建阳元年（1896年）2月11日，李坧随其父高宗乘坐妇女轿子逃出了被日本人控制的宫廷，来到俄国驻朝公使馆避难，史称“俄馆播迁”。高宗下令逮捕亲日大臣金弘集等人，至此亲日内阁垮台，李范晋、李完用为首的亲俄派掌握政权。高宗和太子李坧在俄国人及亲俄派的压力下被迫居住在俄国公使馆中一年之久，其间大量国家主权被亲俄派出卖。建阳二年（1897年）2月20日，高宗终于搬出俄国公使馆，偕太子李坧来到庆运宫（今德寿宫）。8月，改是年为光武元年，光武元年（1897年）10月12日，李熙自称皇帝，改国号称“大韩帝国”。王太子李坧被封为皇太子。
高宗为了培养这个软弱的儿子，遂于光武二年（1898年）6月29日开大元帅府，高宗亲自任大元帅，统辖陆海各军，皇太子李坧为陆海军元帅。 此时的李坧虽然寡言少语，对政务鲜有介入，但他的地位和身份决定了他难以摆脱政治阴谋和伤害。光武二年（1898年）9月13日，发生了所谓的“茶毒事件”，亲俄派官员金鸿陆指使御膳厨师孔洪植和金钟浩在进呈给高宗和太子的咖啡中下毒，高宗感觉咖啡味道怪异而没喝，太子接过杯子喝下少许，竟然昏厥在地，高宗大惊，急命御医抢救。后来金鸿陆等三人都被逮捕并判处死刑。但李坧在中毒倒地时摔断了两颗门牙，并且毒药永久地损害了他的脑神经和身体，以致他的身体更加虚弱。
此后，太子又负责接待德国亨利亲王，操办高宗五十大寿，这都是高宗对他寄予厚望而命他进行的活动，以此来锻炼太子。当时严淳妃（纯献皇贵妃）专擅，于光武五年（1901年）指使群臣伏阙上疏，要求册立严妃为皇后，掀起一场立后风波。高宗虽然非常宠爱严妃，但考虑到如果立严妃为皇后，将会伤害太子的心灵，所以最终没有同意。光武八年（1904年）11月5日，太子妃闵氏去世。两年后又娶尹泽荣之女为妻，是为朝鲜半岛历史上唯一一位生前做皇后的纯贞孝皇后。
此时已经爆发了日俄战争，日本再次控制韩国。日本打败俄国以后，于光武九年（1905年）11月17日强迫大韩帝国政府签订《日韩保护协约》（乙巳条约），剥夺了韩国的外交权，使韩国沦为日本事实上的殖民地。高宗在被日本人监视的情况派密使李相卨、李儁、李玮钟前往荷兰海牙参加第二届万国和平会议，不料其亲笔信和委任状被日本发现后，日本驻韩统监伊藤博文指使李完用（此时由亲俄转向亲日）、宋秉畯等奸臣进行逼宫，以违背《乙巳条约》为由，强迫高宗退位。光武十一年（1907年）7月19日，高宗宣布“军国大事由皇太子代理”，日本人仍不罢休，载来6门大炮对准庆运宫，强迫高宗退位。7月20日，在日本人和亲日派的操纵下，代理听政仪式转变为禅让仪式，并以“权停例”的形式举行，即皇帝、太子都不出席，而由宦官做替身代行，并匆忙结束了仪式。8月2日，李完用上“隆熙”、“太始”两个年号，李坧决定以“隆熙”为新年号。 在这样迫近亡国的危急时刻，做了三十年储君的李坧继承了大韩帝国皇帝宝座。
傀儡皇帝
李坧受禅后4日，日本又强迫韩国政府签订新的日韩协约，史称《丁未七款条约》（第三次日韩协约）。根据这个协约，韩国的司法权被剥夺，军队也与8月1日以纯宗诏敕的形式宣布解散。这个条约引发了反日义兵运动的高潮，但大韩帝国已是无可奈何花落去，被日本吞并只是时间问题罢了。高宗本来就是以“代理”的名义让纯宗接管政务，从来没有传位于纯宗，而是在日本人和亲日派的操纵下才变成“让位”，因此纯宗的皇位可以说是非法的。另一方面，纯宗时期所颁布的重要诏敕和法令，都不是纯宗自己的签名，而是日本的韩国统监府伪造的，伪造纯宗签名的人叫前间恭作，这个事实已由韩国首尔大学李泰镇教授详细考证。 因此，纯宗做了三年皇帝，既是不合法的，又是完全任人摆布的傀儡，没有丝毫的实权。
隆熙元年（1907年）8月16日，纯宗下诏说：“朕之将施政改善、图一世维新，必始自朕躬。当于即位日断发戎装，臣民知悉，克遵朕意。” 8月27日，纯宗身穿西式制服，在庆运宫中的一座西洋式宫殿——惇德殿举行即位式，正式登基为帝。这种西式即位仪式在朝鲜半岛历史上也是破天荒的一次。前太子妃闵氏（闵台镐之女）被追尊为纯明孝皇后，太子妃尹氏被封为皇后。此时纯宗已经34岁了，可一直没有子女。从长幼排序来说，理应由义亲王李堈继承皇位，可是高宗的严贵妃趁机结纳日本人，仗日本之势要求立其子英亲王李垠为纯宗后嗣。于是
李垠便于隆熙元年（1907年）9月7日被册封为纯宗的皇太子。同年11月13日，纯宗、皇后和太子在日本的压力下移居昌德宫，庆运宫（德寿宫）则留给高宗单独居住。日本之所以如此，为的就是割裂韩国皇室的关系。而瓦解韩国皇室的举动，并非只有这一个。
隆熙元年（1907年）10月16日，日本皇太子嘉仁（后来的大正天皇）访问韩国，韩国皇太子李垠亲自去泥岘御旅迎接，纯宗下诏热烈欢迎。 这份事实上是韩国皇室被吸收进日本皇室的先兆。嘉仁走后，日本的韩国统监伊藤博文就一直对纯宗和高宗软硬兼施，强迫他们将十岁的皇太子李垠送到日本留学，并说日本太子既然来了，韩国太子也该到日本去。11月19日，纯宗下诏将太子李垠送到日本留学，并封伊藤博文为太子太师，内阁总理大臣李完用为太子少师。此后伊藤博文在韩国的称呼又变为了“伊藤太师”。李垠被送走时，太皇帝高宗只能挥泪告别，而纯宗皇帝对此自然也是无可奈何。至此，韩国皇室被日本弄得七零八落，已经没有一点反抗的能力了。
隆熙二年（1908年）是义兵运动最炽盛的一年，这年2月，各地义兵一度包围汉城，但被日本击溃。此后日本调集大量兵力，镇压义兵运动。在这一年中，各地义兵斗争被日军次第削平，已经很难形成气候了。在这种情况下，伊藤博文建议纯宗皇帝南巡，安抚民心，而伊藤的真实目的则是“欲使南北韩民知道，除了信赖我之外别无他途”。 隆熙三年（1909年）1月7日，纯宗乘坐汽车自汉城南大门出发，南巡大邱、釜山、马山浦，宫内府大臣闵丙奭以下大批韩国大臣及伊藤博文等多名日本人陪从。到釜山时，一度谣传日本人要把纯宗绑架到日本去，于是数万釜山市民围堵在港口，呈抵死护驾之形，很快辟谣后就解散了。 纯宗到达釜山海港时，一些渔民一齐驾驶五六艘船包围成一圈，大呼道：“陛下若东渡，臣等一齐赴水死，不忍见吾君被俘也！”岸上陪驾众臣急忙辟谣，说得唇干舌燥，那些渔民才离开。据说伊藤博文在陪纯宗巡游釜山时趾高气扬，下车仗剑向群众问道：“吾伊藤博文也，有欲杀之者乎？”群众不敢回答，有一人高声回答：“没有！”伊藤因此更加得意。 他还在途中作了首诗：“日照金銮瑞色新，庆南草木始逢春。悲歌亡国腐儒事，不许乱民轻帝钧。”陪驾诸臣纷纷相和。 伊藤又到马山浦，对群众演讲日韩两国的友谊，群众听了怒不可遏，伊藤后悔了，还没说完就走了。 南巡6天后，纯宗一行又乘坐汽车返回汉城。
南巡刚结束，纯宗又开始西巡，隆熙三年（1909年）1月27日，纯宗一行乘汽车西巡平安道，伊藤博文亦陪同。这次西巡的规模比南巡更大，纯宗一行途径开城、平壤，一直开到中韩边境的义州。2月3日返回汉城。在这次巡幸中，不时传出暗杀伊藤博文的传言，甚至还在开城发生爆炸事件。 这个月，韩国统监府强迫成均馆儒生剃发。
隆熙三年（1909年）6月14日，伊藤博文归国，复任枢密院议长，曾祢荒助继任韩国统监，仍然对纯宗为首的皇室进行严密监控。此时韩国政府已经完全被日本架空，在韩国各级政府中担任重要职务的日本人就有2480人。是年10月26日，伊藤博文在中国哈尔滨火车站被韩国青年安重根击毙。以安重根击毙伊藤博文为契机，日本朝野大力鼓吹立即吞并韩国，韩国亲日组织“一进会”也掀起了“合邦请愿运动”，延续五百多年的朝鲜王朝终于走到尽头。…
