三位一体的存在并不与现实世界分割，相反的，三位一体的存在便是用于传递上帝的启示以及美德给人类。而这种传递则是透过化身而成的耶稣基督以及透过内心的圣灵（三位一体本身的精髓），并且由那些有被上帝救赎经验的人所进行。
耶稣基督
在《神学大全》里，阿奎纳也讨论到了耶稣基督，他首先讲述了圣经里亚当和夏娃的故事，并且描述人类原罪的负面结果。耶稣基督化身的目的是为了恢复人类的本质，协助人类移除他们身上“原罪的污染”。“神圣的智慧认为上帝应该化身为人，以这个单一而相同的化身改变人们并且提供救赎。”
阿奎纳也批评了当时许多对耶稣基督抱持不同观点的历史神学家。在回复异教徒Photinus时，阿奎纳指出耶稣是真的出自神授的，而不只是一个凡人。另一个异教者聂斯脱里认为上帝只不过是寄居了耶稣的肉身，阿奎纳则回复道上帝的完整乃是耶稣的存在所不可或缺的一部分。不过，阿奎纳也曾主张耶稣具有一个真正的（理性的）人类灵魂。这个说法使得耶稣有了双重的本质，也使阿奎纳与阿利乌的理论产生矛盾。阿奎纳也反驳了欧迪奇所提出的双重本质在化身耶稣结束后依然存在的主张。阿奎纳认为这两个本质是同时存在的，但在同一个人类躯体里却是可以清楚辨别的，这个说法也与摩尼等人的理论产生差异。
简而言之，“基督有一个与我们相同本质的真实躯体、一个真实的理性灵魂，但除此之外还多出了完美的神性。”也因此，耶稣基督是统一的（三位一体）、但也可以是多重的（两个本质、肉身和神性的理论）。
存在目标
在阿奎纳来看，人类存在的目标是要与上帝结合并且建立永恒的连结。更具体的说，这个目标可以透过“乐福直观”（beatific vision）达成，乐福直观代表的是当人了解到上帝的本质，因而获得了完美、无止尽的幸福的境界。这个境界是在死后才能达成的，是由上帝给予那些在世时透过耶稣基督教诲而获得了救赎和赎罪的人的礼物。
这个最终的目标也与人在世时的作为有关。阿奎纳指出个人的意志必须被指挥朝向正确的方向，例如慈善、和平、以及神圣，这是达成幸福的途径。阿奎纳以幸福的观念作为他有关道德生活的理论的轴心。意志与目标在本质上是互相联系的，因为“意志的正直可以指挥人类正确的走向最后的目标（乐福直观境界）”。那些真正试图了解并发现上帝的人也必然会爱慕上帝所爱慕之事物，这样的爱慕则需要人在每个行为的选择上坚持贯彻道德并承受结果。
人物影响
许多现代的伦理学家，包括天主教徒或非天主教徒在内，开始主张阿奎纳的美德伦理概念可能可以用作取代康德的功利主义学派。透过许多20世纪的哲学家，例如伊利莎白·安司孔（Elizabeth Anscombe）等人的著作，阿奎纳在有关行为意图的理论上也变的相当具影响力。
值得注意的是阿奎纳的美学理论，尤其是“明白”（claritas）的概念，极大的影响了现代作家詹姆斯·乔伊斯的文学风格，乔伊斯赞美阿奎纳是西方哲学里排名第二的哲学家，仅次于亚里士多德。阿奎纳的美学概念的影响也可以在意大利符号学家翁贝托·埃可的作品里观察到，埃可也写了一篇有关阿奎纳的美学概念的论文。
数个世纪以来有许多阿奎纳的传记被出版，其中最知名的是由却斯特顿写成。
托马斯的神学和哲学思想，集中概括在他的主要著作《神学大全》中。这部标志托马斯主义的著作分为三部分，包括38篇论文，631个问题，3000个条目和10000个异论，是一部中世纪经院哲学的百科全书。除此之外，托马斯的著作还有：《伦巴德箴言四书注释》、《论存在与本质》、《反异教大全》、《亚里士多德形而上学注释》等。
认识论
托马斯的认识论思想基本上是继承亚里士多德的观点，而表现出明显的反柏拉图的倾向。他从知识与信仰的区分出发，在神学范围内探讨了人的认识能力所占据的地位，分析了感性与理智的关系，并提出了自己的真理观。
在托马斯看来，认识对象是和认识能力相应的。据此，托马斯将认识能力分为三种：第一种认识能力是感觉，它是一种物质机体的活动。每一感觉能力的对象都是存在于有形物质中的一种形式，这样的物质是个体化的本原，所以这种感觉的认识能力所取得的知识只能是个体的知识。第二种认识能力是天使的理智，这种认识能力既不是一种物质机体的活动，也和有形体的物质没有任何关系。这种认识能力的对象是脱离物质而存在的一种形式，天使的理智虽然也认识物质事物，但也只是从非物质事物（或从自身、或从上帝）的地位去认识。第三种认识能力是处于中间地位的人类理智，它不是一种机体的活动，而是灵魂的一种能力。此种认识能力用对种种影像进行抽象的方法来了解物质事物，从而通过这样的了解物质事物来获得某些非物质的事物的知识。在这三种认识能力中，属于人的认识能力是感觉和人类的理智。
关于感性与理智的关系，托马斯结合认识的发展过程来加以考察，指出：第一，知识来源于感觉。感觉通过感官与外物接触，主体接受客体而产生一种近似的“感觉印象”。这种印象被感觉传达到内部感官，将其分析、整理、综合成“形象”而获得具体的、个别的事物的认识。第二，人的认识并不能仅停留于个体的知识，停留于感性认识，还必须深化到理性认识，从而从个别物质中去认识其形式。第三，人类的理智分为“主动的理智”和“被动的理智”。主动的理智是灵魂的能动活动，它用抽象的方法去掉“形象”中有关感性的个别性、特殊牲成分，取出本质的普遍性、必然性，获得理智认识的理解形式即“理解印象”。“我们是以我们称为主动的理智的更高贵的主动力，采用抽象的方法，把从各种感觉所接受的幻象变成现实上可以理解的”。这种“理解印象”又被传达到“被动的理智”而成为“理性印象”。被动理智又去认识它，接受它，此后由被动转为主动而产生出“表象”。这种“表象”实际上就是概念。第四，因此，就感性和理智的关系而言，“理智的知识是由感觉引起的，但幻象不能凭自己使可能的理智有变化，它还必须依靠主动的理智来使自己变为在现实上可理解的。所以，决不能说感性认识是理智知识的总原因或全部原因，它只是在一个方面可作为原因看待”。
关于对真理的认识，托马斯指出，真理只在理智之中，理智中的真理就在于理智和所了解的事物一致。但这种一致有两种变化方式：一是事物并没有变化，但人对这事物的意见都发生了变化；二是事物发生了变化，但人对它的意见还保持原样。在托马斯看来，这两种变化方式都是从真实变为错误，因此，在人类理智中的真理之外，还需要有上帝理智中的真理。“上帝的理智中的真理是不变的”，它是一切物质事物赖以称为真实的真理，是完全不能变化的。
哲学与神学
关于哲学与神学的关系，托马斯的老师大阿尔伯特认为，哲学的问题只能以哲学的方式来处理，而神学问题，例如三位一体、道成肉身、创世复活等，是自然的理智所无法理解的，因而只能用神学的方式来处理。托马斯从这种思想出发，进一步探讨了哲学与神学的关系，并进而得出了“神学高于哲学，哲学是神学的奴仆”的结论。
首先，托马斯继承老师大阿尔伯特的思想，具体论证了“除了哲学真理以外还需要有神学真理”。针对“有人反对在哲学以外还需要其他理论”的观点，托马斯认为，除了哲学理论以外，为了拯救人类，必须有一种上帝启示的学问。这是因为：第一，人都应该皈依上帝，皈依一个理智所不能理解的目的。所以，为了使人类得救，必须知道一些超出理智之外的上帝启示的真理；第二，即使人用理智来讨论上帝的真理，也必须用上帝的启示来指导。因为“凡用理智讨论上帝所得的真理，这只能有少数人可得到，而且费时很多，还不免带着许多错误。但是，这种真理的认识，关系到全人类在上帝那里得到拯救，所以为了使人类的拯救来得更合适、更准确，必须用上帝启示的真理来指导”。…