我们不可否认南怀瑾在诸多领域的博学多才，甚至作出了诸多伟大的成就，尤其是南怀瑾在最后六年，为后世留下30万册珍贵藏书，内容涵盖儒、释、道、医学、军事等各领域，其中不乏一些孤本、善本，南怀瑾的学生已针对这些书籍进行整理造册、上架保存。查旭东曾说，现在普通读者难以看到这些藏书，但今后有望将部分藏书转成电子版本与世人接触，“由于工作量巨大，现阶段仍以保护为主”。
·杂学与国学，真实客观
但是所谓“学专则精，学多会杂”，所以有人曾如此谈笑评价老南怀瑾：“观近代以来，阅遍佛道二藏的，公开的有南怀瑾与陈撄宁二人，若说南怀瑾与陈撄宁对比，还是有差距。圆顿子著作，技高一筹，化经典于无形之中，留意之处皆学问，当然，只有看过道藏的人都知晓，况文笔立论，皆有可观，有理有据，快意恩仇。惜其大业未尽，早返玉京，令人扼腕，虽得享高寿，但距仙何远。而南怀瑾其修持以禅密为主，据说得了密宗真传。其文字，老到圆滑，深谙世事，虽有包装炒作嫌疑，但长袖善舞，终为福寿双全之人。而国学大师，殊为不妥，杂学大师，较为恰当。”正因为如此，后世也曾有人说过这样的话：“做人当学南怀瑾，学识当如陈撄宁！”
而如今，太湖大学堂的那把竹藤椅上再也无法看到此人谈笑风生的模样，南怀瑾大师用95年的修行为世人留下的，却是无尽的影响。
人物争议
国学大师纷辩
1976年，根据南怀瑾演讲辑录的《论语别裁》在台湾出版，受到了广泛追捧，到1988年时已翻版达18次；1990年，复旦大学出版社将《论语别裁》等南怀瑾著作引进大陆响起轰动，时至今日，多数人知晓南怀瑾，誉之者尊称其为“国学大师”、“一代宗师”、“大居士”；但也因此围绕著南怀瑾本人和南怀瑾的作品的争议也从来没有停止过，毁之者直斥其是一个“江湖骗子”、“篡改三教混淆古今”。学者余世存在接受采访时表示，对南怀瑾的态度比较复杂。一方是打通了庙堂和江湖，让普通大众对传统文化有了亲切感，为大众提供了一种入门的可能性；另一方面，南怀瑾对传统文化的解读也存在着很多问题。
网络名人方舟子亦曾撰文，指南怀瑾试图用哲学去解释科学，其文章又有中国历史的常识错误，称其为信口开河的“国学大师”。
南怀瑾的弟子王学信在对其的回忆录中写道：“作为一代国学大师的南怀瑾……不辞辛劳，奔波教化三十余载，内容涵盖儒、佛、道及诸子百家，兼及医卜天文、拳术剑道、诗词曲赋，著述凡三十余种，立足时代科学精神，将古老的中国传统文化推进到一个新的、更加璀璨夺目的文化层面，开拓了全新的学术视野，其影响之深远必将是划时代的……其根本心愿仍在中华传统文化之弘扬，盖以文化为民族存亡之根本也。
南怀瑾堪称文化方面的“奇人异士”，但并不是搞学术的，南怀瑾的言论经常让人感觉荒诞不经，不像是个严肃的学者。翟鸿燊走红于上世纪90年代以来受到政府支持的“国学热”；南怀瑾兴起于上世纪60年代台湾当局推动的“中华文化复兴运动”。翟鸿燊和南怀瑾两位“国学大师”有不少相似之处。但南怀瑾高寿、矍铄、著作等身……，“扮相”要远胜于翟鸿燊。一份1991年出炉的文件《苏联巨变之后中国的现实应对与战略选择》中指出：“中国社会主义的实践表明，如果不能有效地吸收传统文化中的合理成分，并对其进行创造性的转化，中国社会主义价值体系的确立就将成为无源之水，无本之木。”也正是从此之后，“国学”逐渐兴起，乃至成为一种“热潮”。“国学热”里从未缺乏官方的身影，孔子像甚至都一度进入了天安门区域。
看了南怀瑾这类书和演进，我们不得不承认南怀瑾确是文化方面的“奇人异士”，但“奇人异士”终归是混江湖的，而不是居书斋的。有需求就会有供给，在政府和商人出于各自目的的追捧下，一位位“国学大师”诞生了。只是，媒体总得守住“事实”的底线吧？
伪国学风波
2007年的一天，有一名小学生打电话问南怀瑾是否出版了一本名为《听南怀瑾讲论语》的书，但南怀瑾没有在光明日报出版社出版过这本书，而该书的作者张保文、许庆元也没有来过太湖大学堂听自己的授课，但在书中却有诸多“南怀瑾认为”、“南怀瑾说”的论断。于是南怀瑾的秘书马宏达找来律师徐涌，南怀瑾走上了诉讼之路。
2009年，徐涌向北京市石景山区和朝阳区人民法院提交了起诉书，首批先是状告了新华出版社、石油工业出版社和中国言实出版社，认为这三家出版社没有征得南怀瑾的许可而使用南怀瑾的照片作为书籍封面，请求法院判决这三家出版社立即停止肖像权侵害、赔礼道歉并赔偿损失。后来，北京市高级人民法院研究决定将南怀瑾在朝阳区人民法院起诉的两个案件并入石景山区人民法院进行庭前调解。但南怀瑾与三家出版社因为没能达成一致的赔偿数额而调解失败。
2010年5月下旬，徐涌向东城、西城和朝阳法院再次提交了起诉状。这次起诉涉及到了近十家出版社的七部图书，提起的是姓名、名誉权之诉。但是徐涌仍然没有得到立案的结果。
纪念缅怀
三年祭辰
南怀瑾先生辞世三周年祭辰
南怀瑾辞世三周年祭是由贾丹华在南怀瑾先生去世三周年所作的祭文。
编书作传
《南怀瑾的最后100天》
一书是著名国学大师南怀瑾晚年亲自指定的口述传记作者王国平，对南怀瑾去世前一百天生活的真实记录。一代宗师南怀瑾在生命最后关头的隐秘细节，在书中如画卷般逐次展现于世人眼前。南怀瑾对自己一生的回顾和总结，以及临终前对中国文化与历史的最后思考，尤其值得关心中国文化命运的人们深思和记取。
《父亲南怀瑾》
是首部最完整还原南怀瑾一生的传记作品，作者南一鹏是南怀瑾的第三子，是子女中跟随父亲时间最长的一位。南一鹏饱蘸深情的笔墨，从“继志述事”的立场，详尽述说了南怀瑾少时在家乡开蒙立志、青年离乡拜师访道、花甲至美国传道授业、古稀回香港广行善业、晚年归根定居太湖等重要人生阶段的点滴，记录了南怀瑾亲身听到、看到、感受到的南怀瑾的“言教”、“身教”和“家教”，以生动亲切、真实感人的亲人视角重现了南师一生言传行事的传奇。
为纪念南怀瑾九十七岁冥诞，南怀瑾文教基金会与特推出特别推出《不堪风雨乱红尘》影片档。系对怀师相当景仰的台湾歌手谢宇威，多年来翻阅南怀瑾的诗集，并将其中的词句，谱成这首《不堪风雨乱红尘》。
故居开放
南怀瑾故居，原取名乐清老幼文康活动中心，位于浙江省乐清市翁垟街道地盐村，占地4.29亩，房屋建筑面积4000多平方米，故居整体呈两层楼中式风格，三面环水，白色围墙围绕建筑，围墙搭配灰色方格窗和灰色瓦片，木质大门搭配褐色梁柱，庭院左侧南怀瑾站姿全身铜像。中心向周边居民免费开放，成为当地人文娱生活最重要的场所。南怀瑾故居旧址是南怀瑾从出生到17岁的居住地。
1992年，乐清市人民政府经南怀瑾本人应允后，捐资500万元将旧中心重新扩建修缮，于1995年2月投入使用 。2012年9月19日，因南怀瑾中途去世改名为“南怀瑾故居”。
2013年4月，乐清市耗资600多万元及时启动抢修工程，经过一年间的修复，终于以江南园林古建筑式的风格落成。2014年9月26日经过修葺重新开放，浙江省乐清市地方人民政府特意举办了“南园秋高”主题论坛，至2015年已有一年多，被誉现实版“秘密花园”。
