弘治十二年（1499年）春，赴京会试，落第。十月，为汤文奂自号宜轩作记。同年，手录宋代洪迈《夷坚丁志》。
弘治十三年（1500年）正月，为新安罗惟善序其重刻十二世祖的《鄂州小集》。正月二十七日，书《黄庭经》。三月，撰《椿树秋霜序》题在唐寅《椿树霜图》卷后。八月，书《仰山堂铭》。十一月冬至日，序友人王锜所著《寓辅杂记》。十二月二十一日，余杭方祥卒，为其写墓志铭，其子方坤、方翼皆是祝允明的学生。
弘治十四年（1501年）二月，题顾氏所藏唐代怀素《千字文》卷。为太仓知州李端撰其父母合葬志。三月，苏州府重修湖川塘竣工，写文记其事。三月，撰书《太仓州儒学记》。五月，为友人撰《寿意图序》。八月，于嘉禾途中写《邓攸论》。同年，书《关公庙碑》。
弘治十五年（1502年）春，赴京会试，不第。二月，母舅徐世良卒，为
其写墓志铭《昭武将军上轻车都尉锦衣卫指挥使徐公碑》。八月一日，在南京为黄璋夫妇作《偕美赋》贺其生辰同年同月同日。同年，吴县知县邝璠离任，为其撰文。书有小楷《一江赋》。
弘治十六年《1503年》正月，姑父刘汝大的继室王妙庆卒，为其撰墓志铭。九月，南京汪宗道家藏书法名画丰富，赏玩一番。同年，题宋代米芾《九帖》。
弘治十七年（1504年）二月，与文徵明、唐寅出游东禅寺，为僧人书《饮中八倦歌》。三月十九日，友人钱腴卒，为其写行状和祭文。七月，吴宽卒，写诗哭之。同年，有行书《离骚》。
弘治十八年（1505年）春，赴会试，不第。四月，为亲家王观书《王氏复墓记碑阴》。七月，应王鏊及苏州知府林世远之聘，修《姑苏志》。秋，在修志馆，写诗和王鏊的《晚秋白莲》。与文徵明会于城南，互有诗作赠答。书《充齐记》、《听泉记》。书《招凤辞》于唐寅所绘《南游图》后。
正德时期
正德元年（1506年）二月，《姑苏志》初稿成。春，过沈与文家，
为其书《卢姬曲》。四月，王鏊以吏部左侍郎入阁，唐寅绘《出山图》，祝允明、徐祯卿、张灵等题咏以示庆贺。开始校刻《姑苏志》。赋《浩歌行》感叹人生年华易逝，功名富贵难成。
正德二年（1507年）正月十日，致书王鏊，述《姑苏志》校刻情况。二月，唐寅持所绘《高士图》请其书赞于其上。夏，往南京小住，有诗作赠沈与文。题元代赵雍《开月骐骥图》。六月，纳凉古寺，书刘基《二鬼》诗。秋，寓南京，为沈与文书自作诗。秋，与无锡华王呈共淳，啜敬漪澜堂，书杜甫的诗，撰《成趣园记》。秋，子祝续中应天乡试第一百一十一名。同年，有行书《芝庭记》、楷书《琵琶行》《宋玉诗赋册》、草书《宋玉钓赋》、《兰花咏》、《杜甫秋与八首》等。
正德三年（1508年），赴京会试，不第。朝廷请其修《孝宗实录》，辞不就。秋，与唐寅、文征明、沈周、杨循吉等送戴昭归家，有诗相赠。秋，书《严先生祠记》。十一月七日，好友朱应登之父六十寿，为其作铭。同年，子祝续在南京，写诗寄怀。
正德四年（1509年）二月，书王鏊所作《天平》、《一云》、《金山》、
《南峰》等诗。三月，好友王闻绘《存菊图》，为其作《存菊解》。三月下旬，到亲家王观家中，应其邀请为其书《雕赋》。初夏，与好友唐寅泛舟游玩。端午，题祖父祝颢、外祖徐有贞与友人《雪夜联句》手绩。九月下旬，书《前后出师表》。闰九月十三日，作《梦中为游山诗》。冬十一月，与好友王韦、顾璘、朱应登等宴饮于史后知山堂，庆祝朱应登升任延平知府。
正德五年（1510年）正月，吴越发大水，民不聊生，作《九愍》。二月，撰《梦草记》。四月十八日，书《洛神赋》于友人文徵明的《洛神图》上。夏五月，作草书《秋日月居赋》卷。六月，撰《梨谷记》。立秋，作《知秋赋》。中元，临米芾《龙真行》。七月，唐寅绘《古溪黄翁作寿图》撰文书其上。八月二日，临《黄庭经》。十一月三日，题孙育刻宋代陈少阳书法，题朱承爵所藏《眉山六帖》。同年，有作品《杂诗》、《问情赋》、《千字文》、《题石田杂花》。
正德六年（1511年）春，好友施儒入京会试，为其饯行。二月，
会试不中。长子祝续中进士，选为庶吉士，祝允明闻之甚喜，作诗几首。在京为虞来凤作《东山竹屋记》。秋，在镇江，应邀修镇江地方志。八月，在家著《野记》。九月，乡人刘度卒，为其写墓志铭。冬，与文徵明、朱存理、朱凯、邢参、陈淳宴于杨循吉家。
正德七年（1512年）闰五月二十六日，写诗寄怀。以《上俞都宪备贼事宜状》，陈南京守备之事。六月，断酒两年后第一次醉。七月二日，致书陆完，上平定刘六、刘七之计。八月十九日，书唐代李白的《问月篇》。十月，游淮楚，寄居在友人大河卫指挥使王廷瑞家。十一月，在淮阴为晋氏作《淮阴晋氏先德碑铭》。十一月十日，友人王廷瑞卒，写辞悼念。同年，有《江淮平乱诗什序》。
正德八年（1513年）花朝日，书唐诗六首。六月一日，作《江淮平乱事状》述刘六、刘七事件始末。七月，避暑山中，好友杨循吉持董源、李成、巨然、范宽的作品来访。八月，宿东禅寺，书《东坡记游》。十月，长子祝续得授官礼科给事中。
正德九年（1514年）二月，赴会试，不中。三月三日，赴好友施儒宴请，拒绝了施儒下科再考的劝告，七试不中，决心不再赴会试。由京返回，致书朱应登，以所编定的集子请其作序。四月十二日，友人华夏来访，请书《前后出师表》在其所藏的《武侯图》上。秋，赴京就选，得授广东兴宁知县。十一月，南下赴任，有诗述怀。
正德十年（1515年）三月，唐寅自宁王邸归吴，皈依佛教，自号“六如居士”，筑室桃花坞。暮春四月，祝允明作《杭州夏日以文会诸君従聘宅序》：“凡士居以学展策冯几，或受教圣贤，辨难英杰，闭户终日，恐一尘客挠也……”五月，祝允明小楷《前后赤壁赋》（现藏日本东京国立博物馆）。又作《乙亥五月五日王佥宪文明邀宴庐陵螺川驿楼观竞渡（七律）》。是年秋，祝允明赴兴宁县任。
正德十一年（1516年）五月二日，祝允明偶在县署之念慈斋避暑静坐，发现旧作《拟诗外传》数篇，遂书在素卷之上。八月，草书《米元章论书卷》。秋，书《待漏院记》。又作《陶渊明饮酒诗》。秋，作《越台诸游序》：“顾公丙子秋，来佥广东提刑按察事，至旬日即往潮州督捕漳州贼……”九月九日，祝允明作《丙子重九戏题》。十二月二十日，祝允明在兴宁县斋书《墨林藻海》一卷。冬，上司因允明催交秋税不力，停发他的官俸，作《归与》。祝允明应命修兴宁县志。十二月二十九日，做《正德兴宁县志序》，自谓：“冬，承台省檄治通志。辞不获。将自县趋召，因以意授弟子员刘天赐、王希贤、李庠、张天赋，使以殷书为本，征扣见闻，补漏匡误，迄于当时事为编以归，允明于舟中稍为芟除比联，以成书四卷。题曰：‘正德兴宁县志’。”
正德十二年（1517年）春日，祝允明过漕湖讲堂望鸿斋，见宋纸精美，作行书《古诗十九首》册并跋。某日，又作行书《连昌宫辞》等诗稿。六月二十七日，祝允明书《越台诸游序》。七月，祝允明行书《杨太真外传》。祝允明赴广东任职三年中，表弟赵某前往看望两次，饯别时祝允明作《广州别表弟赵二》相赠。九月，祝允明还兴宁县，二十七日夜渡头舟中作《将归行》，此时其继母在苏州、妻子在广州、儿子祝续在北京。祝允明在兴宁任上，作《上巡按陈公辞召修广省通志状》据文中所言，则文当作于“正德兴宁县志”修讫之后。祝允明在兴宁县任上，作《题黄山人诗巻》。
正德十三年（1518年）四月十九日，祝允明在潮州独往谒文公（韩）庙，浮桥上走到一半，又只有用小舟渡河，风雨交加，江水汹涌，小舟几乎不能渡，退到桥尾，风转厉，只有远远的看着遥拜返回，因此作《望韩》。七月廿三日，记叙有《游浮罗记》。…
