1957年，马一浮又应邀赴北京开会。会后举行宴会，毛泽东特意与马一浮坐在一起。他们互相交谈，颇为融洽。马一浮后来特意书写了“使有菽粟如水火，能以天下为一家”的一副诗联，赠给毛泽东，以示答谢。
1964年，马一浮应邀赴北京开会，毛泽东又一次接见了他。两人谈论了中国古代诗歌等，当时在座的还有马一浮的同道和友人熊十力等。此次会见，马一浮还为毛泽东写了一副古人的名联：“大海有真能容之量，明月以不常满为心”。
也是在1964年，有一次毛泽东接见和宴请全国政协委员中花甲以上的老人，马一浮也在其中。当时他应邀赴宴，先与在门口迎接的毛泽东握手寒暄，随后被安排坐在毛泽东身旁，同桌的还有周恩来、陈毅、粟裕、陈叔通等。毛泽东还特地请马一浮坐在自己和周恩来之间，以示敬重。宴席开始之前，面对马一浮、陈叔通等耆硕，毛泽东不要服务员来摆放碗筷，而是特地让年纪较轻的粟裕来摆放餐具，以示对马一浮等耆硕的尊重。
宴会后，马一浮感动之余，回到杭州写了两副对联，分赠毛泽东和周恩来。前者曰：“旋乾转坤，与民更始；开物成务，示我周行”。落款则为：“集《易》《诗》《汉书》《宋史》句，赠毛泽东。马蠲叟赠言”。后者曰：“选贤与能，讲信修睦；体国经野，辅世长民”。落款为：“集《周礼》《孟子》《礼记》句，周总理鉴正。马蠲叟赠言”。马一浮书写这两副对联时，两眼已近失明，所以书写叫作“瞑书”。书毕，他感到不是太满意，后来又写了两副，直到满意，才交人送出。
与陈毅
1952年春天，陈毅由浙江省文教厅厅长刘丹陪同，直至西湖蒋庄看望马一浮。为了表示自己对马一浮的尊重，陈毅还特地穿了长衫。
到了蒋庄，马一浮尚在休息，陈毅嘱咐不要去惊动他，于是先在附近的花港公园观赏风景。陈毅一行再折回来时，马一浮仍未醒，此时春雨霏霏，马一浮的家人请客人进屋稍待，陈毅却道，“未得主诺，不便遽入”，仍在屋檐下等候。这就是后来被传诵一时的“马门立雨”。马一浮醒来，方知有贵客在等候，而且竟然淋了雨，连声致歉。经介绍，更知来客不凡，乃一代儒将陈毅。未几，两人便愉快地交谈起来，话题也愈来愈宽广，涉及玄学、禅学、宋明理学和诗词等。
言谈中，陈毅没有忘记此次来访的主要目的是敦请马一浮出山。他知道马一浮曾十分“固执”——早年曾是民国政府教育总长蔡元培的秘书长，后来蔡元培出任北大校长时又聘他为文科学长，他却以“古闻来学，未闻往教”为由，拒绝出山（于是陈独秀才被聘为文科学长）。此后，马一浮更是以治学为务，拒绝一切俗务。他安贫乐道，虽然名声在外，但其性格和志向都不似常人。可以想见：如果再让他出山，想必他也会推却的。
此时，陈毅却为此坦言：“过去国民党掌权，您老不出山；现在我们当家了，您老还不出来吗？”陈毅如此一问，让马一浮感慨不已。他动情于陈毅的率性和热诚，欣然同意出任华东（上海）文物管理委员会委员，翌年又出任浙江省文史馆第一任馆长，再一年又被聘为全国政协特邀委员。
与红卫兵
文化大革命时期，一生耿介的马一浮晚年向红卫兵低头；被抄家时，他恳求道：“留一方砚台给我写字好不好”，得到的却是一记耳光。
浙江图书馆古籍部听说杭州七中的‘红卫兵’正在马一浮‘破四旧’、烧书，立即蹬着三轮车赶到蒋庄，从尚未抛入火中的箱囊中，挑选出了一批书画、抄本及朋友赠送他的字画和少量的刻本书。经清点造册，抢救出来的马一浮手稿和抄本有百余册，字画79轴，其中还有黄宾虹等名家的作品；另有马一浮自书的条幅241幅，未裱的拓片20余套。后来又从杭七中接收到红卫兵抄家的马一浮藏书3000余册。这批藏书除手稿、抄本外，还有一批刻本，刻本中多为清刻，明刻约有十余部，如《世说新语》《吕氏春秋》《诗纪》等。书上钤有‘智林图书馆’或‘复性书院图书馆’印。
人物评价
马一浮老先生是当代中国唯一的理学家。（原国务院总理 周恩来 ）
马一浮道高识远。（国学大师 熊十力《 十力语要》卷二《与贺昌群》）
中国历史上大学者，阳明先生之后，当推马一浮。（语言文字学家、文学家戴君仁）
马一浮义理精纯，代表着中国活的精神。（港台著名教授 徐复观）
千年国粹，一代儒宗。（国学大师 梁漱溟）
大儒。（中国共产党最重要的创始人 陈独秀 ）
书法界之泰斗。（著名画家、学者 丰子恺 ）
马一浮兼有中国正统儒者所应具备之诗教礼教理学三种学养，可谓为代表传统中国文化的仅存的硕果。（著名的哲学家、哲学史家贺麟）
二十世纪师儒中的一个真正隐者。（中国文化研究所所长刘梦溪）
后世纪念
马一浮的祖茔位于杭州半山镇马铃山。马一浮在其先茔墓下的左侧，为自己筑起了一处生圹。在“文革”中，马一浮的生坟被挖掉了，马一浮逝世后，骨灰被送往余杭县五常公社黄泥岭安葬。 1988年迁葬杭州杭州南山陵园，马一浮墓由花岗岩栏杆围护，长方形水泥墓冢，石制墓碑，碑面刻：马一浮墓。上款：一九八八年十二月，下款：后学沙孟海敬题。
1990年，在浙江省杭州西湖蒋氏山庄建有“马一浮纪念馆”。
2008年，是马一浮诞辰125周年，浙江省政府参事室（省文史研究馆）、上虞市人民政府和杭州师范大学等单位在杭州、上虞两地联合主办了“纪念马一浮先生诞辰125周年暨国际学术研讨会”，来自英国、巴西、新加坡等国和中国大陆、台湾、香港等地的专家学者近百人参加了此次会议，与会者递交学术论文51篇。
2013年4月23日，在马一浮诞辰130周年纪念大会暨国学研讨会上，“浙江大学国际马一浮人文研究中心”成立。
