晚年较多画牡丹，以鲜艳的胭脂红设色，含有较多水分，再以茂密的枝叶相衬，生气蓬勃。荷花、水仙、松柏也是经常入画的题材。
菜蔬果品如竹笋、青菜、葫芦、南瓜、桃子、枇杷、石榴等也一一入画，极富生活气息。推崇周闲果蔬风格，作品色墨并用，浑厚苍劲，对于近世花鸟画影响深远。
主要绘画作品：《天竹花卉》《紫藤图》《墨荷图》《五月枇杷图》《杏花图》《花卉十二屏风》《梅花》《花卉四屏》《牡丹》《兰石图》《松石图》《花卉》2幅《紫藤图》《杂画册（之—、二）》《依样》《天香露图》《杞菊延年》《泥盆菊草图》《牡丹图》《牡丹水仙图》《大富贵》《佛像图》《富贵神仙图》《红梅图》2幅《蔷薇芦桔图》《秋艳图》《三千年结实》《人物》《三千年结实之桃》《神仙福寿》《石梅》《石竹图》《松梅图》《岁寒交图》《桃实图》《瓜果》《灯下观书》《姑苏丝画图》等。
特点
①金石气息：吴昌硕绘画艺术的第一大特色是有金石气息。所谓金石气息，指的就是钟鼎上所铸的金文与刻在石碑上的文字所具有的味道。人们常说谁谁的画作有金石气息，其实这种评论标准都是从吴昌硕的绘画风格出现以后才有的。比如，人们在谈到徐青藤、八大山人时，就从来没有听说过评价他们的画作有金石气息。
②笔力雄浑：吴昌硕绘画艺术的第二大特色是笔力雄浑。所谓笔力雄浑，指的就是其画作中的笔触朴拙、苍茫、老辣，极具浑圆、雄强的力量感。人们常说吴昌硕绘画的气息很厚、很重，按照书画圈儿里人的说法就是“笔头子”很大。所谓“笔头子”很大，并不是说他用的毛笔很大，而指他笔下的气息非常浑厚，一笔下去，浑金璞玉，力透纸背，又意蕴丰富、气象万千。
③设色浓丽：吴昌硕绘画艺术的第三大特色是设色浓丽。过去人们总是说中国画不能搞那么多颜色，用太多颜色容易俗气。不过，张俊东却指出，吴昌硕绘画的用墨就特别浓，设色也特别大胆，特别鲜艳和浓丽。比如，吴昌硕画过很多牡丹，很多都是大红大紫的，但是却不会让人觉得俗气，而且非常有文人的那种风骨。所以张俊东认为，中国画设色的关键不在多少，而在谁来用以及怎么去用。
④富于变化
吴昌硕绘画艺术的第四大特色是笔法和墨法富于变化。这里边又体现在几个方面。张俊东举例介绍说，比如吴昌硕在画菊花时，可以将一朵菊花无论是正面的，侧面的，静态的，动态的，都能画得非常丰富。
书法
吴昌硕的楷书，始学颜鲁公，隶习汉代石刻，篆学石鼓文
。行书学黄庭坚、王铎。
吴昌硕书法作品，以篆书、行草为主，晚年所书隶书，结体变长，取纵势，用笔雄浑、饱满，具有篆书痕迹，将篆、隶溶为一体，形成独特面貌。
吴昌硕的隶书遍临《汉祀三公山碑》《张迁碑》《嵩山石刻》《石门颂》等汉碑。中年以后，博览众多金石原件及拓本，选择石鼓文为主要临摹对象。数十年间，反复钻研，故所作石鼓文凝练遒劲，风格独特。60岁后所书尤精，圆熟精悍。喜将石鼓文字集语书写对联。晚年以篆隶笔法作草书，笔势奔腾，苍劲雄浑，不拘成法。
《西泠印社记》是吴昌硕71岁时为纪念西泠印社成立而书写的碑文，辞章与书法俱佳，是吴昌硕人书俱老时期小篆艺术风范的杰作。
诗文
吴昌硕善作诗文，苦吟数十年，未尝间断。其诗文，奇崛古朴，用典较多，不甚通俗。但有些绝句纯用白描手法，活泼自然，接近口语，具有明丽俊逸的特点，风格上与民歌很相近。有些绝句则活泼自然，接近口语，时含有讽刺意味，抒发生活实感。所作题画诗寄托深远，颇有浪漫主义气息；评论前人书画，尤多独到见地。早年所作五古，有一部分含有讽刺意味，揭露了当时黑暗社会某些不平现象。他的散文作品写得不多，大都是序跋、考证和题画小品之类，写的都很朴质淳厚，平易近人。题画小品中尤多精心之作。发抒生活实感，鞭挞丑恶现象，颇能以少胜多；读时依稀与作者一灯相对，娓娓而谈，意味非常深长。
刊行作品
《朴巢印存》，施旭臣（浴升）撰序为同治九年，岁在庚午（1870年，时
吴昌硕二十七岁），吴瑶华跋。扉页吴氏自题篆书“朴巢印存”四字，另题“金钟玉磐山房印学”八字。谱中有先生早年手抄的五言八韵“试帖诗”六首墨迹。共钤印103方，皆无边款，线装二册，未出版。
《苍石斋篆印》，自题日：“同治十三年（1874年，三十一岁）甲戌春仲题于芜园逸光。”
《齐云馆印谱》，自署“吴俊昌石著。1876年（三十二岁）。
《篆云轩印存》，1879年（三十六岁）。《铁函山馆印存》，1881年（三十八岁）。
《削觚庐印存》有二册、四册本及一册本，为平时治印后随手钤拓的散页印稿，故今所见装订的佳本，印数多寡不一，内容亦不尽相同。成书在光绪癸未1883年（四十岁）。有徐康光绪九年（1883）二月题识。
《元盖寓庐诗集》，1885年（四十二岁）。
《缶庐印存》，初集四册本，扉页及自记皆木刻版，1889年（四十六岁）。有印63方，附边款，有杨岘题识和吴氏自记。
《缶庐诗》三卷，又集题画诗，砚铭等署日：“别存”，1893年（五十岁）。
《缶庐印存》二集编成，四册本，存印51方，附印款，有吴氏自题。1900年（五十七岁）。
《吴昌硕石鼓临本》，1902年（五十九岁）书，日本平尾孤往1960年发表在《书品》101期上。
《观自得斋徐氏所藏印存》六册，光绪壬寅（1902年），徐士恺辑吴昌硕刻印成，存印149方，其中13印系吴昌硕为徐氏所刻，附印款，有徐士恺序。
《吴昌硕石鼓文墨迹》，1908年（六十五岁）书，即钱经铭藏本，谭泽闽题册首。1979年上海书画出版社出版。
《吴苍石印谱》四册1911年有正书局出版。
《吴昌硕石鼓文》，钱经铭以吴昌硕六十五岁（1908年）临本镌刻入石，1910年由上海求古斋印石印本行世。
《吴昌硕先生花卉册》，1914年（七十一岁）商务印书馆出版发行。
《缶庐印存》三集四册本，1914年（七十一岁）上海西泠印社刊行。有葛昌楹（书徵）序，吴隐（石潜）题词。存印58方，附印款。四集四册本是吴隐“近所访获或借之友人”之作，徐印47方，附印款，有吴隐序。
《吴昌硕临石鼓文》，末题“甲寅(1914年，七十一岁)六月临阮刻天一阁北宋本石鼓全文。”上海大众书局1914年普及本，钝根题签。
《西泠印社记》，1914年吴昌硕撰文并书。
《苦铁碎金》四册，1915年（七十二岁）上海西泠印社石印刊行。其中一册为“石鼓文临本”。
《吴昌硕临石鼓墨迹》，1918年（七十五岁）临本，上海人民美术出版社1988年出。
《缶庐印存》八卷，张弁群集拓先生刻印。1919年（七十八岁）。
《缶庐印精拓》一册本，此谱为吴氏以自刻自用印拓赠其友潘飞声者，存印36方。1919年，自辑刊印，有潘氏小记。
《吴昌硕、赵子云合集》，孙雪泥辑，1920年（七十九岁）。
人物评价
中国网（《吴昌硕》）：
作为海派后期的大师级人物，吴昌硕是我国近现代书画艺术上的关键人物，他承前启后，不愧为一代宗师。他的艺术影响了后来的许多画家，众多现代绘画大师或出自其门下，或受其艺术影响。如近代“海派”诸家、“北京画派”的陈师曾、齐白石等，还有像黄宾虹、潘天寿、傅抱石、李可染等也无不受到吴昌硕的影响。
中华人民共和国政府网：（吴昌硕）我国近、现代书画艺术发展过渡时期的关键人物，“诗、书、画、印”四绝的一代宗师，晚清民国时期著名国画家、书法家、篆刻家，是我国书画界划时代人物。
画家齐白石（《白石诗草》）：①青藤、雪个、大涤子之画，能纵横涂抹，余心极服之，恨不生前三百年，或为诸君磨墨理纸。诸君不纳，余于门外饿而不去，亦快事也。”②青藤雪个远凡胎，老缶衰年别有才。我欲九原为走狗，三家门下转轮来。…
