1923年，冯友兰学成回国，始任开封中州大学哲学教授，并兼任文学院院长。1925年又到广东大学任教授。讲授中国哲学史，同时还给美国人办的一所华语学校讲授《庄子》。1926年离开广东大学到燕京大学任教授。1928年，冯友兰讲授中国哲学史。抗战期间，任西南联大哲学系教授兼文学院院长 。1927—1937年，是冯友兰集中精力研究中国哲学史的时期。
1946年赴美任客座教授 。1948年末至1949年初，任清华大学校务会议主席 。曾获美国普林斯顿大学、印度德里大学、美国哥伦比亚大学名誉文学博士 。1952年后一直为北京大学哲学系教授 。
出席会议
冯友兰曾于1934年应邀出席在布拉格召开的“第八次国际哲学会议”，并在大会上作了题为《哲学在现代中国》的学术报告。会后，他又通过申请获准访问苏联。他怀着极大的兴趣和探究事实真相的心理，踏上了苏联的国土。冯先生后来回忆当时的情况时说：“关于苏联革命后的情况，有人把它说成是天国乐园，有人把它说成是人间地狱，我想亲自去看看究竟是个什么样子。”通过耳闻目睹，他得出了如下结论：“苏联既不是人间地狱，也不是天国乐园，它不过是一个在变化中的人类社会，这种社会可能通向天国乐园，但眼前还不是。”冯先生的这种印象是比较真实而不带任何偏见的。他还通过横向比较，得出了另外一种结论：封建社会“贵贵”，资本主义社会“尊富”，社会主义社会“尚贤”。
被捕审讯
回国后，冯先生根据自己的所见所闻作了两次正式演讲。一次是漫谈苏联见闻；另一次是以“秦汉历史哲学”为题，提出了以历史唯物主义的某些思想为基本要素的“新三统五德论”，集中论述了社会存在决定社会意识，社会意识反作用于社会存在的观点，这次讲演引起了官方的怀疑与不满。1935年十月底十一月初，他竟被国民党政府警方视作政治嫌疑犯予以逮捕、审讯。国民党此举引起全国哗然，人们纷纷提出抗议。迫于全国的民主势力，冯在被关押、审查数天后，遂被释放。对于这次事件，鲁迅先生曾在一封书信中愤然说到：“安分守己如冯友兰，且要被逮，可以推知其他了。”这次事件对冯的震动也颇大，但他并未因此而与国民党决裂，而是选择了更加谨小慎微的道路。
创新理学
1937年至1946年，是冯友兰学术生涯的关键十年，其新理学体系即在此间创制而成。
1937年卢沟桥事变爆发后，抗日战争全面展开，冯友兰虽身处后方，却心系国事，常为中华民族之存亡而忧心如焚，感慨凄凉。在暂避长沙时，他曾写过这样一首诗：“二贤祠里拜朱张，一会千秋嘉会堂。公所可游南岳耳，江山半壁太凄凉。”其忧国忧民之情溢于言表！1946年5月 西南联大的使命结束，冯友兰为西南联大纪念碑撰写了碑文。碑文气势磅礴，旨正意远，文采横溢，旅美史学家何炳棣称其为二十世纪的一篇雄文。冯友兰自己也很看重此文，晚年回忆说：“文为余三十年前旧作。以今观之，此文有见识，有感情，有气势，有词藻，有音节，寓六朝之俪句于唐宋之古文。余中年为古典文，以此自期，此则其选也。承百代之流，而会乎当今之变，有蕴于中，故情文相生，不能自已。今日重读，感慨系之矣。”
著书立说
1921年，在《新潮》杂志发表《柏格森的哲学方法》、《与印度泰戈尔谈话（东西文明之比较）》等文 。
1923年，发表《评柏格森的<心力>》（《新潮》3卷2期）、《为什么中国没有科学---对中国哲学的历史及其后果的一种解释》（《国际伦理学杂志》32卷3号）、《论“比较中西”（为读中西文化及民族论者进一解）》（《学艺》3卷10期）、《梁漱溟的<东西文化及哲学>》（哥伦比亚大学《哲学杂志》19期）等文章 。
1923年夏，冯友兰以《人生理想之比较研究》（又名《天人损益论》）顺利通过美国哥伦比亚大学博士毕业答辩，获哲学博士学位。是年秋回国后，沿博士论文方向写成《一种人生观》 。
1924年写成《人生哲学》，作为高中教材之用，在这本书中，冯友兰确立了其新实在主义的哲学信仰，并开始把新实在主义同程朱理学结合起来 。
1931年、1934年分别完成《中国哲学史》上、下册，后作为大学教材，为中国哲学史的学科建设做出了重大贡献 。
1937年，发表《哲学与逻辑》、《论民族哲学》等文章 。
从1939年到1946年7年间冯友兰连续出版了六本书，称为“贞元之际所著书”：《新理学》（1937）、《新世训》（1940）、《新事论》（1940）、《新原人》（1942）、《新原道》（1945）、《新知言》（1946）。通过“贞元六书”，冯友兰创立了新理学思想体系，使他成为中国当时影响最大的哲学家 。
二十世纪五六十年代是冯友兰学术思想的转型期 。新中国成立后，冯友兰放弃其新理学体系，接受马克思主义，开始以马克思主义为指导研究中国哲学史。著有《中国哲学史新编》第一、二册、《中国哲学史论文集》、《中国哲学史论文二集》、《中国哲学史史料学初稿》、《四十年的回顾》和七卷本的《中国哲学史新编》等书 。
他坚信：有着五千年文明之深厚基础的中华民族绝不会灭亡，困厄只是暂时的，很快就会过去，抗日战争胜利之日，就是中华民族及其文化复兴之时！正是凭此坚定信念，冯氏更加勤奋地钻研学问，埋首著述，潜心整理中国传统文化。从1939年-1946年，“贞元六书”出版的构成了一个完整的“新理学”哲学思想体系。关于冯友兰著此六书的深意，他在《新原人》自序中曾有明确的表述：“‘为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平’，此哲学家所应自期许者也。况我国家民族，值贞元之会，当绝续之交，通天人之际，达古今之变，明内圣外王之道者，岂可不尽所欲言，以为我国家致太平，我亿兆安身立命之用乎？虽不能至，心向往之。非日能之，愿学焉。此《新理学》《新事论》《新世训》，及此书所由作也。”这充分展现了冯氏的宏大抱负和深切愿望。
返回中国
抗战期间，任西南联大哲学系教授兼文学院院长。1946年抗战胜利，西南联大解散，清华大学返回北平，1946年冯应美国宾夕法尼亚大学邀请，任客座教授一年，集结其间讲稿出版《中国哲学简史》一书由纽约麦克米伦公司出版。1947年，解放战争节节胜利，冯友兰怕新中国成立后中美断交，于是，婉言谢绝了至亲好友的挽留，毅然决然地返回了祖国。
当选院士
1948年秋天，冯友兰回国后，当选为南京中央研究院院士，并被选为院士会议评议会委员。1949年初，冯友兰辞去本兼各职，并兼任中国科学院哲学研究所中国哲学史组组长，还被选为中国科学院哲学社会科学部常务委员，还先后被选为第二、三、四、五、六届全国政协委员和四届全国人大代表。然而，在学术上，冯友兰却很不顺利。在刚刚解放的1950年，哲学界即展开了对他的批判。在解放初的思想改造运动中，以及后来的历次反右运动中，冯友兰都首当其冲。不但其思想被当作唯心主义的代表而屡遭批判，其人也被打成反动学术权威而成为批斗的重点对象，倍受折磨。1956年当选为中国科学院哲学社会科学部常务委员。
文革岁月
1966年文革开始，冯亦受到影响。直到1968年11月18日，毛泽东在一次讲话中提到：北大有个冯友兰，搞唯心主义，我们若要懂点唯心主义，还要找他；还有个翦伯赞，搞帝王将相，我们若要懂点帝王
将相，也要找他。冯才得以离开牛棚，恢复自由。
1973年10月，北大、清华大批判组成立时，与周一良、魏建功等同被委为“梁效”写作班子顾问，“和群众一同批林批孔”。“梁效”分为写作组、材料组，后从材料组再分出一个注释组，组员由冯友兰、周一良、林庚、魏建功等学界名人，主要任务是为毛主席注释诗词， …
