字学、经学、文学及哲学、心理学的现代化研究的先河。宣统元年（1909年）又编有《教育今语杂志》，撰写若干白话述学著作，以普及学术。
民国之初
宣统三年（1911年），武昌起义胜利之后，章太炎提出了“革命军起，革命党消”的错误口号， 主张解散同盟会，并和一些立宪党人在一起，组织中华民国联合会。民国元年（1912年）1月1日，孙中山在南京就任中华民国临时大总统，聘任章太炎为总统府枢密顾问，他不愿常驻南京，返回上海。2月中旬，在讨论建都问题时，章太炎主张建都北京，认为“中国本因旧之国，非新辟之国，其良法美俗，应保存者则存留之，不能事事更张也”。 他依恋旧制度，说“专制非无良规，共和非无粃政”，“政治法律，皆依习惯而成”， 主张中央“特建都察院”，“限制元首”，地方“废省存道”，而对代议民主制则表示反对，主张“限制财产”，又以“夺富者之田以与贫民”为“大悖乎理” 。
南北议和告成，袁世凯上台，章太炎幻想袁世凯“厉精法治”，“以厝中夏于泰山磐
石之安”。 在用人问题上，以为“同盟会人材乏绝，清流不归”。 反对“政党内阁”，提出“取清时南方督抚有材名者以充阁员之选”。 说什么：“汉之良相，即亡秦之退官；唐之名臣，即败隋之故吏。”主张“循旧贯”，用“老吏”。 将中华民国联合会与一些小政团合并，改组为统一党，以后更与民社等并为共和党，推黎元洪为理事长。
袁世凯给了章太炎一个总统府高等顾问的空衔，不久又委任为东三省筹边使，调出北京。章太炎兴致勃勃地跑到东北去“兴办实业”，设东三省筹边使署于长春，拟《东三省实业计划书》，提出“设立三省银行，以圆易吊，使民易知”，并铸造金币。“欲铸金币，又不可不预浚金源，非开办金矿，收买金砂，不足以供鼓铸。又请开浚松花江、辽河，去其淤梗，以利交通”。还拟“组织报馆”，“设会研究”。 但没有多久，宋教仁遇刺，血的教训使他猛醒过来，他沉痛地《挽宋教仁》：“愿君化彗孛；为我扫幽燕”，开始对袁世凯不信任了。4月，章太炎托事南行。5月，他又亲赴武昌，拜谒了黎元洪，在湖北致电袁世凯，请求免除梁士诒、陈宧、段芝贵、赵秉钧“四凶”的职位。接着，由武汉到了北京，袁世凯设法笼络章太炎。5月25日发令“章炳麟授以勋二位”，“冀以歆动”。6月4日，章太炎离京来沪。而他早先提议在东北筹设实业银行的借款，财政部长梁士诒不肯盖章，章太炎“实业计划”落空，感到“大抵政府之与我辈，忌疾甚深，骂亦阻挠，不骂亦阻挠”，于是决计“辞差”，“奉身而退”。
遭袁迫害
民国二年（1913年）4月，章太炎从长春返回上海。7月，孙中山、黄兴举兵武力讨袁，章太炎却不信赖，说什么“讨袁者亦非其人”。 他既骂袁世凯“用心阴挚，正与西太后大同”，又说孙中山“与项城一丘之貉”。“谓宜双退袁与孙、黄，改建贤哲，仆则承命”。以为“若为久远计，凡一政党，非有实业为中坚，即有侠士为后应，无此即不足以自树。非实业则费用不给，而政府得以利用之矣；非侠士则气势不壮，而政府得以威喝之矣”。 以为总统改选，“大抵仍宜推举黄陂，必不肯任，然后求之西林”。“黄陂之廉让，可望责任内阁；西林之果毅，可望廓清贪邪”。黎元洪（黄陂）也好，岑春煊（西林）也好，都是清朝旧官僚，民国新军阀，章太炎对这些人寄以厚望，他已彷徨歧途了。
6月，章太炎与汤国梨结婚。8月，章太炎“冒危入京师”，一方面看到“京邑崎岖，道路以目”，以为“吾虽微末，以一身撄暴人之刃，使天下皆晓然于彼之凶戾，亦何惜此孱形为”，表示不畏强暴，敢临虎穴；另一方面又以为“共和党势渐扩张，此为可熹”， “连日议员入党者，已增三十人矣，骥老伏枥，志在千里，况吾犹未老耶？”但是，袁世凯对章太炎还是不肯放松，对他加紧迫害，把他软禁起来，梁士诒、赵秉钧等还欲“捏造证据，置章于死”。
民国三年（1914年）1月，章太炎欲乘车离京，为军警所阻。7日，“以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯之包藏祸心”，仍被监禁。曾决意绝食，“以死争之”，自云：“不死于清廷购捕之时，而死于民国告成之后，吾何言哉！” 直到民国五年（1916年）袁世凯死后，才被释放。在监禁期间，编成《章氏丛书》初编。
参与护法
民国五年（1916年）6月，章太炎由北京南返。这时，孙中山也在上海，曾两电黎元洪规复约法，尊重国会；章太炎也认为“约法、国会，本民国固有之物，为袁氏所摧残”，主张维护 。此后，他多次和孙中山一起参加会议，基本主张与孙中山尚相契合。8月，章太炎南赴肇庆，去看望岑春煊，更出游南洋群岛，一直到年末才回国。孙中山致电黎元洪，认为章太炎“硕学卓识，不畏强御，古之
良史，无以过之，为事择人，窃谓最当”，推举章为国史馆长。
民国六年（1917年）3月，段祺瑞召集督军团在北京开会，商讨对德宣战。5月7日，国会讨论参战案；10日，段祺瑞组织“公民请愿团”等，包围国会，殴辱议员。章太炎和孙中山两次致电黎元洪，要求严惩“伪公民犯法乱纪之人”，“严惩暴徒主名”，“勿令势要从旁掣肘”。6月7日，张勋率军北上，与段派集议，电黎“调停须先解散国会”。孙、章联电陆荣廷等南方各省督军、省长，指出：“调停战事之人，即主张复辟之人；拥护元首之人，即主张废立之人。”“叛人秉政，则共和遗民必无噍类”。又联名致电陈炯明：“国会为民国之命脉，调和乃借寇之资粮”，“今者群盗鸱张，叛形已著，黄陂与之讲解，实同降伏” 。
7月1日，张勋复辟。3日，章太炎与海军总长程璧光等在孙中山的住处秘密商议，筹划反对张勋的复辟举动。接着，与孙中山、廖仲恺、朱执信、何香凝乘海琛舰由上海启程赴广州，于7月17日抵粤。当有人询以讨逆计划时，章太炎即答以：“余此次偕孙中山来粤，所抱之希望颇大”，“讨逆之举，即为护法而起，惟不违法之人而后可以讨逆”。永丰、同安、豫章三舰抵达黄埔，孙、章一起前往迎迓。广东各界开欢迎海军大会，孙中山、程璧光到会，章太炎亦参加。9月1日，国民非常会议选举孙中山为中华民国军政府大元帅，章太炎任护法军政府秘书长，《大元帅就职宣言》就是章太炎起草的。《宣言》中说：“民国根本，扫地无余，犹幸共和大义，浃于人心，举国同声，誓歼元恶”，誓“与天下共击破坏共和者”。 此后，因护法军政府中派系斗争激烈，章“欲西行”，孙中山劝以“不当先去以失人望”，章太炎表示愿为军政府争取外援，到云南联络唐继尧。当他抵达昆明后，多次向唐继尧进言，促唐继尧东下，但唐继尧始终是托故不出。…
