其后太平天国的苏、浙基地均被湘军和淮军攻克，南京城外营垒亦尽陷敌手。洪秀全其时已患重病，他拒绝了李秀成的弃城出走建议，期望上帝降奇迹赐福于太平天国从而战胜清军。但随着天京的防务日渐危急，洪秀全的幻想终告破灭。
去世
1864年6月1日（同治三年四月二十七日），洪秀全去世。其子洪天贵福继承其位。其臣属用锦绣绸缎包裹他的遗体，藏在宫内，秘不发丧，十余日后方宣之于众。
7月19日（六月十六日），天京（今南京）陷于清军，太平天国首都被攻入，太平天国灭亡。
主要成就
政治
洪秀全领导的太平天国运动致使清王朝绿营制度被彻底抛弃，而汉族地主例如曾国藩李鸿章成为清王朝的中坚力量。同时清王朝被迫引进西方先进武器来剿灭所谓叛乱，因此洪秀全领导的活动也是促成晚清洋务运动的重要因素之一。
1859年（咸丰九年）洪秀全颁布了洪仁玕为仿效西方资本主义国家而写的《资政新篇》一书。这是后期太平天囯的重要政纲，说明他在对待资本主义的态度上，较同时代的地主统治阶级思想开明，眼界开阔。
军事
洪秀全依靠拜上帝会的煽动力以及清王朝后期尖锐的社会矛盾，打造了太平军这一支劲旅。1853年（咸丰三年）2月 ,太平军由武昌东下江南 ,帆幔蔽江 ,炮声遥震 ,沿江州邑 ,莫不望风披靡 。 3月20日 ,太平军挟千里席卷之势 ,长歌涌入金陵 ,开始建造“人间小天堂”。在此后的10多年时间里 ，太平军继续西征、北讨和东进 ，战火燃遍了大半个中国。狂飙所及，庐舍为墟。
经济
洪秀全颁布了《天朝田亩制度》，提出改变土地制度和其他改革社会的措施。其内容表现了农民反封建的要求和解决土地问题的强烈愿望。纲领内容的完备性和深刻性，使太平天国革命达到了中国历代农民革命所能达到的最高思想境界。提出“有田同耕、有饭同食”的平分土地的施政方案，显现出改革社会制度
的进步思想。与此同时，他尚致力确立天朝的政治、经济、思想文化体制，力图建立起一个符合其阐释改造了的基督教神学精神的新型社会。
定都天京后，洪秀全积极地实施对外贸易政策，并开展正常对外贸易。对外贸易方针是积极开发，平等互利，独立自主，与清政府闭关自守，投降媚外，丧权辱国等情况形成鲜明对比。对鸦片输入态度很强硬。1854年（咸丰四年），杨秀清在致英使的信中谈到通商时写道：“不惟英国通商，万国皆通商。四海之内皆兄弟也，立埠之事后方定，害人之物为禁。”给侵略者当头一棒。1863年（同治二年），上海港出口茶叶为1200万磅，比1858年（咸丰八年）翻了一番。1862年（同治元年），在上海报关的轮船180艘，上海港进口关税收入为3370114两，两码头收入51960两，极其繁荣。
文化
在服饰方面，洪秀全领导的太平天国是中国唯一具备服饰制度的农民政权。在服饰上，既继承了传统遗制，又有所创新，形成了一套独特的衣冠服饰制度。
在意识形态方面，洪秀全把矛头指向了封建王朝的精神支柱孔孟之道，反对封建等级制度，提倡平等思想。
民族
洪秀全极度仇视满族统治者。从金田起义揭竿而起，洪秀全就把斗争矛头指向清王朝，最终沉重打击了满族统治者。
太平天国实施剪辫子政策，力求摆脱民族奴役的阴影，这对近代革命家而言是颇具鼓舞性的。
外交
洪秀全在位期间先后命杨秀清和洪仁玕主持外交。与外国多有联络友善。
人物评价
总评
进入二十一世纪后，对太平天国的研究从一个极端走向另一个极端，往往过于偏颇，否定太平天国、替曾国藩翻案的观点被炒得沸沸扬扬。认为太平天国宗教是邪教的说法在立论上存在着极其明显的破绽。首先对太平天国宗教缺乏应有的研究和了解，而是避重就轻、裁剪史料，片面罗列一些所谓的史实，采用以点代面的方式来全盘否定太平天国。不能因为洪秀全的一些失误就否定太平天国所有的人，对于太平天国进行笼统的否定并非客观的研究、而是随意裁剪拼凑史料。对于不同的时间、不同的环境、不同的事件，应分别评论。
对洪秀全的评价要和太平天国的评价联系起来，他创立了拜上帝会，领导了中国历史上规模最大、历时时间最长的农民起义运动，在南京建立了和满清政府相对抗的革命政权。动摇了清政府的腐朽统治基础，还具有反帝的性质，从这方面来讲，洪秀全也是人雄了。不过他在建立起政权之后，开始乐享其成，不思进取，最终太平军内部争权夺利，失败而终。从这方面来说，洪秀全也没有逃出权力欲望，缺乏足够的远见和意志力。但总体而言，洪秀全仍不失为时势所造的英雄。
史书评价
《清史稿》：“秀全以匹夫倡革命，改元易服，建号定都，立国逾十馀年，用兵至十馀省，南北交争，隐然敌国。当时竭天下之力，始克平之，而元气遂已伤矣。中国危亡，实兆于此。成则王，败则寇，故不必以一时之是非论定焉。唯初起必讬言上帝，设会传教，假“天父”之号，应“红羊”之谶，名不正则言不顺，世多疑之；而攻城略地，杀戮太过，又严种族之见，人心不属。此其所以败欤？”
历代评价
近代
孙中山：“洪秀全未成而败，清人贬之为寇，而我们4人（指孙中山、陈少白、尤列、杨鹤龄）的志向正如洪秀全一样，那么，我们4人倒成了清廷的‘四大寇’了。”
孙中山又在《太平天国战史》序中称：“朱元璋、洪秀全各起自布衣，提三尺剑，驱逐异胡，即位于南京。朱明不数年，奄有汉家故土，传世数百，而皇祀弗衰；洪朝不十馀年，及身而亡。无识者特唱种种谬说，是朱非洪，是盖以成功论豪杰也。”
蒋中正：“往者，洪杨诸先民，崛起东南，以抗满清，虽志业未究而遽尔败亡，而其民族思想之发皇，轰轰烈烈，在历史上足以留一重大纪念焉。”
白崇禧：“按洪、杨诸子起自田间，揭竿举义，纵横十余省，历时十余年，改正朔，易服色，定制度，开科举，建国规模，亦已粗备。虽胜败靡常，兴亡飙忽，然民族思想之磅礴，奇材异能之荟萃、革命建设之伟大，新制善政之措施，炳炳麟麟，至今犹有生意。”
章太炎：地狱沉沉二百年，忽遇天王洪秀全；满人逃往热河边，曾国藩来做汉奸。洪家杀尽汉家亡。 --《逐满歌》节选
现当代
毛泽东：洪秀全等人代表了“在中国共产党出世之前向西方寻找真理的一派人物”。
苏双碧：洪秀全是近代史上向西方学习的先进人物，尽管“在洪秀全的思想领域中，既有新的资本主义的思想因素，又有浓厚的、传统的封建色彩”，但“他制定了《天朝田亩制度》这个崭新的农民革命纲领，提出解决土地问题的方案，“在历史的进程中作出了新的贡献，不承认这些，就无法解释他为什么赞成洪仁玕指出的旨在发展资本主义的《资政新篇》的事实。”
杜经国：西方的真理就是资产阶段民主主义，洪秀全开始向西方只找到了一个“皇上帝”，与西方资产阶级的民主主义毫不相干。到后期，他越来越倾向于宗教迷信与封建特权，因而更不能转向资本主义。
王凡：洪秀全不是向西方寻找真理的代表人物，他“发动革命所采取的舆论说教是农民意识的反映”，洪秀全的“平等思想并不是随着西方基督教传入中国的，这种观念在中国古典经史上早有记述”，它“同西方的平等思想有本质的区别”，洪秀全在政权建制及政治观念方面也是与近代西方背道而弛的。
简又文：以破坏性及毁灭力论，太平天国革命运动，仅亚于现今日本侵略之一役耳。
轶事典故
名字来源
“洪秀全”原名洪仁坤，后参加科举考试，接连三次都没有考中。第三次科举失败后，就在家里病倒了，四十天卧床不起，久治不愈，为了身体早日康复，便改名为“洪秀全”。洪秀全这个名字后来在其建立“拜上帝教”时，既成为一个联络暗语，又是一个政治谶语。其姓“洪”由“三八二十一”组成，这个“三八二十一”就是“拜上帝教”的联络暗语、立会之号。其名“秀全”两字是由“禾”、“乃”、“人”、“王”组成，因“禾”字与“我”字读音相近，而读作“我乃人王”，也就是说，洪秀全是上帝派来的领袖。…
