当然，洪承畴受命招抚江南，也镇压屠杀许多江南抗清义军，斩杀了拥护明王室内的义士，如左佥都御史金声、大学士黄道周、明宗室长乐王朱谊石、瑞安王朱谊防、金华王朱由产、高安王朱常淇、瑞昌王朱谊贵等人领导的抗清武装。洪承畴遭到抗清人士的一致唾骂和谴责，金声、黄道周被俘时都痛斥他无耻变节，连他的母亲和亲弟弟洪承畯也面责他不忠。
洪承畴建议清延采纳许多明朝的典章制度，完善清王朝的国家机器，献计甚多，大多被顺治采纳，加以推行。如恢复明代的内阁票拟制度，以便大学士对用人行政等要务能有所指陈，六科也可以据以摘参，从而达到杜渐防微的目的。他还建议九卿科道会推督抚提镇官员实行保举连坐法，慎重用人行政。
为了巩固清政府的统治，洪承畴建议统治集团也须“习汉文，晓汉语”，了解汉人礼俗，倡导儒家学说，逐渐淡化满汉之间的畛域。顺治帝和洪承畴的一则对话：“上曰：‘朕试人之法，倍难宰（ 相 ）、（ 督 ） 抚 ，何术方不受欺 ？ ’对曰：‘敷奏以言，明试以功。’立论最为宏通，可以为法。上曰：‘ 如此看来，岂《虞书》还是不可不熟读。’对曰：‘岂《虞书》而已哉 ! 五经皆治天下之大宝也。’”
此外，他还举荐许多明朝官吏，倡兴北方水利，对当时政局的安定，经济文化的发展，都起了重大的积极作用。
历史评价
总评
洪承畴是明清之际的重要历史人物，也是一个有重大争议的历史人物。洪承畴本是明王朝的重臣，因镇压农民起义有功，官至三边总督、蓟辽总督。但在松锦战役中，洪承畴受明兵部尚书陈新甲掣肘，不能实现自己的战略思路；加上那时明王朝已经十分腐败，崇祯帝也不能给洪承畴以支持，导致松锦战役失败，他自己也被清军所俘。经过清帝皇太极的劝降，洪承畴审时度势，最后投降了清朝。他为清朝统一中国出谋划策，参与清朝中央佐理机务，在招抚江南、避免江南百姓生灵涂炭方面，起了重要的作用。在劝降郑芝龙、得以顺利进军福建时，被誉为“开清第一功”。从历史主义的观点看，洪承畴之所以成为明朝的重臣，是从镇压农民起义军发家的，不值得称颂；而他降清以后，成为清初的开国功臣，在促使清朝统一、缓和民族矛盾等方面，都是于国家于民族有益的，是应该肯定的。
历代评价
个人作品
洪承畴于明朝崇祯年间，曾辑有《古今平定略》12册。后人又辑有《洪承畴章奏文册汇辑》及《经略纪要》24卷。
