1983年，译著康德《纯粹理性批判》出版。同年《中国哲学十九讲》出版。
1984年，次子伯琏和长孙红成赴港探亲，获台湾“行政院”年度文化奖。
1985年，《圆善论》出版。
1987年1月，应韩国退溪学会之邀，出席第九届退溪学国际会议，担任主题演讲。四月，荣获香港大学颁赠荣誉文化博士学位。译著维特根什坦《名理论》出版。
1988年，《周易的自然哲学与道德涵义》出版。此书是第一部学术在专著《从周易方面研究中国之玄学及其道德哲学》之再版。
1989年，回忆学思发展历程的专著《五十自述》出版。
1990年，《中国哲学之会通十四讲》出版。
1991年，译著康德《判断力批判》上册出版，。同年，在鹅湖杂志连续发表题为《以合目的性之原则为审美判断之超原则之疑窦与商榷》，对康德的第三批判进行批判，提出质疑。
1993年，译著康德《判断力批判》下册出版。至此，对康德的三大批判全部重新译出。
1994年，住进台大医院。同年12月25日，对前去探视的王邦雄、蔡仁厚写示数语，其中有云：“教一辈子书，不能买一安身地，只写了一些书，却是有成，古今无两。”
1995年4月12日15时40分，因肺炎合并败血症引发多重器官功能衰竭而病逝。享年86岁。安葬于台北新店竹林路长乐景观墓园。
个人成就
学术成果
主要思想
牟宗三为新儒家代表人物，认为现代新儒学的任务为“道统之肯定，即肯定道德宗教之价值，护住孔孟所开辟的人生宇宙之本源。”他独力翻译康德的三大批判，融合康德哲学与孔孟陆王的心学，以中国哲学与康德哲学互相诠解。牟宗三的思想受熊十力的影响很大，他不仅继承而且发展了熊十力的哲学思想。自言其为学经历三个阶段：三十至四十年代为第一阶段，主要从事逻辑学、知识论和康德知性哲学研究；五十年代为第二阶段，研究重心转移至中国历史文化及中国文化的出路问题；六十年代为第三阶段，又转而从头疏解中国传统的儒、佛、道三家之学，而尤重于宋明理学的研究。这以后，牟宗三较多地着力于哲学理论方面的专研，谋求儒家哲学与康德哲学的融通，并力图重建儒家的“道德的形上学”。
中国传统文化的主干
牟宗三把历史上的儒家思想作为中国传统文化的主干，在儒家中则又判定孔、孟、陆、王为“正脉”，认为儒学就是“身心性命”之学，而其他则都是所谓的“绕开去”、“歧出”。他对宋明理学有比较深入的研究，并一反传统的程朱“理学”和陆王“心学”的区分，提出周敦颐、张载、程颢、程颐、朱熹、陆九渊、王守仁、胡宏、刘宗周是宋明理学的九个代表人物，把陆象山与王阳明归为一系，胡宏与刘宗周归为一系，合北宋的周敦颐、张载、程颢而为“宋明儒学之大宗”，其论学以《论语》、《孟子》、《中庸》、《易传》为主；至于程颐和朱熹则是所谓的“别子”和“继别子为宗”，其论学以《中庸》、《易传》与《大学》相结合。
有道统而无学统和政统
牟宗三认为，历史上的中国文化是有道统而无学统和政统，内圣强而外王弱。近代以来，中国文化面临西方文化的严峻挑战。对中国传统文化如何现代化的问题，牟宗三提出了“开出”说，即儒家的“内圣之学”而开出“新外王”、由“道统”开出“政统”和“学统”。具体的方法就是通过“良知”的自我“坎陷”，以坎陷出“知性主体”和“政治主体”，也就是从“道德主体”转出“民主”与“科学”。
主要著作
《周易的自然哲学与道德涵义》《逻辑典范》《认识心之批判》（译作）《理则学》《道德的理想主义》《历史哲学》《中国哲学的特质》《名家与荀子》《生命的学问》《五十自述》《时代与感受》《中国文化的省察》《心体与性体》《从陆象山到刘蕺山》《才性与玄理》《佛性与般若》《智的直觉与中国哲学》《现象与物自身》《圆善论》《名理论》《历史哲学》《政道与治道》《康德的道德哲学》（以《实践理性之批判与》《道德底形上学之基本原则》为康德的道德哲学的代表作）《康德“纯粹理性之批判”》（译作）《康德“判断力之批判”》（译作）《中国哲学十九讲》《中西哲学之会通十四讲》《人文讲习录》《牟宗三先生全集》（33卷，台北联经出版事业公司，2003年版）《牟宗三先生的哲学与著作》（台湾学生书局1978年9月出版）《牟宗三新儒学论著辑要·道德理想主义的重建》（郑稼栋编）中国广播电视出版社（1992年5月出版）《当代新儒学八大家集之七》《牟宗三集》（黄克剑等偏，群言出版社，1993年月12月）《现代新儒学学案·牟宗三学案》（周立升、颜炳罡编，中国社会科学出版社，1995年9月）《整合与重铸—当代大儒牟宗三先生思想研究》（颜炳罡著，台湾学生书局，1995年2月出版）《牟宗三先生学思年谱》（蔡仁厚撰，台湾学生书局1996年2月出版）《牟宗三先生纪念集》（蔡仁厚、杨祖汉编，东方人文学术基金会印行，1996年月12月）《感应与心物——牟宗三哲学批判》（陈迎年著，三联出版社，2005年）《牟宗三三系论论衡》（杨泽波著，复旦大学出版社，2006年）《智的直觉与中国哲学——牟宗三美学批判》（陈迎年著，上海人民出版社，2012年8月出版）
哲学观点
概述
牟宗三是海外新儒学的重要代表和集大成者。如果说冯友兰的努力方向在于使中国儒学“逻辑地”建立起来，那么牟宗三的努力方向则在于使中国儒学“哲学地”建立起来。牟宗三以《认识心之批判》、《道德的理想主义》、《智的直觉与中国哲学》、《现象与物自身》、《圆善论》、《心体与性体》、《佛性与般若》、《才性与玄理》等一系列著作，会通中西，圆融古今，完成了对中国儒学的创造性重建，建立了庞大、缜密的哲学体系即道德的形上学体系。
道德的形上学
牟宗三哲学的精神，就是陆王心学的精神。当然，它是当代的陆王学（或者叫“陆王心学的当代形态”），是吸收西方哲学主要是康德哲学加以改造和重构的陆王学。牟宗三用“道德的形上学”来概括这一精神。他说：“‘道德的形上学’云者，由道德意识所显露的道德实体以说明万物之存在也。”
为了论证自己的观点，牟宗三借鉴并改造了康德有关区分“现象和物自身”的理论。在康德那里，“物自身”是一个虽然存在但又不可知的客观实在。和康德不同，牟宗三拒绝承认物自身是一个事实概念，也拒绝承认物自身的不可知；而是认为，物自身乃是一种有着高度价值意味的概念，也就是一个伦理实体、道德实体，因而人们完全可以凭借“智的直觉”来认识它。这样一来，作为伦理实体、道德实体的物自身就不再仅仅具有消极的意义，而是积极的、真实的、能够“呈现”的，由此开出的则是一个价值世界、意义世界，同时也是一个睿智的世界、生命的世界。牟宗三认为，这个世界与感性的现象世界相对待、相区别，而又在终极的意义上影响、统摄和决定后者。
换句话说，正是通过“道德良知”或者“智的直觉”，这个世界才呈现出一个真、善、统一的形上实体，天与人也由此达于一体。但牟宗三并不是只讲良知呈现、智的直觉，他还讲“良知坎陷”、“识心之知”。他认为，道德的形上学包括“无执的存有论”和“执的存有论”两个层次：由“无执的存有论”，我们可获得一超越的形上世界，以此说明道德实践、价值创造及成贤成圣的根据；由“执的存有论”，我们可获得一感性的现象世界，以此说明科学知识及其对象如何可能的问题。就两者的关系来说，牟宗三主张“从上面说下来”，也就是先由“智的直觉”而成立“无执的存有论”，再经过“良知坎陷”而成立“执的存有论”。把科学问题提升到存有论的层面来加以探讨，这标明了牟宗三哲学确有高于传统儒学之处。 …
