儒学三期说
将儒学的发展史分为三期，并非始自牟宗三，但只有牟宗三对这一思路进行了系统的论证和阐发。在牟宗三看来，儒学三期的划分及其特点是：第一期是以孔、孟、荀为代表的儒学铸造期，此一时期“孔子以人格之实践与天合一而为大圣，其功效则为汉帝国之建构”，其特点是“积极的、丰富的、建设的、综合的”；第二期是“宋明儒之彰显绝对主体时期，此则较为消极的、分解的、空灵的，其功效见于移风易俗”；第三期指的则是当代新儒学，“此特殊性之规定，大端可指目者，有二义。一，以往之儒学，乃纯以道德形式而表现，今则复其转进至以国家形式而表现。二，以往之道德形式与天下观念相应和，今则复需一形式与国家观念相应和。”
儒学为什么需要“第三期之发扬”呢？在牟宗三看来，作为中国文化主干的儒学，虽然有着极高深的思想和形上原则，但又不仅仅表现为一思想一原则，而是始终与社会生活和日常生活相连贯的。换句话说，儒学既以历史文化为其立言根据，又反过来为历史文化的发展所运用。然而，自满清入关特别是鸦片战争以来，儒学遭到了前所未有之厄难，民族生命一直未能复其健康之本相。因此，按照牟宗三的观点，如想求得中国问题之解决，其前提就必须是复兴儒学。
在牟宗三看来，儒学第三期的发展不仅是必要的，而且也是可能的，其根本原因就在于儒学为一常道。儒学作为一“常道”，主要有两个方面的表现：第一，孔子仁义并重，强调仁义于人生的精神价值，此“仁义”二字构成了“常道”的核心内容，后来经孟子、宋明儒者大力阐发，已经成为千百年来中国人的内心准则；第二，孔子所言仁义，紧扣着历史文化，而非单纯的道德规范，所以中国的一切典籍皆是“理性之客观化”，或曰“客观精神之表现”。基于儒学发展的这种必要性和可能性，牟宗三进而提出了儒学第三期发展的基本内容，这就是我们下边将要介绍的“三统”说。
儒学“三统”说
所谓“三统”，即道统、学统和政统。“三统”说是牟宗三针对中国儒学乃至全部中国文化的未来发展而提出的建设蓝图。如果说道德的形上学是牟宗三全部学说的理论基础的话，那么“三统”说则是其全部学说的理论归宿。
对于“三统”的内涵，牟宗三曾有一简短的说明：“一，道统之肯定，此即肯定道德宗教之价值，护住孔孟所开辟之人生宇宙之本源。二，学统之开出，此即转出‘知性主体’以融纳希腊传统，开出学术之独立性。三，政统之继续，此即由认识政体之发展而肯定民主政治为必然。”牟宗三认为，儒学要想进一步发展，这“三统”是一样不可缺少的。我们知道，此前的新儒学（比如梁漱溟和熊十力等人的儒学）普遍有着强烈的反科学的情绪，认为以科学文明为主导的西方文化非但不能给人类带来福音，反而会造成灾难。而牟宗三却认为，儒学如想复兴，中国文化如想重建，就不能忽视学统和道统这两个方面——这是很积极、很进步的主张。
实际上，牟宗三的“三统”说讲的乃是儒学的一个老话题，即“内圣外王”问题。从“三统”说的内涵来看，牟宗三的主张就是：首先，要肯定儒学的道统，以接续民族文化生命之大本大源；其次，要把儒学的道德精神落实到外王事业上以开出“新外王”，即发展科学（学统）与民主（政统）。这里的关键是，牟宗三虽然肯定科学与民主对民族文化发展的重要性，但是他更强调科学与民主的发展不可以采取某种外在的“加添法”，而必须经过民族文化的自我调整，即从民族文化生命的内部开显出来。这也就是说，他认定学统和政统应由道统开出，具体来说，就是由儒家的内圣之学开出科学与民主的新外王。
但是，儒家的内圣之学到底能否开出科学与民主的新外王呢？牟宗三承认，在中国历史上，儒家文化向来“没有开出来”科学与民主，但他接着认为：“中国不出现科学与民主，不能近代化，乃是超过的不能，不是不及的不能。”在他看来，只要儒家的道德理性（即良知、性体或仁体）主动让开一步，从“往上讲”转为“往下讲”，或者转一个弯，从“直通”转为“曲通”，便可以“转出知性”，从而开出外王事功。而“转出知性”的途径就是所谓“良知自我坎陷”，即“良知”主动地由“无执”转为“执”，因为“不这样地坎陷，则永远无执，亦不能成为知性（认知的主体）”。看似矛盾，但是学者是站儒家的体系，“良心”是主体道德的追求是往上讲，而科学却是研究物质的利益追求是往下讲，所以通过强大的物质科学实现人的改造世界能力，从而有力量实现更高的道德追求。
人物评价
全国哲学社会科学规划办公室《牟宗三的道德形而上学与康德的道德哲学》：在儒家思想的新开展过程中，牟宗三的哲学无疑是一个不能绕过的理论高峰。理解牟宗三哲学的一个重要的思想史背景是“五四”前后的新文化运动。在现代以来由古今之变与中西之异交织而成的历史语境中，新文化运动具有特殊的意义：新文化运动以历史进步的名义明确肯定了古今之变的正当性，从而为理解、刻画中西之异确立了一个前所未有的新坐标。
1995年出版的《剑桥哲学词典》称：牟先生是当代新儒一家他那一代中最富原创性与影响力的哲学家。
台湾傅伟勋：中国哲学的未来发展课题也就关涉到如何消化牟先生的论著，如何超越牟先生理路的艰巨任务。
台湾大学哲学研究所、美国南伊利诺大学哲学博士刘述先也曾说我曾将牟先生在当代中国哲学的地位比之于康德在西方哲学的地位:你可以超过他,却不可以绕过他。
