晚明实学思潮造成这个时期学术文化的生机蓬勃，而且以强大的生命力延续到清初。更发展出博学派、经史派等流派，其多重视实用及自然科学的研究。晚明时期，数学、物理学、天文学、地理学、植物学、医学、声律学等诸多学科以及机械、冶金、农业、水利、等技术分枝都展开了大规模的科学总结和新的开创。清代中叶之后，由于经济的繁荣及文字狱的压迫，考据学大兴。在文献学方面，有集全国之力完成的《古今图书集成》和《四库全书》，也有各个地方印行的小型地方志。中国现存地方志高达八千多种，其中明代有一千多种，清代有五千五百种。在十八世纪中叶到十九世纪中叶，对中国古籍进行了前所未有的总结，留给后世宝贵的遗产。
西学东渐与自强维新变法
西方的政治势力以及西方文化与中国的大规模接触，其时间肇始于十六世纪初的明朝中叶。在大航海时代之后，天主教便开始开拓新的教区，不少新航路陆续被发现，大量天主教士随之来到东方地区。明朝末年，“耶稣会”传教士抵华，吸收信徒达十万人之众。新教对华展开传教工作，则是二、三百年后的事，并且在初期一直没有吸引太多华人信徒。西洋科学知识从十六世纪末到十八世纪初，明万历至清康熙一百多年间传入中国，开启西学输入的先河，并引发此后中国人对西方学术的研究风尚。而其中把西方科学文化散布到中国的传教士中最杰出的为利玛窦。传教士将武器构造、历法、天文、数学、物理、机械、医学、世界地理等新知传入中国。而诸如西洋制钟表、眼镜、望远镜，其他仪器的技术，也由宫廷传至民间。明末清初的学者出现了中国历史上第一次学习西洋文化的风气，涌现了王徵、徐光启、李之藻、李天经、孙元化、方以智等一批学习西学的先驱。这也是中国除佛教文明之外，再一次触及外来文明之“思想”的初步契机。遗憾的是，康熙后期发生罗马教廷与满清朝廷对宗教仪节认知不同的“仪礼之争”，导致接续的雍正、乾隆、嘉庆朝厉行禁教。结果导致明末开始与西方的科学文化交流中断。也正是这个时期，西方进入工业革命，科技突飞猛进，清政府却对这些新的科技手段茫然无知，特别是对此时兴起的民权思想未有接触，中西文化出现一大隔阂。
鸦片战争是中国与西洋关系的转折点。鸦片战争之后，中国开放五口通商，西洋文化再度大量涌入中国。自鸦片战争后至满清灭亡前夕六十年间，中国对外贸易口岸增至五十余处，西洋国家的在华势力随之增长。列强在中国重要通商口岸设有“租界”，为各国商店、银行、工厂的集中地。租界有独立的司法人员、员警和行政、立法之权。租界地人民不受清政府管辖、不需向清政府纳税。另一方面，租界是西洋学术、思想在华传播和孕育的重要地点，各地的租界无不是新闻传播与图书翻译的重要据点。而商业的贸易口岸及租界；天主教、基督教（新教）的活动成为清末西学输入中国的两大媒介。传教士的涌入，一方面其开设教会学校及医院等场所，但也产生了所谓的“吃教者”，产生了激烈的民教冲突。其原因是由于天主教传教士享有治外法权，具有特殊身分，不受清政府管制，教士因此往往行为越轨，并庇护中国教徒，于是不肖之徒争相入教，教民依势欺人，时有纠纷。然而清末天主教对西学的传播推广也是无庸质疑的。以报刊而言，从天主教重获在华传教权利的一八六○年起，三十年内，仅耶稣会所主办的报刊即达七十余种。新教宣教士自一八五三年起，各教派纷纷在各地口岸设立教堂、学校、医院，印行书报，曾经的中国第一大报《申报》即为其所创。而齐鲁大学、圣约翰大学、燕京大学、之江大学等大学及其前身，皆由教会所创办。十九世纪末，教会学校总数已达二千余所，在校生达四万名学生已上，至民国初年，教会学校更增到六千所，在校学生达三十万名。
然而，即使天主教和新教对中国的教育、医疗和慈善工作作出很多贡献，中国人依然对这些“洋教”非常抗拒。除了是因为少数天主教传教士的恶行之外，最主要的原因，是因为当时入侵中国的西方帝国主义者为中国人对西方带来了不好的印象，自然对西方的宗教有所抗拒。当时的中国人流行一句说话：“释迦牟尼是骑着白象进入中国的，耶稣基督却是骑着洋炮进入中国的”反映了当时的中国人对天主教和新教的抗拒。另外一个原因，是因为基督宗教不能融入中国这种异教文化当中。这是因为，基督宗教与佛教不同，本身对于真理和正统的信仰非常执著，无法如同佛教一般，能够借着修改本身的信仰而迎合中国人传统的儒家思想；加上天主教和新教提倡的“天堂”、“地狱”这些比较抽象观念，对于比较重视现实的中国人来说，是难以理解和明白的。
鸦片战争后中国数千年来民族的自信与骄傲荡然无存，在时代大变迁的背景之下，陆续有学者提出因应时代变迁的主张，诸如魏源所著的《海国图志》即为一例证。该书集中了西洋各国的地理及政治情势，可谓开先河。第二次鸦片战争后后，越来越多的学者外患意识抬头，借此提升到对内政的关注，他们普遍检讨漕运、盐法、河工、农事等政策，并提倡“应先通西洋之情”和“师夷长技”。从19世纪60年代到90年代的35年间前后，清朝上层掀起兴办洋务的热潮，这是中国官方有史以来第一次有计划的移植外来文明。相对于魏晋时期佛教的流入多为“心灵哲学”，洋务运动更注重“物质科学”。一八六一年，清廷成立“总理各国事务衙门”，成为中国认同国交平等的外交机构。满清官方推展以“江南制造局”与“京师同文馆”为重镇的译书工作，前后成书二百种。内容早期包括数学、工艺、物理、地质、天文、地理、军事、化学，后期翻译范围扩及医药、农业、财经、外交、法律、历史。洋务运动的推展使得中国对西学内涵关注的重点，由偏重军事逐渐转为注意工商实业发展；也导致中国对西学人才培育的方法，由藉重洋人逐渐转为迳派学生赴西洋求学。但由于洋务运动以“强兵政策”为主旨，且多为官方推动，甲午战争后逐渐陷入停摆。
新一波的自强运动变为变法运动。变法运动的发展大致可分为三个时期：自鸦片战争前后至甲午战争前约六十年是变法思想的孕育期；自甲午战争至日俄战争间的十年是变法运动的萌芽期；自日俄战争至民初的洪宪帝制结束是变法运动的茁壮期。变法思想在甲午战争后，成为知识份子普遍的共识。在其后的三年间，全国自发组织的学会、报馆、学堂纷起，冲破了清廷两百五十年来严禁士人集会结社、议论政治的传统法令。在变法运动的茁壮期，其主要推动者是康有为和梁启超二人，其主张实行君主立宪制，但新法仅实施百日便告失败。满清的压迫迫使体制外的革命运动开始发展，而日俄战争中日本的胜利更打破了“白种人不可战胜的神话”，更激发革命人士推翻帝制的决心。1905年中国废除科举制度。同年孙文在东京成立“中国革命同盟会”。1911年武昌起义，革命人士更推翻满清建立亚洲第一个民主共和国—中华民国，1916年袁世凯洪宪帝制瓦解，更宣告帝制的告终。
