扶病远征
冯子材从越南撤兵回国后，“奉旨”督办钦廉一带防务，并会办广西一带防务，重点对付法国对西南边疆的侵略。中法战争结束后，冯子材奉旨督办广东钦廉（今属广西）防务。旋获太子少保衔，三等轻车都尉世职。之后，冯子材奉命到海南岛镇压黎民起事，同时为当地经济、文化开发事业做了不少好事，被补授云南提督，旋赏兵部尚书衔，继续留办粤防。
光绪十二年（1886年），他率军赴海南岛，镇压黎族人民起义。
光绪二十年（1894年），中日战争爆发，他又率军北援，驻节镇江，以备调遣。冯子材在中法战争中的赫赫战功，受到朝野各派的瞩目。甲午战争爆发后，冯子材请缨北上抗日，获准赴江南办防。途中闻《马关条约》签署，中国赔款失地，悲愤中电请北上决战，未果。1901年，冯子材遭人暗算，被调离云南，改任贵州提督，他愤而告假，随之开缺。
光绪二十二年（1896年），中英片马争界交涉事起，冯子材奉命赴云南提督任，争回片马，稳定了云南局势。
光绪二十四年（1898年）戊戌变法期间，维新派领袖康有为曾建议光绪皇帝调他入京统带京营。次年，冯子材赴云南提督任，统领全省防营。
义和团运动爆发后，他一度上书，请率数营入京勤王。但当时中国政治变化迅速，无论是“帝党”还是“后党”，都没有借用上这支力量。
光绪二十九年（1903年），钦廉一带会党蜂起，两广总督岑春煊又想到了冯子材。年已86岁的冯子材又起身田间，会办广西军务兼顾广东钦廉防务。夏间行军，途中中暑，牵引旧伤，在南宁行辕辞世。
个人作品
《军牍集要》
史书记载
赵尔巽·《清史稿·卷四百五十九·列传二百四十六》
后世纪念
故居
故居又名宫保第，在钦州市钦州镇白水塘村，是冯子材退居时住所。
故居建于光绪元年（公元1875年），占地面积64350平方米，是冯子材重组萃军开赴抗法前线的总部。
墓址
冯子材之墓，位于钦州市钦南区往合浦旧公路13公里沙埠镇泥桥村东北100米的小山丘上。叙冯子材片平及南关大捷事，今无存。
广西壮族自治区人民政府于1981年公布该墓为广西壮族自治区文物保护单位，并拨款修复。
艺术形象
2014年动画片《英雄冯子材》，袁国庆配音冯子材。
2015年电视剧《冯子材》，马少骅饰演冯子材。
人物评价
名人评价
康祖诒：前敌之宋庆、魏光焘、李光久，宿将才冯子材，并一时人望，可咨以将才，假以便宜，悉用选厉以仇耻。
蒋金晖：冯子材自1870年察觉到法国觊觎中越的野心,一直到1900年的30年间,无论是在镇南关战场上的与法军兵戎相见,抑或是在中法划界、海南岛平乱、督办钦廉防务,乃至甲午战争、庚子事变等各种军事行动中,他心中的抗法情结一天都没有释怀,显示了一个处处以国家社稷为重、寸土不让祖国河山的民族英雄的本色。
史书评价
《清史稿·冯子材传》：子材躯干不逾中人，而朱颜鹤发，健捷虽少壮弗如。生平不解作欺人语，发饷躬自监视，偶稍短，即罪司军糈者。治军四十馀年，寒素如故。言及国梁，辄涔涔泪下，人皆称为良将云。
《清史稿·王孝祺传》：在镇南关决战前夕，因主帅潘鼎新不在前敌，众将推举冯子材为主帅。其实这是讹传，潘鼎新自始至终参与了镇南关战役，冯子材当时只是副帅。但是，正是在这种情况下，冯子材充分发挥了他的军事才干，说服主帅，动员全军集中兵力对敌，从而取得了名震中外的镇南关大捷。看待一个人的爱国主义需要就事论事，这种爱国主义情绪是一定历史条件的升华和凝练。
